К 15.00 12 августа боевые действия в Грузии были прекращены, и Президент России Д. Медведев объявил о завершении операции по принуждению грузинских властей к миру. К этому моменту части Вооруженных Сил РФ контролировали территорию Южной Осетии и прилегающие к ней районы, в том числе Горийский, зону ограничения вооружений вдоль административной границы Грузии и Абхазии, а также города Зугдиди, Сенаки и Поти.
18 августа, в соответствии с подписанным при посредничестве президента Франции Н. Саркози планом урегулирования грузино-югоосетинского конфликта, начался вывод подразделений ВС РФ с территории Грузии, полностью завершившийся к 9 октября В этот же день Советом глав МИД стран СНГ было принято техническое решение о прекращении деятельности Коллективных сил по поддержанию мира на территории Абхазии. Для обеспечения безопасности Республики Абхазия и Республики Южная Осетия высшим военно-политическим руководством России было принято решение о развертывании на их территории двух мотострелковых бригад численностью 3800 человек в каждой.
По информации Генерального штаба ВС РФ, в ходе боевых действий безвозвратные потери российских войск составили 71 человек убитыми и 323 — ранеными. Официально признана потеря трех штурмовиков Су-25 и одного дальнего бомбардировщика Ту-22МЗ (по неофициальным данным, потери авиации ВС РФ составили семь самолетов, дальний бомбардировщик Ту-22МЗ, фронтовой бомбардировщик Су-24, самолет-разведчик Су-24МР и четыре штурмовика Су-25). Еще один штурмовик Су-25 был поражен ракетой ПЗРК «Игла», но сумел вернуться на свой аэродром. В связи с многочисленными публикациями в СМИ относительно целесообразности применения в конфликте самолетов дальней авиации представляется нужным отметить, что эти самолеты, помимо большой дальности полета, обладают также и значительной боевой нагрузкой, и при грамотном применении небольшое количество самолетов дальней авиации могут нанести ощутимый ущерб противнику. С этой точки зрения применение дальних бомбардировщиков Ту-22МЗ в конфликте выглядит вполне оправданным.
Точные данные о потерях грузинских войск отсутствуют. По данным иностранной печати, было убито 198 грузинских военнослужащих, ранено — 1700. Уничтожены практически все самолеты и вертолеты ВВС Грузии, в том числе 12 штурмовиков Су-25 различных модификаций. В порту Поти был уничтожен весь корабельный состав грузинских ВМС. Большое число вооружений и техники грузинских сухопутных войск досталось России в качестве трофеев.
По официальным заявлениям грузинской стороны, российские миротворческие силы, оставшиеся на территории Грузии после подписания плана Медведева — Саркози, «реально представляли оккупационные войска, главной целью которых было не урегулирование конфликта, а присвоение грузинских территорий».
5 ноября 2008 года на официальной пресс-конференции в Риге президент Грузии Михаил Саакашвили озвучил версию Грузии о начале войны. В соответствии с ней в августе 2008 года произошло нападение России на Грузию, которое началось с территории Украины. По утверждениям Саакашвили, началом конфликта стал выход кораблей Черноморского флота России из Севастополя к берегам Грузии, который произошел за 6 дней до первых выстрелов на административной границе с Южной Осетией. Президент Украины Ющенко попытался остановить Черноморский флот своим указом, но Россия его проигнорировала. Данная версия оспаривается украинскими и российскими СМИ, указывающими на то, что указ Ющенко появился лишь 13 августа, то есть спустя 5 дней после начала войны, и после того, как Президент России Медведев официально объявил о прекращении военной операции.
В то же время, по мнению Саакашвили, Россия не пошла на завоевание всей Грузии из-за того, что якобы понимала готовность вооруженных сил Грузии оказать ей сопротивление. При этом Саакашвили почему-то убежден, что против Грузии воевало 95 % вооруженных сил России, «сбито 17–19 летательных аппаратов, 58-я российская армия фактических была сожжена 4-й бригадой». Саакашвили стремится показать, что очень доволен действиями армии Грузии («Грузинская армия оказала примерное сопротивление монстру — армии большой страны»).
Президент Южной Осетии Эдуард Кокойты 10 ноября 2008 года сказал: «Сегодня с точки зрения той информации, которая поступает и на западные СМИ, а через них уже доводится до международного сообщества, говорит о том, что наступает уже перелом в таком информационном противостоянии, потому что та ложь, та грязь, которую пытались в самом начале вылить на осетинскую сторону, на российскую сторону. Сегодня уже Запад все больше и больше приходит к тому пониманию, кто и как развязал эту агрессию, кто навязал нацизм… Поэтому, если мы с вами опять-таки консолидируем все наши усилия, для того чтобы прорвать и окончательно развеять все эти грузинские мифы о якобы опасности и агрессии со стороны Южной Осетии и со стороны России, чем больше правды будет знать народ, международное сообщество, тем меньше они будут допускать ошибок. Таких горячих точек, как Южная Осетия, уже не будет…»
Ряд средств массовой информации распространял сведения о том, что целью военной операции России был захват Тбилиси и свержение грузинского руководства. Политическое давление США и их союзников, а также неготовность военных к подобной операции якобы сорвали такой сценарий. Например, согласно сведениям, опубликованным 13 ноября 2008 года французским журналом Nouvel Observateur, Путин якобы грозился во время встречи 12 августа с президентом Франции Саркози «подвесить Саакашвили за яйца (при этом Медведев объявил о прекращении военной операции перед встречей с Саркози). Однако все эти сведения опровергаются официальными представителями России. Пресс-служба Путина назвала статью в Nouvel Observateur «инсинуацией провокационного характера». Отвечая на вопрос, почему все-таки российские военные не дошли до Тбилиси, постоянный представитель России в НАТО Дмитрий Рогозин 22 августа 2008 года заявил, что цели дойти до Тбилиси у российского руководства не было, так как единственной целью России было спасти осетин от физического уничтожения.
13 августа Грузия приняла план урегулирования конфликта, но с оговорками. Так, по просьбе грузинского президента был убран пункт о начале обсуждения будущего статуса Южной Осетии и Абхазии. Президент Франции Николя Саркози подтвердил заявление Саакашвили, добавив, что пункт о начале обсуждения будущего статуса двух непризнанных республик убран с согласия Президента России Медведева. Этот пункт был переформулирован, так как допускал двусмысленную трактовку. После внесения изменений Саакашвили объявил, что подписывается под планом урегулирования и принимает условия прекращения огня в зоне грузино-осетинского конфликта. В новой формулировке шестой пункт звучит так: «Обеспечение международных гарантий безопасности Южной Осетии и Абхазии».
Тем не менее все это время грузинская сторона демонстрировала свое нежелание смириться с создавшимся положением. Так, 3 октября 2008 года возле штаба миротворческих сил в Цхинвале был подорван привезенный для досмотра грузинский легковой автомобиль. Погибли семь российских военнослужащих, в том числе начальник Объединенного штаба сил по поддержанию мира в Южной Осетии Иван Петрик.
Мощность взрывного устройства оценивается в 20 кг тротила. В тот же день в Ленингорском районе было совершено покушение на главу администрации Анатолия Маргиева. 5 октября в Цхинвале в результате обстрела с грузинской стороны погиб сотрудник российской строительной компании, восстанавливающей Южную Осетию. Обстрел произвели люди в форме грузинского спецназа. 6 октября перед головной машиной колонны выводимых с территории Грузии российских миротворцев северо-восточнее Зугдиди произошел подрыв взрывного устройства.
В ноябре 2008 года ситуация в зоне конфликта оставалась напряженной. Приходили сообщения о взрывах и обстрелах с человеческими жертвами в районе грузино-осетинского конфликта. Аналогичные сведения приходили и с грузино-абхазской границы.
