10 мая 1940 года немцы вторглись во Францию. Вскоре корабль оказался под угрозой воздушных налетов, а его единственное зенитное вооружение заключалось в 8 13,2-мм пулеметах (4 спарки на верхней площадке еще лишенной башен директоров носовой надстройки — высота над водой 33,5 м). Бесконечные воздушные тревоги настолько замедлили постройку, что верфи уже не могли гарантировать ввод корабля в строй 1 октября. 17 мая пришлось принять решение о немедленном выводе «Жана Бара» из Сен-Назера. Положение было настолько серьезным, что даже при небольшой задержке не оставалось ничего иного, как взорвать корабль.

Вывести громадный линкор можно было не раньше 20 июня, когда наступала высшая точка прилива. К тому же требовалось углубить 200-метровый канал, ведущий в Луару. 25 мая положение на фронте ухудшилось и к углублению канала приступили, не дожидаясь специальных указаний. С этого дня началась гонка со временем.

Буксировка такого большого корабля при реальной угрозе атак подводных лодок представлялась очень рискованной. Поэтому решили, что линкор пойдет своим ходом, для чего к 20 июня следовало подать мощность на два вала, достаточную для маневрирования, установить какие-нибудь средства кораблевождения, часть внутренних коммуникаций и радиооборудование, а также обеспечить выработку большей части электроэнергии. Для этого число рабочих на корабле увеличили до 3000 человек, а затем и до 3500 человек, которые работали по 12 часов в смену.

Исход борьбы за предотвращение уничтожения корабля (никто не допускал даже мысли о его захвате немцами) зависел от углубления канала, ведущего в реку. Инженеры обещали к 20 июня углубить канал до 8,75 м при ширине всего 52 м, что означало огромные трудности с выводом корабля шириной 35 метров, который при этом почти не должен был иметь воды, топлива и продовольствия и только одну башню ГК, 22 мая док, где стоял «Жан Бар», осушили и приступили к окраске подводной части. 3 июня на внутреннем валу левого борта, а через 4 дня — на внутреннем правого борта установили винты, взятые из запчастей для «Ришелье» с Брестской верфи. 9 июня в действия ввели некоторые вспомогательные механизмы, рулевое устройство и камбуз. 12 июня испытали три котла, необходимые для подачи пара на два турбоагрегата. Высший приоритет получили работы по установке рулей, балансировке и регулировке гребных винтов и валов, а также проверке оборудования в действующем МО, чтобы обеспечить готовность корабля к 17 июня. Тем временем решили заменить 152-мм башни, изготовление которых и так задерживалось из-за нехватки материалов, спаренными установками имевшихся на верфях 90-мм зениток. Орудия и погреба подготовили в рекордный срок, однако отправленные из Бреста боеприпасы опоздали к отходу корабля.

10-11 июня испытали брашпили и кабестаны, 13-го и 14-го установили орудия и крышу башни ГК № 1. Орудия установили без устройств, необходимых для стрельбы; к тому же стволы не успели правильно отцентрировать в люльках. Все это держалось в секрете. Оставшиеся 4 орудия было решено вывезти на транспорте, но после погрузки двух из них сломался подъёмный кран. Командир корабля капитан 1 ранга Пьер Ронарк отказался принять на борт остальные стволы, опасаясь увеличения осадки и посадки на грунт при проходе мелким каналом. Орудия пришлось уничтожить на верфи, а транспорт, перевозивший остальные два, потопили самолеты Люфтваффе.

16 июня были успешно испытаны главные турбины, генераторы и рулевое устройство, а в трех котлах кормового КО развели пары. К 18 июня винты соединили с валами, на штурманском мостике установили магнитный компас (девиацию, правда, определить не успели), машинный телеграф и временную телефонную связь. Средства сигналопроизводства ограничили флагами, двумя небольшими прожекторами и 600-ваттным радиопередатчиком. Из четырех 1500-киловаттных генераторов смонтировать успели только один, но зато два аварийных дизель-генератора уже стояли на своих местах. Главные водоотливные и трюмные помпы не действовали, однако система пожаротушения находилась в полной готовности. Из-за мелководности канала на борт приняли только 125 тонн нефти и столько же воды.

В 12 18 июня, когда немцы вступали в Нант, лежащий всего в 65 километрах от Сен-Назера, на «Жане Баре» был поднят трехцветный флаг Франции. Днем отключили подачу электроэнергии с берега и единственный турбогенератор должен был принять на себя электроснабжение корабля. Однако выключатели еще не успели правильно отрегулировать и при их срабатывании отключилась вентиляция и освещение в машинном отделении. Пришлось запустить аварийный дизель-генератор. Около полуночи неисправность насоса перекачки нефти заставила выключить работавшие котлы. Пришлось менять приводной мотор, закоротить выключатели, прежде чем в 3 часа утра снова развели пары.

Успех выхода зависел от высоты прилива. Расчетный запас воды под килем составлял 100 мм в 03.21 19 июня, 200 мм в 03 и максимум 290 мм в 04.45. В 21 час 18 июня дноуглубительные работы остановили после расчистки канала шириной всего 46,5 м.

8.03 19 июня операция началась. Из-за отсутствия энергии шпилями, швартовыми лебедками и рулем пришлось управлять вручную. Буксиры вытащили корабль из дока, но через 30–40 метров его нос зарылся в ил. Его стащили, однако метров через сто в темноте не заметили буй и «Жан Бар» снова сел на грунт с повреждением правого винта. Понадобились усилия шести буксиров, чтобы через 45 минут вытащить корабль на середину канала. В 04.40, когда он уже, помогая собственными машинами на 50 об./мин., входил в Луару в небе появились немецкие самолеты. Несмотря на интенсивный огонь немногочисленных 37-мм автоматов, 13,2-мм пулеметов и двух 90-мм спаренных зениток, три бомбардировщика атаковали практически неподвижный и лишенный возможности маневрировать «Жан Бар». Из 12 сброшенных бомб четыре взорвались рядом, не причинив повреждений, но одна пробила верхнюю палубу между барбетами башен ГК. От взрыва образовалось вздутие палубного настила вокруг пробоины диаметром 200 мм и разрушилось несколько прилегающих переборок, а осколки перебили трубопровод системы орошения погребов башни I. Возникший пожар был быстро потушен водой из перебитого трубопровода. В это время корабль вышел на чистую воду и развил скорость 12 узлов. Пар подали на вспомогательные механизмы и электропривод руля стал действовать. Наконец-то показались французские «мораны» из истребительного прикрытия, отогнавшие противника под радостные крики зенитчиков «Жана Бара».

Теперь, когда линкор был на ходу, возник вопрос: «Куда идти?» В начале июня французское Адмиралтейство приняло предложение англичан достроить «Жан Бар» у них. Но 15 июня, когда ситуация на фронте резко ухудшилась, решили направить его в Марокко. Не осведомленные об этом англичане послали к Сен-Назеру в распоряжение «Жана Бара» два океанских буксира и эсминец.

На выходе из гавани линкор ожидали танкеры «Одет» и «Тарн» с запасом нефти и воды. Прикрытие составляли эсминцы «Ле Харди» под флагом адмирала де Лаборда и «Мамелюк». Де Лаборд, отказавшись от услуг английских кораблей, повел всё соединение на юг со скоростью 14 узлов. Когда вышли за пределы действия Люфтваффе, остановились для приемки топлива. Команда линкора совершенно не имела опыта заправки в море — шланги с «Гарна» подавали целый час. С 12 до 18 часов успели перекачать 1000 т нефти и воды. Во время дозаправки отказала система вентиляции в турбинном отделении и температура там поднялась до 88 °C. Затем в холодильнике началась утечка вакуума и подачу пара к турбинам пришлось прекратить до исправления повреждений. К счастью, две немецкие подлодки, ожидавшие выхода недостроенного корабля, не смогли выйти на него в атаку. Одна из них уже на закате попыталась было приблизиться, но вовремя оповещенный командир корабля приказал развить максимально возможный ход. Вскоре после подачи всей мощности на внутренние валы, сильная вибрация и перегрев левой ТНД вынудили опять снизить скорость. Утечка конденсата из главной конденсорной системы затрудняла поддержание в ней вакуума. Это вместе с попаданием в систему воздуха привело к повреждению турбонасоса. В конце концов вся вода из правого холодильника была выброшена в МО. Регулировать поступление воды в систему пришлось вручную, но в 2130 взорвался эжектор правой турбины. Скорость упала до 6 узлов, чего явно не хватало для выполнения маневра уклонения от торпеды. В этот момент даже единственное торпедное попадания могло стать роковым из-за многочисленных незагерметизированных отверстий в палубах и переборках. Решили заменить эжектор на снятый из носового КО, но только к 14 часам 20 июня корабль смог снова держать 14-узловую скорость.