История эта произошла, по всей видимости, уже после отставки Менделеева (Ньютон родился в 1642 году, следовательно, юбилей отмечался в 1892-м). Сам по себе его уход из университета никакими громкими заявлениями не сопровождался. Ничего подобного не было и быть не могло, а были непрекращающаяся нервотрепка и тяжкое разочарование. Когда пишут о причинах ухода Менделеева из Петербургского университета, в первую очередь указывают на его конфликт с министром просвещения графом Деляновым. Действительно, это столкновение, спровоцированное не столько Менделеевым и даже не Деляновым, а, скорее, одержимыми судорожным нетерпением студентами, толкнувшими своего любимого профессора в безвыходную ситуацию, является главным обстоятельством, вынудившим Менделеева подать в отставку. Однако не всё так просто. Во-первых, этот поступок великого ученого и педагога выглядит вполне естественным, соответствующим его внутреннему состоянию: «…утомленный 35-летнею профессурою, я решился ее совершенно оставить, тем более что возобновляющиеся студенческие беспорядки просто влияли на мое некрепкое здоровье, а начавший действовать новый университетский устав, очевидно, начал уже гасить светлые стороны лишь недавно возбужденной нашей научной деятельности и понизил влияние чистой науки на молодежь».Покинув университет, Дмитрий Иванович, конечно, терял привычный образ жизни, лабораторию, квартиру, хорошее жалованье, но и взамен получал немало: возможность расходовать время по собственному усмотрению и работать над масштабными проектами (он к этому времени уже увлекся экономикой заводского дела, проблемами международной торговли и научным обоснованием торговых тарифов, а вскоре охотно займется изобретением нового универсального пороха).

Что же касается материального обеспечения, то у Менделеева оставались пенсия, доходы от переиздания «Основ химии», заработок эксперта и, конечно, вознаграждение за выполнение крупных заданий, каковых впереди намечалось множество. Причем специалисту такого уровня готовы были платить значительно больше, чем он соглашался брать. Когда, например, чиновник военного ведомства, которому было поручено утрясти с Менделеевым все формальности его работы в качестве консультанта по разработке бездымного пороха в Техническом комитете министерства, спросил, какое жалованье тот хотел бы получать, ученый, в свою очередь, поинтересовался: «Какое вознаграждение получают генералы и адмиралы, члены Технического комитета?»— «По две тысячи в год». — «Ну, и мне две тысячи». — «Но мне разрешено предложить вам до 30 тысяч». — «Нет, много дадут, много и спросят. Две тысячи!»

Однако эти плюсы, вполне очевидные и до 1890 года, сами по себе, конечно, не могли заставить Менделеева уйти из университета. Слишком многое в его жизни было связано с этими стенами. Не будем забывать, что и Главный педагогический институт, его альма-матер, когда-то размещался в этом же здании. Здесь Менделеев подростком боролся с болезнью, впервые вкусил радость науки, прошел путь от слабосильного, плохо успевающего студента до вдохновенного лектора и всемирно известного ученого. Здесь росли, открывали мир его дети, а сам он не раз переживал яркие озарения и мучительные ошибки. Здесь он был доведен до последней черты своей невероятной любовью и невыносимой семейной трагедией. Сюда к нему приходили самые лучшие, самые талантливые люди России. Менделееву было уже 56 лет, и он нес ответственность не только за себя, но и за молодую жену и четверых малолетних детей, за первую жену, за старшего сына Володю, у которого служба пока не очень складывалась. Слава богу, удалось устроить его на недавно спущенный на воду фрегат «Память Азова». Скоро фрегат уходит в дальний поход — вокруг Европы, потом вокруг Азии. Это будет хорошее плавание — на судне цесаревич Николай Александрович отправится в образовательное путешествие, пусть будущий государь увидит мир и утвердится в понимании России…

События, приведшие к отставке Д. И. Менделеева, были описаны им самим сразу же после случившегося, причем столь многословно, что мы вынуждены ограничиться пересказом самых главных подробностей.

Всё началось во вторник, 13 марта 1890 года, когда к нему домой пришел сначала профессор Ф. Я. Гоби, а потом профессора Иностранцев с Докучаевым, встревоженные подготовкой назначенной на следующий день университетской сходки, в которой были намерены участвовать и студенты других учебных заведений. Гости рассказали, что депутаты от студентов, не будучи в состоянии толком выразить суть своих претензий, тем не менее обещали: если профессора выйдут поговорить с ними и примут их петиции с требованием реформ в университете, то беспорядков не будет, даже если начальство оставит их послание без последствий. То есть назревала буза ради бузы, и бузотеры объясняли профессорам, как их, бузотеров, можно успокоить и умиротворить. Профессора решили принять петицию и пришли звать с собой Менделеева. У Дмитрия Ивановича была в этот день лекция, поэтому он в любом случае должен был быть в университете. Он, как обычно, дал согласие на участие в переговорах, умиротворении и передаче требований — лишь бы уберечь студентов от беды, а университет от потрясений.

На следующий день посредине лекции Менделеева срочно пригласили от имени попечителя в правление университета. Он все-таки закончил лекцию, после чего направился по вызову, но попечителя не нашел, зато встретил нескольких профессоров вместе с «исправляющим должность» ректора профессором Васильевым (Владиславлев в это время сильно болел). Профессора проследовали в зал, битком набитый студентами. Менделеев отметил про себя, что это сборище выгодно отличалось от сходок трехлетней давности, когда аудитория буквально источала злобу. Началось «умиротворение». Уважаемые преподаватели просили молодых людей успокоиться, говорили о неуместности и опасности беспорядков; студенты слушали их вполне доброжелательно, некоторым даже хлопали. Потом какой-то студент прочитал с грязного, замусоленного листка «требования». После этого толпа стала выкликать фамилию Менделеева. Тот поднялся на кафедру и сообщил, что согласен передать требования в устном виде министру. Все успокоились и разошлись. Менделеев пошел домой завтракать, пригласив с собой Бекетова и Иностранцева. Вскоре к их компании присоединился и профессор Вагнер. Потом у Дмитрия Ивановича была еще одна лекция, о сере, хлоре и марганце, по завершении которой он отправился к больному Владиславлеву и доложил все подробности сходки.

Владиславлев был неподдельно обрадован благополучным исходом дела и даже заявил, что в ситуации, когда «нет озлоблений и поводов к строгостям», будь он в здравии, сам принял бы петицию от каждого студента и лично передал министру. С тем Менделеев и отправился к графу Ивану Давыдовичу Делянову, у которого тоже состоялся тихий и благопристойный разговор с участием министра финансов и старого друга Менделеева Ивана Алексеевича Вышнеградского. Делянов говорил, что причина беспорядков «бабья», поскольку всё началось из-за каких-то женщин, имеющих отношение к Петровской академии, что беспорядки, слава богу, не вышли за опасные пределы, арестованных нет, вот завтра бы еще как-то пригасить, утихомирить демонстрацию… Никаких упреков Менделееву по поводу передачи устных требований студентов не прозвучало. Уставший Дмитрий Иванович заспешил домой, поскольку была среда, традиционный день приемов, и он должен был встречать гостей.

На следующий день, в четверг, плохо выспавшийся Менделеев пришел на лекцию загодя и расположился в препаровочной отдохнуть, а заодно хотел узнать у Тищенко последние новости. Беспорядки в университете продолжались, но арестов пока не было. Говорили о том, что полиция хорошо знает всех зачинщиков и активистов, включая сына профессора Березина; если университет не успокоится, завтра они будут посажены в крепость. Рассказывали, что попечитель накануне сам созвал студентов и обрушился на них столь яростно, чуть ли не с кулаками, что многие восприняли его угрозы как запрет посещать лекции. Все теперь ждали еще бблыпих беспорядков. Расстроенный этими сообщениями Менделеев направился читать следующую лекцию, уже зная, что студенты в невиданном количестве набились в его аудиторию.