Время было счастливое — и не только потому, что Менделеев был влюблен и с трепетом ожидал свадьбы. Он оказался в гуще жизни столичного научного сообщества, которое в ту пору буквально бурлило новыми идеями. Рядом с ним находилось множество молодых энергичных ученых. Кое-кого он знал раньше, но теперь они стали взрослыми, самостоятельно мыслящими людьми. Одним из первых, с кем он сошелся, был математик Иван Вышнеградский, закончивший институт на несколько лет раньше. Он уже успел защитить магистерскую диссертацию и поработать в Артиллерийской академии. В будущем И. А. Вышнеградский увлечется механикой и станет автором нескольких важных исследований в этой области, а по том проявит себя и на государственном поприще — войдет и состав правительства и пять лет будет служить министром финансов. Столкнувшись с проблемой нехватки средств, Менделеев недолго проживет в доме Вейдле — снимет на двоих с Вышнеградским скромную квартиру на Съезжинской, в доме Журина. Здесь он будет жить, пока сердечные обстоятельства не заставят его сменить адрес.

Близким другом и частым гостем Менделеева в этот период стал Платон Пузыревский, выпускник университета и соискатель магистерского звания. У них с Менделеевым были общие учителя — Воскресенский и Куторга. Несмотря на то что Л. А. Пузыревский был на четыре года старше Менделеева, именно Менделеев (вместе с Воскресенским) будет оппонентом на защите его диссертации по минералогии. После этого он защитит диссертацию о русских апатитах на право преподавания и будет избран доцентом на кафедре геологии и геогнозии того же факультета, что и Менделеев, и даже займет его место секретаря. Еще один приятель — Александр Бородин, сотрудник Медико-хирургической академии, блестящий химик и талантливый музыкант — работал уже над докторской диссертацией «Об аналогии мышьяковой кислоты с фосфорною в химическом и токсикологическом отношении». Тема эта очень интересовала Менделеева, и он оказался одним из активных участников диспута, на котором А. П. Бородин защищал свою диссертацию. Очень много дала Менделееву дружба с молодым химиком, военным инженером Л. Н. Шишковым — будущим создателем теории горения порохов, а в то время увлеченным исследователем химизма распада взрывчатых веществ. Добрые, приятельские отношения сложились у Менделеева также со служащим Горного департамента, специалистом по металлургии А. И. Скиндером, преподавателем Корпуса путей сообщения и одновременно лаборантом физико-математического факультета университета Э. Ф. Радловым, а также лаборантом (и будущим директором) Технологического института Н. П. Ильиным.

Ситуация в отечественной химии складывалась в некотором смысле парадоксальная: русским химикам, лишенным из-за тотальной отсталости промышленности возможности использовать свои знания и открытия для развития технологии, ничего не оставалось, кроме расширения и углубления фронта фундаментальных исследований. Оценить же полученные результаты было невозможно без мнения научного сообщества. Мысль брала на себя функции отсутствующей практики. Почти все, с кем сблизился в это время Менделеев, были энтузиастами научного общения и сотрудничества, и в скором будущем им вместе с ним суждено было стать организаторами Русского химического общества. Пока же они представляли разные научные школы, кружки и лаборатории, которых в Петербурге было довольно много. Платон Пузыревский активно участвовал в работе Минералогического общества, члены которого собирались в Горном институте и в университетском кабинете руководителя общества С. С. Куторги. Здесь читали и жарко обсуждали доклады о разведке природных запасов России и о пользе, которую можно было бы из них извлечь. Бородин и Шишков были членами кружка профессора Медико-хирургической академии Н. Н. Зинина — пожалуй, самого представительного профессорского клуба, где часто бывали А. А. Воскресенский, Ю. Ф. Фрицше, А. Н. Энгельгардт и многие преподаватели провинциальных российских университетов. Дальновидный Воскресенский ввел своего ученика в этот ученый круг еще студентом, и Менделеев был хорошо знаком с самим Зининым и завсегдатаями собраний, проходивших в служебной лаборатории и на квартире Николая Николаевича. Кроме того, Дмитрий Иванович часто работал в частной лаборатории Н. Н. Соколова и А. Н. Энгельгардта на Галерной улице. Здесь можно было пользоваться отличным оборудованием и дорогими химикатами, что особенно привлекало малообеспеченных молодых химиков. В 1858 году Леон Шишков, ушедший от своего учителя Зинина и сосредоточившийся только па работе с взрывчатыми веществами, создал свою собственную лабораторию — ее двери также были открыты для Менделеева.

Дмитрий Иванович в то время, по всей видимости, не особенно задумывался о выборе кружка или о том, как все эти кружки объединить. И наука, о которой он так мечтал в Одессе, пока еще не стала для него главной целью. В первую очередь ему нужны были деньги на жизнь. К тому же он собирался жениться и оттого ни на минуту не мог забыть о частных уроках и статьях для «Журнала министерства народного просвещения». Времени не хватало, постоянная нагрузка и число временных поручений на факультете с каждым днем росли — то нужно было заменить на экзамене заболевшего Куторгу, то выступить в качестве оппонента на диспуте… После Одессы Менделеев выполнил лишь одну заметную работу — о сернисто-энанолевой кислоте, в которой его интересовал вопрос о различной природе кислорода в органических соединениях. Остальные замыслы были отложены. До конца лета он продолжал жить в радостном напряжении. Впереди были свадьба, заграница, захватывающая работа. Ради этого стоило не спать ночами и питаться в дешевой кухмистерской. И вдруг всё оборвалось — ему было отказано. В любви. В жизни. В счастье. Он снова один на белом свете. Идти некуда: мать умерла, институт закрыли. После обрушившейся на него тяжелейшей депрессии Менделеев три месяца старательно избегал знакомых, особенно земляков, и хотел только одного — дороги. В январе она пыла ему дарована. Университет, наконец, получил разрешение па отправку приват-доцента Дмитрия Ивановича Менделеева стипендиатом в Европу для совершенствования в науках. Нужно было только закончить семестр. В апреле он отправился дилижансом до Варшавы. Билет взял на место рядом с кучером — так дешевле, а главное, было куда девать ноги.

Первое письмо на родину пришло в конце августа — через три с половиной месяца после отъезда. Само собой, Менделееву хотелось, чтобы в Петербурге и Сибири подзабыли и о нем, и о его сватовстве. Но главным образом дело было в заграничных впечатлениях, которые такой массой обрушились на молодого ученого, что было не до писем.

В Варшаве пересел на поезд (после жестких козел бока еще ох как долго болели, да бог с ними) и покатил по открытой во все стороны Европе, в которой поражало всё — от благословенного климата и природных красот до дешевизны жизни и доступности великолепного искусства. «Описывать эти три месяца, проведенных за границей, нет никакой возможности. Посудите сами — в это время я объехал и погостил в следующих местах: из Варшавы в Краков и Величку, старинную столицу Польши и великолепнейшие рудники каменной соли, оттуда в Бреславль и Дрезден. Если бы хотелось что сказать, так это о Дрездене… да жаль писать об этих вещах, да в двух словах, даже и говорить-то как-то жаль — не выйдет. Затем — Лейпциг, Эрфурт, Франкфурт-на-Майне, Гейдельберг…»Это он за собой еще в Одессе заметил: трудно в нескольких словах передать волнующие мысли и чувства. Что-то внутри заставляет высказаться со всей полнотой. Непременно со всей полнотой. А ежели не получается — слов не хватает или времени, — то и вовсе пока не надо. Лучше отложить, успокоиться, додумать. Дождаться времени, найти слова. Потом (уже скоро) он поймет, что изъясниться полностью не получается никогда. Тогда, наверное, и лягут ему на душу — до самых последних дней — строки тютчевского «Silentium!» о неизреченности мысли: