Существовала и территориальная оппозиция, охватившая Надтеречный район, откуда был родом бывший председатель Верховного Совета Чечено-Ингушетии Доку Завгаев. Здесь оппозицию возглавлял Умар Автурханов, который первым из видных деятелей Чечни высказался против отделения от России.

Разрыв Дудаева и Мамодаева привел к формированию территориальной оппозиции в Урус-Мартановском районе, где ведущие роли играют представители тейпа Чанхой, к которому относится и Мамодаев.

Р. Лабазанов, некогда начальник личной охраны Дудаева, а затем его кровный враг, занял третий по значению город республики Аргун.

Следующей оппозиционной группой являлась возникшая в 1993 году группа Яраги Мамодаева — вице-премьера «первого дудаевского набора». Эта оппозиция возникла после потери контроля за торговлей нефтепродуктами.

В селении Толстой-Юрт располагалась штаб-квартира сторонников бывшего спикера российского парламента Руслана Хасбулатова, называющая себя «Миротворческой группой Хасбулатова».

Обострение ситуации не могло не привести к объединению оппозиции. Был создан Временный Совет оппозиции, который прочно удерживал политическую и административную власть в Надтеречном районе.

Лидером Временного Совета являлся Умар Автурханов, которого (как считали многие в Чечне) «готовили» в Москве для смещения Д. Дудаева. Заметную роль во Временном Совете стал играть Руслан Хасбулатов, пользующийся в Чечне значительным авторитетом.

Рост коррупции и политический кризис в Чечне привели к тому, что требование политической оппозиции об ограничении власти Дудаева начали поддерживать и парламент, и конституционный суд. Однако Дудаев, хорошо усвоив уроки 1991 года, борьбу с оппозицией вел в условиях введения чрезвычайного положения с целью защиты от российских посягательств.

В августе 1994 года Автурханов при поддержке своего земляка Завгаева, занимавшего скромную должность в администрации Президента России, смог пробиться к высшему руководству Федерации и получить материальную и финансовую помощь для сил чеченской оппозиции.

К этому времени Чечня превратилась в бесконтрольную территорию, позволяющую сформировать уникальный источник теневой прибыли, контроль за которой осуществлялся не только мафиозными, но и другими структурами.

Российские депутаты в марте 1994 года приняли постановление Госдумы и Совета Федерации «О политическом урегулировании отношений федеральных органов власти с органами власти Чеченской республики».

Принятые российским руководством документы предусматривали консультации со всеми политическими силами Чечни и подписания Договора о взаимном делегировании полномочий после «проведения свободных выборов в органы власти Чечни и в Федеральное собрание Российской Федерации». Однако такая форма взаимоотношений не устраивала Грозный. Во-первых, чеченские власти не считали республику субъектом России. Во-вторых, чеченское руководство не желало вести многосторонние переговоры с участием оппозиции Дудаеву.

В конце августа 1994 года Д. Дудаев и атаман Союза казаков Ростовской области Войска Донского Николай Козицын подписали «договор о дружбе и сотрудничестве между Всевеликим Войском Донским и Чеченской республикой Ичкерией». В договоре говорилось, что «стороны обязуются не допускать на своей территории, а также через свою территорию вооруженные силы и формирования, оружие, боеприпасы, военное снаряжение, предназначенное для использования в борьбе против одной из договаривающихся сторон». В России этот договор оценивался неоднозначно, но самому Дудаеву он принес много политических очков.

К началу боевых действий в 1994 году в Грозном насчитывалось 60 орудий и минометов, 30 ракетных систем залпового огня «Град», 50 танков, около 100 БМП и БТР, около 150 зенитных средств и большое количество ручных гранатометов. К окончанию военных действий в 1996 году на вооружении чеченцев находились 5 танков, 7 единиц другой бронетехники, 14 орудий и минометов, столько же зенитных установок, 2–3 ракетные системы залпового огня «Град».

Структура вооруженных формирований «Чеченской республики Ичкерия» была весьма разветвленная. Президентская гвардия под командованием Ильяса Талхадова включала в себя десантно-штурмовой и мотострелковый батальоны численностью более 2 тысяч человек. Кроме того, в правительственные силы входили следующие подразделения: «Абхазский» десантно-штурмовой батальон под командованием Шамиля Басаева, «Шариатский» батальон Арби Бараева, Галанчошский полк спецназа под командованием Руслана Гелаева, Шалинский танковый полк Сайпутдина Исаева, горнострелковый полк Ибрагима Арсанукаева, полки полевой артиллерии, ракетных систем залпового огня, зенитно-артиллерийский, противотанковый, два мотострелковых, пехотный, два инженерных батальона, два батальона связи.

В период с 1 по 7 сентября в Чечне начались вооруженные столкновения правительственных сил с вооруженными отрядами оппозиции. Начали поступать сводки о боевых действиях сторон, из которых следовало, что в Чечне началось взаимное истребление.

В октябре, в соответствии с указаниями Президента России Ельцина, министр обороны Грачев распорядился об образовании в Главном оперативном управлении Генерального штаба оперативной группы по Чечне, которая должна была разработать сценарии развития событий при силовом давлении на Чечню, включая ввод войск и боевые действия, и обеспечить координацию действий армии, МВД, ФСК, пограничных войск при планировании и подготовке вторжения. Группу возглавили заместитель начальника Главного оперативного управления генерал-лейтенант А.В. Квашнин и генерал-лейтенант Л.В. Шевцов. Директивой Генштаба было предписано доукомплектовать части СКВО, которые планировалось задействовать в операции. В течение октября отряд чеченской оппозиции из 120 человек под руководством офицеров 33-го мотострелкового полка прошел четырехнедельный курс подготовки на полигоне «Прудбой» 8-го Волгоградского армейского корпуса Российской армии.

События в начале октября 1994 года свидетельствовали о переходе инициативы в руки оппозиции. 2 октября продолжились атаки, имеющие главную цель — уничтожить авиацию правительства Дудаева. В результате ракетного обстрела были уничтожены три истребителя и один поврежден. В боевых действиях против сил Дудаева принимали участие боевые вертолеты; 13 октября вооруженные формирования Чечни атаковали базу отрядов оппозиции в районе села Гехи; 15 октября отряды оппозиции в свою очередь атаковали Грозный: Беслан Гантемиров — с юга, У. Автурханов и Р. Лабазанов — с севера, однако атакующие были остановлены; 16 октября отряды оппозиции отступили на исходные рубежи — в села Знаменское и Гехи. Дудаевские силы снова взяли под контроль столицу.

В ноябре военная помощь чеченской оппозиции усилилась. Согласно директиве Генерального штаба от 1 ноября 1994 года Северо-Кавказский военный округ предоставил оппозиции 40 танков. 3–9 ноября офицеры Управления ФСК по Чеченской республике, действующего при Временном Совете ЧР, с санкции Управления по борьбе с терроризмом (начальник — генерал-лейтенант А.П. Семенов) и Управления военной контрразведки (начальник — генерал-полковник А А. Моляков) ФСК России завербовали в частях Московского округа танкистов. Отправкой военнослужащих на Кавказ, которую санкционировал начальник Генерального штаба генерал-полковник М.П. Колесников, руководил заместитель министра по делам национальностей А.А. Котенков. К 16 ноября наемники прибыли в Моздок и начали подготовку 40 танков к броску на Грозный.

17 ноября Временный Совет ЧР начал подготовку своего последнего наступления на Грозный. Из Москвы в Моздок прилетела большая группа офицеров во главе с М.П. Колесниковым, непосредственное руководство боевыми действиями было возложено на заместителя командира 8-го Волгоградского армейского корпуса Г. Н. Жукова. 26 ноября антидудаевская оппозиция начала штурмовать Грозный. Ее танки без особых проблем дошли до центра города, где вскоре были расстреляны из гранатометов. Многие танкисты погибли, десятки попали в плен. Выяснилось, что все они — российские военнослужащие. Крах «специальной операции», катастрофическое поражение антидудаевской оппозиции и ставшее достоянием гласности участие в боевых действиях силовых структур и специальных служб России поставили Президента и Правительство России перед выбором. Можно было, приняв на себя ответственность за случившееся, вернуться к политическим средствам урегулирования взаимоотношений. Однако федеральный центр, стремясь загладить провал, вновь предпочел путь эскалации конфликта, теперь уже с прямым участием армии и внутренних войск.