Были в Медико-хирургической академии и несколько частных стипендий и премий, которые выплачивались по указанию жертвователя или же по решению администрации академии за счет процентов с суммы, находящейся на постоянном хранении в банке. Одна из таких премий — премия Пальцева — была присуждена Конференцией Бехтереву при окончании им полного курса академии. К занятиям большинство студентов относились добросовестно. Особое усердие, разумеется, проявляли нуждающиеся студенты. Лекции читались по расписанию шесть дней в неделю и заканчивались к трем часам дня. В послеобеденное время студенты работали в анатомическом театре, созданном в 50-х годах по инициативе профессора академии великого хирурга И. И. Пирогова, занимались в академических лабораториях, курировали больных в клиниках, слушали факультативные лекции профессоров и приват-доцентов.
Занятия в академии проводились с первого сентября по первое июня. Ежегодно сдавались курсовые экзамены. После второго курса экзамены были особенно серьезными, они назывались «полулекарскими»: после них студенты имели право работать фельдшерами. По окончании пятого курса давалось время на подготовку к лекарским экзаменам, которые обычно сдавались в декабре. Таким образом, курс обучения в академии продолжался фактически пять с половиной лет.
Кроме перерывов на летние и рождественские каникулы, каждый год занятия в академии прекращались в период ледостава и весеннего ледохода на Неве. Мосты через Неву (Литейный, Троицкий, Воскресенский) в эти дни разводились, так как передвижение льда угрожало их целостности. Многие преподаватели и некоторые студенты тогда не могли добраться до академии, в связи с чем возникали «узаконенные» перерывы в ее работе. В эти дни проживавшие на Выборгской стороне студенты больше времени проводили в клиниках, стремясь заменить отсутствующих сотрудников.
В Медико-хирургической академии существовал инспекторский надзор, который возлагался на инспектора и его курсовых помощников. Инспектором по «Положению» был офицер, назначенный военным министром. Его образовательный ценз в «Положении» оговорен не был. Помощниками же инспектора являлись врачи — выпускники академии. Инспектор и его помощники должны были не только следить за соблюдением студентами дисциплины, контролировать посещение ими лекций и практических занятий и пр., но и отвечать за их «благонадежность».
В 1869 году во время студенческих волнений, спровоцированных необоснованным исключением из академии двух студентов, инспекция, возглавляемая подполковником Смирновым, демонстрируя свое усердие, передала властям список студентов — «зачинщиков беспорядков». По распоряжению петербургского градоначальника Тренева они были арестованы ночью на квартирах и помещены в следственную тюрьму. Это привело к новой волне студенческих возмущений и произвело тяжелое впечатление на преподавателей. 15 марта в академии были прерваны занятия. 20 марта профессора И. М. Сеченов и С. П. Боткин выступили на заседании Конференции с заявлением, в котором осудили допущенные по отношению к студентам меры насилия и гневно заклеймили поведение инспектора академии, в значительной степени повинного в возникновении конфликта. Они отметили, что инспектор ведет себя неподобающим образом, в общении со студентами груб и «не стесняется тоном и выражениями». Хотя арестованные властями все-таки были наказаны (10 человек приговорены к тюремному заключению, 16 — исключены из академии), инспектору Смирнову пришлось уйти из академии; на смену ему был назначен гвардеец майор Песков.
В период обучения Бехтерева инспекторский надзор в Медико-хирургической академии несколько ослаб. Студенты активно участвовали не только в решении многих вопросов внутренней жизни академии, но и живо откликались на события, происходившие в Петербурге и во всей России.
Сходки студентов обычно устраивались по вечерам в студенческой читальне, которая располагалась на первом этаже левого крыла главного корпуса академии. Читальня была общественной и обслуживалась выборными лицами из студенческой же среды. Формировалась она в течение десятилетий, пополнялась главным образом за счет частных пожертвований. Фонд ее, помимо научной литературы на русском, латинском, немецком и французском языках, составляла беллетристика, немало было книг и по социологии, философии. Желающие могли раздобыть здесь даже издававшиеся нелегально в России и за рубежом работы Герцена, Огарева, Лаврова, Бакунина, Чернышевского, Писарева, Шелгунова. Однако администрация академии сквозь пальцы смотрела на дела студенческой читальни, и даже инспектор и его заместители появлялись здесь крайне редко, стараясь избегать никому не нужных конфликтов.
Читальню составляли два помещения: просторная передняя и большой, длинный зал, перегороженный широким прилавком, за которым стояли шеренги переполненных книгами, громоздких шкафов. На книжных прилавках, столах, широких подоконниках всегда лежали свежие газеты и журналы всевозможной политической направленности — и официальные правительственные, и либеральные, оппозиционные. Многие издательства присылали их сюда бесплатно, и не зря: читались они здесь усердно, газеты подчас зачитывались буквально до дыр. Любознательные студенты живо интересовались общественными проблемами.
Обшарпанные стены читальни всегда оказывались завешены объявлениями о сдающихся меблированных комнатах, о дешевых частных столовых, о возможной работе, предлагавшейся нуждающимся студентам, о предстоящих благотворительных вечерах, о намечаемых сходках, которые в ту пору созывались часто, для обсуждения проблем разного масштаба: и академических, и петербургских, и общегосударственных. Здесь велись дебаты о новых книгах, о выступлениях в печати общественных и государственных деятелей, обсуждались действия столичного генерал-губернатора, решения начальника академии, высказывания некоторых профессоров. В назначенный час студенты заполняли читальню и выслушивали добровольных ораторов, которые говорили прямо из толпы или взобравшись на стол. Нередко митинги в читальне возникали и стихийно. Если по обсуждаемым вопросам высказывались противоречивые мнения, разгорались горячие споры, которые затягивались подчас за полночь.
А утром студентам предстояло спешить на лекции, значение которых в процессе обучения трудно было переоценить, так как учебников в ту пору по многим предметам не существовало. Некоторые кафедры могли предложить студентам лишь иностранные, чаще немецкие руководства, среди которых обычно преобладало педантичное изложение множества фактов без какой-либо попытки их трактовки и обобщения. Авторы большинства иностранных изданий стояли на позициях разного рода идеалистических философских направлений.
На первом курсе Медико-хирургической академии клинических дисциплин, как и в современных медицинских институтах, не преподавалось. Много внимания уделялось изучению анатомии человека, физики и химии. Кафедры биологии не существовало, зато имелись три отдельные кафедры — зоологии, ботаники и минералогии. Серьезное изучение двух последних предметов подготавливало студентов к лучшему усвоению в дальнейшем такой важной для врача дисциплины, как фармакология.
Наиболее яркой личностью среди преподавателей первого курса был, пожалуй, заведующий кафедрой химии Александр Порфирьевич Бородин. Лекции он читал вдохновенно и необычайно интересно. В его устах химия представала наукой, изучавшей важнейшие процессы, происходящие в природе. Законы химии давали о себе знать буквально на каждом шагу, делая логичными и понятными постоянно происходящие повсюду превращения материи.
В общении со студентами Бородин был прост, внимателен, человечен и в то же время достаточно требователен. Авторитетом в академии он пользовался прочным и общепризнанным. Жил он в казенной квартире в принадлежавшем академии доме на Сампсониевской (с 1898 года Пироговской) набережной. Семью его составляли жена, тяжко страдающая от бронхиальной астмы и часто проживающая в связи с этим у своей московской родни, и две воспитанницы, которых воспитывал, быть может, главным образом личный пример Бородина, обладающего исключительной трудоспособностью. Большая неуютная квартира профессора всегда была гостеприимна. Ее охотно посещали не только друзья и единомышленники, но и студенты академии, а также слушательницы открытых при академии в 1872 году курсов «ученых акушерок». Приходили к Бородину по разным делам и вообще незнакомые люди с просьбой о помощи, о содействии, а иногда и для выражения ему своей признательности за вклад… в искусство.
