Весьма знаменательно, что ненависть Добролюбова к институту была направлена не только против учебного заведения, но и конкретно против его директора Ивана Ивановича Давыдова, с которым он вел просто-таки смертельную борьбу. Когда-то Давыдов, как написано в старом справочнике, был «освежающим элементом» в Московском университете 1820-х годов. Он являлся приверженцем философии Шеллинга, что наложило отпечаток на его деятельность в качестве профессора латинской словесности, философии и даже высшей алгебры и руководителя кафедры русской словесности. Но к тому времени, когда он стал в Петербурге директором Главного педагогического института и членом Главного правления училищ (1847), взгляды его давно переменились: теперь он был сторонником теории официальной народности с ее триадой («Православие, самодержавие, народность»), да к тому же в натуре его проявились такие малоприятные качества, как мелочность и мстительность. Известно, что он, будучи цензором, «придержал» «Русскую хрестоматию» А. Д. Галахова за то, что автор не указал в списке рекомендуемой литературы какой-то его труд. В борьбе между академиком, будущим сенатором Давыдовым и юным студентом историко-филологического факультета Добролюбовым первый нанес второму два очень сильных удара. В 1855 году был произведен обыск в бумагах Добролюбова с целью обнаружить оригинал издевательского стихотворения на юбилей Н. И. Греча, которое написал и пустил по рукам Добролюбов. Оригинала этого длинного, ядовитого, но, увы, недаровитого произведения не нашли; однако были обнаружены и легли на стол директора другие бумаги не менее «подрывного» содержания. Все были уверены, что смутьяна ждет, по крайней мере, исключение из института. Но Давыдов вел себя так, будто ничего не случилось. Конечно же в первую очередь он не хотел привлекать внимание начальства к подведомственному ему заведению, но многим в институте могло показаться, что директор великодушно взял Добролюбова под свою молчаливую защиту. Этого студент простить ему не мог. Второй удар директор нанес накануне выпуска, когда каким-то образом смог внушить товарищам Добролюбова, распределенным в самые дальние гимназии и училища, что их главный «карбонарий» обращался к нему с просьбой о хорошем назначении. Добролюбов, и сам допускавший весьма жесткие методы борьбы с врагом, не нашел для себя возможным объясниться с отвернувшимися от него друзьями, чем обрек себя на жгучие нравственные страдания и еще более ожесточенную, самозабвенную борьбу с Давыдовым. Стоила ли она таких сил и мучений, мы судить не вправе, но цена ее известна: «Всё унес этот проклятый институт со своей наукой бесплодной, всё, даже воспоминания детства».

Духовно близкий Добролюбову Николай Гаврилович Чернышевский, учившийся по соседству в университете и бывший вполне в курсе дел Главного педагогического института, поместил тоже очень выразительную запись в дневнике студента Трофимова — персонажа романа «Пролог»: «Прощай, институт, убивающий умственную жизнь в сотнях молодых людей, рассылающий их по всей России омрачать умы, развращать сердца юношей, — прощай, институт, голодом и деспотизмом отнимавший навек здоровье у тех, кто не мог примириться с твоими принципами раболепства и обскурантизма, — прощай, институт, из которого выносили на кладбище всех, отважившихся протестовать против твоей гнусности…»

А что же Менделеев? Ведь происхождение и юношеские испытания, выпавшие на долю Менделеева и Добролюбова, были удивительно схожи. Добролюбов был из семьи священника; едва поступив в институт, он потерял обожаемую мать, а затем отца и такое количество других близких родственников, что даже боялся открывать письма из дома — почти в каждом сообщалось о чьей-то смерти. Наконец, они оба были больны.

И при этом — разительное отличие в отношении к своему учебному заведению. Что же являлось причиной искренней благодарности Менделеева институту и уважения к Давыдову, который по всем статьям был самый что ни на есть «латинянин» и защитник оторванного от жизни классического образования?

Во-первых, у Менделеева не было и не могло быть столкновения с Давыдовым на идейном поле. Дело не только в том, что Добролюбов и Давыдов были литераторами, а Дмитрий — естествоиспытателем. Традиции его семьи, истории корнильевского и Соколовского родов сформировали его как человека труда и долга, обязанного преуспеть в жизни — такой, какая она есть. Одним из самых запомнившихся событий его биографии стал момент, когда он, едва став студентом, должен был собственноручно написать расписку, что обязуется после окончания института отработать преподавателем не менее двух лет за каждый год обучения в институте: «Мы все твердо знали, давши при вступлении личные обязательства, что будем педагогами, а потому по косточкам разбирали всю предстоящую нам жизненную обстановку…»Ему даже в голову не могла прийти цель, которую ставил перед собой Добролюбов: добиться отставки из учебного ведомства. Молодой Менделеев был полностью лишен бунтарского инстинкта в его добролюбовском понимании, он ничего не имел против идейных основ института и, более того, был совершенно согласен с официальной трактовкой образования как процесса, который должен опираться на твердые основы и служить воспитанию благородных и полезных членов общества со страхом Божьим в душе, любовью к отечеству и повиновением начальству. Возможно, если бы Давыдов попытался вызвать Дмитрия на откровенный разговор, могла бы выясниться значительная разница в их взглядах на содержание этих самых «основ», понимании «полезности» и «благородства». К счастью, ни Давыдов, ни Менделеев не испытывали нужды в таком разговоре. Что же касается страха Божьего, любви к отечеству и повиновения царской власти, то их необходимость ему не Уваров с Давыдовым внушили, а завещала любимая мать. Впоследствии он, конечно, испытает проблемы и со страхом Божьим, и в отношениях с начальством, но причиной тому будет не бунтарство, а знание. И любовь к отечеству.

К тому же даже в студенческие годы лояльность Менделеева к институтскому начальству имела свои очень четкие внутренние границы. М. А. Папков рассказывает о случае группового протеста старшекурсников против режима наушничества, широко применявшегося в заведении. Вскрылось, что особенную роль в организации взаимного доносительства играл старший надзиратель А. И. Смирнов. Менделеев не принял в беспорядках никакого участия, а просто вычеркнул это имя из своего круга общения. Выпустившись из Главного педагогического института, он в письмах другу (Папков после реорганизации остался на третьем курсе) просил кланяться всем преподавателям и даже какому-то незаметному надзирателю по имени Александр Львович (фамилию Папков забыл), но только не потерявшему в его глазах репутацию благородного человека Смирнову.

Во-вторых, жесткая регламентация жизни, плотное, неусыпное попечение со стороны взрослых оказались в каком-то смысле спасительными для потерявшего мать и сестру юноши. Здесь о нем по-настоящему заботились, лечили и даже готовы были устроить на учебу в теплые края. Менделеев прекрасно понимал, что ни в одном другом учебном заведении, тем более открытом, учиться не сможет. Нищему студенту необходимы были пропитание, одежда, кров, книги и постоянное квалифицированное лечение — всё это он имел благодаря институту.

И в-третьих — по порядку, но не по значению — система образования Главного педагогического института, где научные светила передавали знания весьма немногочисленной группе студентов, помогала ему проникать в самую их глубину. «Сущность пользы от закрытого заведения сводится не только на то, что у их питомцев больше времени для занятий и углубления в науку и предстоящие жизненные отношения, чем у студентов открытых учебных заведений, и гораздо больше общности и целости во всём, начиная с привычек и кончая мировоззрениями. Сужу об этом по личному примеру, потому что сам обязан Главному педагогическому институту всем своим развитием…»— писал Менделеев. Более того, в конце жизни он утверждал, что открытые университеты обречены на «консерватизм и подчинение учителя толпе»: «Со своей стороны я думаю, что жизнь нельзя перестраивать и улучшать, не отрываясь от нее, что сказалось даже в уединении, приписываемом не только Христу перед открытой проповедью, но и Будде, даже Заратустре. Консерватизм — дело великое и неизбежное, но особо заботиться о нем в деле просвещения никакой нет надобности, потому что оно, прежде всего, состоит в передаче науки, а она есть свод прошлой и общепринятой мудрости, почему люди, проникнутые наукой, неизбежно в некотором смысле консервативны по существу, и им надо учиться не от толпы, не от трения в консервативном обществе, а от мудрецов, которые сами искали высших начал в уединении от толпы, в проникновении новой тайной, в отчуждении от мелочности жизненных забот хотя бы на все то время, в которое должно получиться проникновение началами, передаваемыми впоследствии другим. Всем этим я хочу сказать, во-первых, что закрытие Главного педагогического института (дорого обходившееся казне учебное заведение было упразднено в 1859 году.  — М. Б.) было крупною ошибкою своего времени…»Кстати, перед нами очень характерный образец менделеевскою текста. Дмитрий Иванович мог одновременно, в одной фразе, вытащить на свет множество причудливо соприкасающихся мыслей. Мог поместить условие задачи в середину или и конец решения. Мог вообще стереть конкретные данные или смешать их с философской прозой. Мог по своему усмотрению использовать общеизвестные термины. Единственное, чего он не мог, — обойти пусть не для всех ясный, но согласованный со всеми его внутренними критериями ответ.