Империя испытывала острую потребность в образованных людях. Но в то же время правящие ее круги с настороженностью относились к распространению знаний, стремясь ограничить доступ к ним представителям низших сословий. В связи с этим министр народного просвещения и президент Российской академии наук адмирал А. С. Шишков в одном из своих программных выступлений говорил так: «Обучать грамоте весь народ или несоразмерное количество людей принесло бы более вреда, чем пользы; наставлять земледельческого сына в риторике — было бы предуготовить его быть худым и бесполезным или еще и вредным гражданином».
Назначавшиеся министерством просвещения попечители нередко оказывались ярыми врагами просвещения. Так, возглавлявший в 1819 году Казанский учебный округ M. Л. Магницкий начал свою деятельность с увольнения девяти профессоров и предложения — «публично разрушить университет», который он рассматривал как «гнездо вольнодумства». Александр I на его докладе начертал резолюцию: «Зачем же разрушать, можно исправить». И Магницкий «исправлял» университетскую науку, делая все возможное, «чтобы дух вольности ни открыто, ни скрыто не ослаблял учения церкви».
Однако с годами Казанский университет наращивал свой научный потенциал, тесня религиозные догматы и выполняя роль светильника, огонь которого уничтожал тьму невежества и реакционного застоя. Успехами в своем развитии Казанский университет во многом был обязан тому, что с 1827 по 1846 год должность его ректора занимал выдающийся математик Н. И. Лобачевский, создавший новее направление в математике — неэвклидову геометрию. Он содействовал успеху работы всех кафедр университета, умело подбирал кадры, поощрял научную деятельность своих талантливых современников. На посту ректора его сменил И. М. Симонов, который в 1819 году участвовал в качестве астронома в легендарной экспедиции в Антарктику на шлюпках «Восток» и «Мирный», возглавляемой, Беллинсгаузеном и Лазаревым.
В Казанском университете, состоявшем с 1814 года из четырех (и в том числе медицинского) факультетов, работали такие выдающиеся деятели русской науки, как создатель синтетического анилина H. H. Зинин, автор способа получения этилена А. М. Бутлеров, основоположник востоковедения в России О. М. Ковалевский, патологи Ф. В. Овсянников и В. В. Пашутин, анатом П. Ф. Лесгафт, один из основателей нейрофизиологии Н. О. Ковалевский…
В Казани учились многие подлинные светочи русской культуры. Среди них С. Т. Аксаков и Л. Н. Толстой. И не просто учились, но и многое открыли для себя за время пребывания на студенческой скамье. Так, в студенческом сочинении о «Наказе» Екатерины II, выполненном по заданию профессора гражданского права Д. И. Мейера, Л. Н. Толстой отмечал, что «свобода при повиновении законам, не от народа происходящим, не есть свобода». Сам он признавал, что эта работа открыла ему «новую область умственного самостоятельного труда».
Преподаватели и студенты Казанского университета не раз проявляли чувства гуманизма и гражданственности, живо реагировали на политические события, происходившие в России. Так, в 1858 году казанские студенты выразили протест по поводу идеалистической направленности лекций физиолога Берви. Возникший при этом конфликт лег в основу опубликованной в «Современнике» статьи Н. А. Добролюбова, после чего Берви вынужден был подать в отставку. В апреле 1861 года студенты Казанского университета организовали панихиду по убитым карателями восставшим крестьянам села Бездны Спасского уезда Казанской губернии. На панихиде по «убиенным за свободу и любовь к отечеству» выступил профессор истории А. П. Щапов. Он признал погибших «жертвами деспотизма за давно ожидаемую всем народом свободу», которые разрушили «неправильное сомнение, будто бы народ наш не способен к инициативе политического движения», и закончил свою речь призывом к борьбе за свободу и лозунгом: «Да здравствует демократическая конституция!» После этого крамольный профессор был арестован, а девять наиболее активных студентов исключены из университета.
Осенью 1861 года более 300 студентов устроили политическую демонстрацию, вошедшую в историю Казанского университета как «Октябрьский бунт». 46 участников демонстрации после этого были исключены из числа студентов. Среди исключенных был Д. В. Каракозов, который через пять лет на набережной Невы у Летнего сада совершил покушение на царя.
В 1870 году разыгралось так называемое «дело Лесгафта». Профессор физиологической анатомии П. Ф. Лесгафт осудил незаконные действия ставленника министра просвещения графа Д. А. Толстого — попечителя Казанского учебного округа П. Д. Шестакова в статье, опубликованной в одной из столичных газет. После этого «по высочайшему повелению» Лесгафт был из университета уволен «без права учебной службы» в будущем. Тогда же в знак протеста против самоуправства властей университет покинуло семь профессоров (Головкинский, Голубев, Данилевский, Имшенецкий, Левитский, Морковников, Якоби).
Казань ко времени приезда Бехтерева продолжала оставаться немалым для той поры городом. Развивавшиеся там кожевенное, мануфактурное, канатное, мыловаренное, свечное, кирпичное и прочие производства обусловливали постоянный рост фабричных рабочих. Вместе с тем наметилось некоторое снижение значения Казани как торгового центра. Раньше бурлацкий путь с низовьев Волги доходил только до Казани, где товары перегружались с баржей на гужевой транспорт. Появившиеся же недавно на Волге пароходы везли грузы мимо Казани до Нижнего Новгорода или Рыбинска. Ощутимый удар по карманам казанского купечества нанесло и принятое в 1884 году решение Комитета министров, по которому «великий сибирский рельсовый путь» решено было прокладывать не через Казань, а южнее — через Самару — Уфу — Златоуст. Это, по сути дела, лишало Казань длительно выполняемой ею роли «окна в Азию».
Новым университетским уставом 1884 года фактически ликвидировалась традиционная автономия университетов. Должности ректоров университетов, деканов, заведующих университетскими кафедрами по новому уставу замещались не избираемыми Советом университета лицами, а людьми, назначенными приказом министра народного просвещения, так как «выборное начало, внедрившееся в наших университетах, не оправдало, к сожалению, возлагавшихся на него надежд». Уставом 1884 года университеты были всецело подчинены министерству народного просвещения и его представителям — попечителям учебных округов. Министерство теперь «во всякое время года, собственной властью» могло не только назначать на должности и увольнять профессоров, но и определяло состав экзаменационных комиссий, утверждало учебные планы и т. п. Попечитель же учебного округа имел право вникать во все детали университетской жизни, влиять на решения ректора, оценивать работу отдельных преподавателей, осуществлять мелочный контроль за преподавателями и студентами.
Особыми «Правилами», утвержденными в 1885 году, было определено, что в университеты можно принимать лишь лиц, которые могли предъявить свидетельство о благонадежности, выданное полицией. Инспектора университетов непосредственно подчинялись попечителям учебных округов и должны были сотрудничать с полицией и жандармерией, фактически становясь таким образом полицейскими чиновниками. В обязанности попечителей и инспекторов входило также подавление любых проявлений студенческой инициативы и самостоятельности. Студенческие собрания и сходки запрещались, «вне закона» объявлялись студенческие читальни, столовые, кружки, кассы взаимопомощи, землячества. Инспекторам предоставлялось право по своему усмотрению арестовывать студентов и помещать их в карцер. Плата за обучение в университетах увеличивалась в пять раз. Студенты должны были постоянно носить установленную форму.
Назначенный в 1884 году попечителем Казанского учебного округа П. Н. Масленников рассматривал университет как наиболее «крамольное» из подчиненных ему учебных заведений. Инспектор университета Н. Г. Потапов чуть ли не в каждом студенте видел врага самодержавия. Реакционное законодательство способствовало проникновению в состав преподавателей людей, подчас далеких от науки, ретроградов, завистников, интриганов, доносчиков, старающихся угодить обладавшему почти неограниченной властью попечителю учебного округа.
