Удачно выпутавшись из неприятной истории и опасаясь новых злоключений, художник спешно приступил к написанию большого полотна «Положение во гроб» (300x203) для Санта-Мария ин Валличелла или Кьеза Нуова (Новой церкви), ставшей лабораторией утверждающегося стиля барокко. Это была та самая церковь, где бездомный оборванец Микеланджело Меризи однажды свалился в голодном обмороке и где он чувствовал себя счастливцем, если удавалось вместе с другими бедолагами получить тарелку горячей похлёбки и кусок хлеба в трапезной братства преподобного Филиппа Нери.

Из густого непроницаемого мрака пещеры вырастает монументальная шестифигурная композиция. Благодаря эффекту обратной перспективы персонажи картины, стоящие на каменной плите, нависшей над пропастью могилы, максимально приближены к зрителю, который невольно становится участником происходящего. Луч слева высвечивает обнажённое тело мёртвого Христа с опрокинутой назад головой и безжизненно свесившейся рукой. Любимый ученик Иоанн удерживает на весу бездыханное тело спереди, а старец Никодим, напрягшись, держит ноги. Над ними возвышаются озарённые мягким светом три Марии — застывшая в безутешном горе постаревшая Дева Мария, чьи распростёртые длани намекают на Распятие, рядом Мария Магдалина с поникшей головой и узнаваемым профилем Лены, а справа Мария Клеопова с воздетыми к небу руками, словно указывающая на предстоящее Христово Воскресение. Эти воздетые вверх руки завершают диагональ композиции, начавшейся с руки Христа, безжизненно повисшей над бездной.

Здесь отчётливо видно стремление автора к монументальной пластичности фигур в духе Микеланджело при написании картины, исполненной трагической патетики. Неслучайно её называют «классическим интермеццо», как дань великому наследию Возрождения. Высказывается предположение, что в образе фарисея Никодима, ученика Христа, приходившего к нему тайно, ночью (Ин. 3:1-2), художник запечатлел Микеланджело. Если это так, то моделью наверняка послужило изображение Микеланджело в образе философа Гераклита на фреске Рафаэля «Афинская школа» или изваяние «Пьета», на котором, по утверждению Вазари, великий мастер изобразил себя в образе старца Никодима. О новаторстве стиля художника говорят интенсивность красок на фоне густых непроницаемых теней и резкие контрасты светотени, усиливающие драматизм сцены. В картине поражают верность натуре и реалистический показ отдельных деталей. Например, натруженность ног старика Никодима с вздувшимися венами или же упирающийся прямо в зрителя угол тяжёлой каменной плиты. Выбранная автором точка зрения «снизу вверх» придаёт особую величественность и монументальность образам. Создаётся даже впечатление, что стоящие перед картиной зрители находятся на дне склепа, из которого пробился отросток тиса, препятствующего гниению, о чём было сказано выше, и им надлежит принять из рук Иоанна и Никодима тело Христа.

Трагическое «Положение во гроб» — это реквием возвышенной скорби по той неосознанной пока живущими на земле людьми великой жертве, которая была принесена Христом ради их спасения. Картина не оставила равнодушными даже противников художника. Бальоне и Беллори сочли её лучшим творением Караваджо. Никому из его современников не под силу было сотворить что-либо подобное. Даже известные картины Рафаэля и Тициана на тот же сюжет уступают творению Караваджо по силе эмоционального воздействия. С картины снимали копии крупнейшие мастера различных эпох — от Рубенса до Сезанна.

Несмотря на шумный успех, спустя некоторое время «Положение во гроб» было отвергнуто церковниками, которых смутили и напугали трагедийность звучания картины и жизненная достоверность персонажей. Её постигла та же участь, что и первый вариант «Святого Матфея» и обе доски для церкви Санта-Мария дель Пополо. К счастью для Караваджо, об этом он так ничего и не узнал, поскольку картину вынесли и упрятали в подвал, когда он уже покинул Рим. Она была извлечена на свет после более чем двухвекового заточения и оказалась в созданной в 1908 году Пинакотеке Ватикана. В 1608 году место отвергнутой картины в Кьеза Нуова занял триптих работы молодого Рубенса.

Когда художник накладывал на холст завершающие мазки, в переулке Сан-Бьяджо появился посыльный с вестью о кончине старого кардинала Маттеи. Отложив все дела, Караваджо поспешил во дворец Навичелла для выражения соболезнования братьям Маттеи. Через два дня состоялось отпевание в Санта-Мария ин Валличелла, куда пришло несметное количество народа проститься с кардиналом Джероламо Маттеи, учеником и последователем преподобного Филиппа Нери, чьи страстные призывы к добру и справедливости запечатлелись в памяти благодарных людей. Слушая скорбные звуки органа, Караваджо вспомнил, почувствовав ком в горле, как старый кардинал молча поддерживал его своим неслышным появлением в мастерской, когда он с остервенением работал над «Призванием апостола Матфея», а по завершении работы так же молча перекрестил его. Вернувшись домой, он долго сидел перед почти завершённой картиной, которая предназначена для церкви, где только что прошло отпевание. А как бы воспринял кардинал Маттеи его новую работу? Затем он подошёл к холсту и, взяв кисть с палитрой, слегка поправил безжизненно свесившуюся к бездне руку Христа, придав ей ещё большую мертвенную бледность.

В этой и последующих работах Караваджо всё отчётливее и мощнее слышна трагедийность звучания, особенно усилившаяся после потрясшей художника публичной расправы над Джордано Бруно. Что бы он ни делал и где бы ни находился, его неотступно преследовала мысль об уготованной ему злой участи. Предчувствием близкого конца объясняется поспешность в делах и поступках, словно он торопился выразить то, что считал своим долгом художника. Его нередко выбивали из колеи наветы недоброжелателей и завистников, число коих множилось после очередной неудачи, когда выполненные им работы отвергались и он становился посмешищем в глазах недругов. Однако вера в собственные силы и поддержка друзей помогали преодолевать моменты уныния и хандры. В одном из посвящений ему поэт Милези справедливо заметил:

Во время отпевания кардинала Маттеи в церкви к нему подошёл познакомиться молодой аристократ Массимо деи Массими, родственник покойного. Караваджо слышал о нём как об удачливом финансисте, расходующем немалые средства на коллекционирование произведений искусства. Договорились о ближайшей встрече во дворце Massimi alle Colonne,что в двух минутах ходьбы от церкви Кьеза Нуова. Предложение Массими было ожидаемым — написать для его семейной капеллы картину на тему суда Пилата над Христом. Оплата обещалась щедрая, и художник воспрянул духом — новое предложение лишний раз сулило ему славу, успех и высокое положение в художественных кругах папской столицы. Тридцатитрёхлетний Караваджо ещё не знал, что подходит к концу последний сравнительно спокойный год его жизни.

Политическая борьба между сторонниками и противниками Испании в самой римской курии, непрекращающиеся интриги и грызня среди влиятельных кланов патрициев вконец доконали нерешительного папу Климента. В феврале 1605 года с ним после получения из Мадрида резкого письма случился апоплексический удар и через месяц он умер. Закончилось его тринадцатилетнее правление, отмеченное не только колебаниями и непоследовательностью в политике, но и возросшей жестокостью в отношении инакомыслящих. Последнее в значительной степени задело и Караваджо. Но как бы ни придиралась церковная цензура, отвергая некоторые работы, для него этот период оказался на редкость удачным и плодотворным, позволившим полностью проявить себя и раскрыться. Он выстоял, не пал духом и, несмотря на козни завистников и недоброжелателей, достиг апогея славы. Кто знает, чем обернётся для него жизнь при новом понтифике?