Следующее десятилетие в освещении темы Лжедмитрия I прошло под знаком громкого спора о происхождении самозванца, начатого Николаем Ивановичем Костомаровым в работе «Кто был первый Лжедмитрий?» (1864). Подвергнув тщательному анализу аргументацию правительственных грамот Бориса Годунова, обличавших «Ростригу», Н. И. Костомаров выявил в них немало противоречий. В итоге он сделал вывод о том, что «в то время не было доказательств, что царь был Гришка Отрепьев, расстрига, беглец Чудова монастыря» ⁵⁴. Проанализировав дальше «Извет Варлаама» (показания Варлаама Яцкого — одного из спутников Лжедмитрия, ушедшего с ним в Литву), сочинения иностранцев, Н. И. Костомаров, по сути, приходит к тому же выводу, что и С. М. Соловьев. Костомаров признает самозванца «творением боярской партии, враждебной Борису», и вслед за Соловьевым задается вопросом о «сознательном или бессознательном» самозванстве ⁵⁵. В этом наблюдения Н. И. Костомарова почти не отличаются от его предшественника. Разве что в костомаровском исследовании справедливо поправлено неосторожное высказывание С. М. Соловьева о том, что обманщик Лжедмитрий обязательно должен быть злодеем. Н. И. Костомаров при этом напомнил о самозванце другого рода — Иване Александровиче Хлестакове… Но общие выводы двух историков совпадали: «Царствовавший у нас в Москве под именем Димитрия был не настоящий Димитрий, но лицо, обольщенное и подготовленное боярами, партиею враждебною Борису». Лжедмитрий не был «истинным царевичем», он всего лишь верил в свое «царственное происхождение» ⁵⁶.

В дальнейшем, несмотря на возражения критиков, обратившихся к привычной версии о сознательном самозванстве Гришки Отрепьева ⁵⁷, Н. И. Костомаров стремился подвести читателя к мысли о том, что нет никаких оснований доверять официальной пропаганде царя Бориса Годунова. История Лжедмитрия была подробно изучена им с привлечением многих новых польских и русских источников в книге «Смутное время» (1868) и в специальном биографическом очерке «Названый Димитрий» (1874) ⁵⁸. Завершая этот очерк, Н. И. Костомаров высказывал прямые возражения против отождествления царя Дмитрия и беглого монаха. Мнение о «внутренней убежденности» Дмитрия в том, что он настоящий сын Ивана Грозного, историк считал вполне заслуживающим внимания. «Подготовлен» «названый Димитрий» был не московскими боярами, как считал С. М. Соловьев, а где-то в «польских владениях». Н. И. Костомаров удержался от окончательного ответа на вопрос о характере самозванства Лжедмитрия и прозорливо заметил: «Мы, однако, не должны слишком увлекаться блеском тех светлых черт, которые проглядывают не столько в его поступках, сколько в словах» ⁵⁹.

Со времени публикации работ С. М. Соловьева и Н. И. Костомарова начинается своеобразная историографическая «развилка» в изучении биографии Лжедмитрия. Все основные вопросы и заслуживающие внимания версии этими историками были сформулированы и обсуждены, а самозванец стал восприниматься как более сложный, вовсе не однозначно отрицательный герой русской истории. Это чутко уловил Алексей Константинович Толстой, представивший еще одного Григория Отрепьева на русской сцене в завершающей части своей драматической трилогии «Царь Борис» (1870). В его пьесе все участники угличского дела, окольничий Андрей Клешнин, старица Марфа — бывшая царица Мария Нагая, знают, что Дмитрий убит, уверены в преступлении Бориса Годунова, но согласны принять того, кто назвался именем царевича Дмитрия, чтобы он отомстил Годуновым. Петр Басманов, принимая награды от царя Бориса, отдает должное храбрости Вора и даже готов сравнить его со «сражающимся львом». Однако в финальном монологе Борис Годунов обращался к боярам с обличением любой лжи, даже во имя интересов царства:

В этом итог жизни царя Бориса в пьесе А. К. Толстого, а также — другой финал известной исторической драмы Лжедмитрия. Пришло время и для оперы М. П. Мусоргского, снова и снова знакомившей ее слушателей с почти запретным ранее историческим сюжетом. Музыкальные образы мятущегося Бориса Годунова, упоенного своей тайной Самозванца и надменной Марины Мнишек стали господствовать над самой подлинной историей.

Тайна самозваного царя Дмитрия привлекала многих желающих в ней разобраться. Следствием стало появление все новых и новых материалов, без знакомства с которыми уже трудно представить историческое исследование о Лжедмитрии. Интересной находкой, немного приблизившей к разгадке тайны Лжедмитрия, стала запись на книге, обнаруженная профессором Волынской семинарии Амвросием Добротворским. Оказалось, что в 1602 году в Литве действительно путешествовали три монаха — Григорий (будущий московский «царевич»), Варлаам и Мисаил. Они получили в подарок от киевского воеводы князя Константина Острожского книгу святого Василия Великого «О постничестве» и сами сделали запись об этом ⁶⁰. Таким образом, историки получили надежное подтверждение подлинности «Извета Варлаама», из которого известно об обстоятельствах ухода этой троицы в Литву. Были обнаружены знаменитые парные портреты Дмитрия и Марины Мнишек, происходившие из Вишневецкого замка; журнал «Русская старина» в 1876 году впервые опубликовал большим тиражом гравюру с портретом самозванца работы Л. Килиана.

Увидев Лжедмитрия таким, каким его видели польские современники, историки все равно продолжали спорить. Традиционный взгляд на самозванца по-прежнему находил своих сторонников. В частности, П. С. Казанский собрал доказательства о гибели настоящего царевича Дмитрия в специальном очерке, опубликованном в «Русском вестнике» в 1877 году. В новой версии событий Смуты Дмитрия Ивановича Иловайского — автора еще одного общего труда об этой эпохе (1894) — получалось, что Лжедмитрий был авантюристом и игрушкой в руках поляков, использовавших его, чтобы сеять смуту на Руси. По мнению Д. И. Иловайского, с появления самозванца собственно Смута и начиналась (как и изложение событий в его книге об этом времени): «Адский замысел против Московского государства — замысел, плодом которого явилось самозванство — возник и осуществился в среде враждебной нам польской и ополяченной западно-русской аристократии». Такой крайне консервативный взгляд заставлял быть последовательным. Для полноты своей концепции Д. И. Иловайский вынужден был отказаться даже от официальной версии тождества Лжедмитрия и Григория Отрепьева, заменив ее предположением, что Лжедмитрий был «уроженец Западной Руси и притом шляхетского происхождения» ⁶¹. Привыкнув к стилистике гимназических учебников, одобренных Министерством просвещения, Иловайский доказательствами себя не утруждал… Однако странно было читать такую историю Смуты после появления исследований Н. Левитского и В. С. Иконникова, опровергнувших представление о Лжедмитрии как о проповеднике католичества. Скорее, как не особенно изящно, но определенно выразился Н. Левитский, в самозванце можно было видеть «либерального царя, зараженного иноземщиной». Если замысел пропаганды католичества и существовал, то Лжедмитрии был первым, кто сумел его разрушить ⁶².

Окончательно все легенды и версии о сознательной подготовке самозванца отцами-иезуитами были развенчаны… одним из них, о. Павлом Пирлингом, написавшим фундаментальный труд о взаимоотношениях России и папского престола, основанный на архивах Ватикана. История царевича Лжедмитрия стала одной из любимых тем о. Павла Пирлинга, впервые обратившегося к ней еще в 1870-е годы в книге на французском языке «Рим и Дмитрий» ⁶³. Он досконально изучил реакцию Ватикана на появление московского «господарчика» в Речи Посполитой и опубликовал переписку с римским престолом самого «Дмитрия», нунция Клавдия Рангони, сандомирского воеводы Юрия Мнишка и его дочери Марины Мнишек. В отличие от многих русских авторов, слабо или вовсе незнакомых с внутриконфессиональными порядками католической церкви (не говоря уж об ее архивах и написанных на латыни и итальянском языке документах), о. Павлу Пирлингу удалось раскрыть мотивы двойственного поведения Лжедмитрия. Тайное принятие им католичества было вынужденным политическим шагом. И в Ватикане не питали иллюзий в отношении своего подопечного, не выполнившего никаких обещаний после того, как он стал московским царем.