В любви к ближнему мало было ему равных среди иерархов; среди множества епархиальных забот он всегда находил время для сбора средств в пользу нуждающихся крестьян, особенно детей. Многие детские приюты получали собранную им помощь. В связи с этими делами у него были встречи и переписка с Великой Княгиней Елисаветой Феодоровной, впоследствии преподобномученицей. Она часто благодарила владыку Михея за помощь не только бедным, но и паломникам в Святую землю и Русской Православной Миссии в Иерусалиме. Позднее они встретились и в Оптиной Пустыни.

В августе 1906 года владыка был перемещен в Волынский край первым викарием к бывшему ректору Московской Духовной Академии, а теперь архиепископу Антонию. Они вместе повели борьбу с унией и вообще католическим влиянием на русских крестьян. Через два года последовало назначение на Архангельскую кафедру. Сбылось предсказание о. Иоанна владыке Михею: «Будешь на родине моей архиереем». В 1909 году владыка приезжал в Петербург на похороны о. Иоанна, а потом, вернувшись в Архангельск, отправился в Суру, на родину великого кронштадтского пастыря, где молился в храме заложенного о. Иоанном женского монастыря. Епархия была огромной – владыка Михей изъездил ее всю, побывал на Соловках и в Печенгской обители, где монахи подвизались в суровых условиях Заполярья.

17 апреля 1912 года состоялось последнее его назначение – епископом Уфимским и Мензелинским. Когда-то подвизался здесь архиепископ Филарет (Амфитеатров), по последней кафедре митрополит Киевский и Галицкий. Им заложены были здесь крепкие основы церковной православной жизни, но край населен был преимущественно «инородцами» – башкирами, татарами, черемисами, среди которых издавна действовали шаманы и отчасти мусульмане. Миссионерство требовало огромных трудов. Владыка Михей немедленно принялся за труды. Он основал Березовско-Богородицкий женский монастырь на Каме, куда Великая Княгиня Елисавета Феодоровна прислала написанный ею образ Христа Спасителя. Уфимское духовное училище также было всесторонне укреплено. Совершались частые миссионерские поездки.

Но здоровье владыки к этому времени пришло в большое расстройство, так что он вынужден был проситься на покой. Синод уволил его на покой в Почаевскую Лавру, но владыка через малое время, в январе 1914 года, добился перемещения, также на покой, в родную Оптину Пустынь. Здесь его приняли с любовью. Наместник отвел ему отдельный корпус, куда владыка перевез свои необходимые вещи и большую библиотеку, которую в начале 1917 года пожертвовал в библиотеку монастыря. «Покой» его заключался, несмотря на слабое здоровье, не в отдыхе и праздности, а в постоянном служении в храме и в собеседовании с братией о духовном. К нему за разрешением многих вопросов постоянно обращались и благочинный, и настоятель, которым тогда был архимандрит Ксенофонт (он скончался 30 августа 1914 года, и настоятелем стал игумен, потом архимандрит Исаакий, будущий священномученик).

В Летописи Скита Оптиной Пустыни (не опубликованной до сего времени) отмечалось:

«17 января (1914 года). Скит посетил преосвященный Михей, епископ Уфимский. Начало монашества он полагал в сем Скиту. В настоящее время владыка приехал в Оптину на покой».

«26 января. Литургию в монастыре служил преосвященный Михей».

«Февраль 2. Сретение Господне. Литургию в монастыре служил преосвященный Михей. Вечером владыка посетил старца о. Нектария».

«25 (февраля). Литургию в монастыре служил преосвященный Михей».

«Апрель 6. Светлое Христово Воскресение. Литургию в Казанском соборе служил преосвященный Михей, а в больничной церкви архимандрит Ксенофонт. В Скиту в 7 часов было отслужено бдение, на котором присутствовал владыка».

«7 (апреля). Литургию в Скиту в новом храме служил преосвященный Михей. Пели два хора: монастырский и скитский. После обедни владыка сказал речь, в которой благодарил скитян за оказанную ему любовь».

«25 (мая). День Св. Троицы. Литургию в монастыре служил преосвященный Михей; перед Литургией был царский молебен. В 7 часов в Скиту началось бдение, на котором присутствовал преосвященный Евфимий».

«Май 27. Сегодня в начале 10 часа утра прибыла в Оптину Пустынь Ее Императорское Высочество Великая Княгиня Елисавета Феодоровна. Преосвященный Михей, встретив Ее Высочество во Введенском соборе, сказал краткое приветственное слово».

29 мая владыка Михей с настоятелем и старшей братией после Литургии, на которой Великая Княгиня причастилась Св. Христовых Тайн, посетил вместе с нею Скит, там, в храме Иоанна Предтечи, владыка отслужил краткий молебен о здравии высокой паломницы. Потом она осматривала Скит – библиотеку, трапезную, соборную келью, братское кладбище. Посетила кельи монаха Иова и старца Нектария. 30 мая после вечерни и напутственного молебна владыка Михей сказал Великой Княгине прощальное слово и закончил его земным поклоном. «Момент был в высшей степени трогательный, – писал корреспондент журнала "Русский паломник" (№ 29 за 1914 год). – Великая Княгиня Елисавета Феодоровна также поклонилась до земли. А затем в сопровождении братии и всего народа направилась к парому, где приготовлены были экипажи. Весь путь от собора до парома усыпан был зеленью и цветами. Ее Императорское Высочество Великая Княгиня взошла на паром. Взошли и преосвященный Михей и другие начальствующие лица. Паром тронулся. А братский хор чудно запел величественный догматик пятого гласа: "В Чермнем мори…" Затем возглашено было многолетие. И Великая княгиня, попрощавшись с братией, причем поклонившись в землю настоятелю о. Ксенофонту милостиво раскланиваясь, села в экипаж и изволила отбыть на станцию Козельск».

В Летописи и далее столь же часто отмечаются служения епископа Михея. 16 июня он служил молебен о даровании дождя, и во время крестного хода к Амвросиевскому колодцу разразилась сильная гроза с громом и ливнем. В июле 1914 года началась мировая война. По объявлении мобилизации из Оптинского братства было призвано в армию около 50 человек. Их провожали с любовью. 20 июля в Летописи записано: «По случаю отъезда братии, призванных по мобилизации, преосвященный Михей служил напутственный молебен».

К сожалению, в 1915 году скитская Летопись прервалась: ведший ее в 1914 году рясофорный инок Александр Аваев, офицер запаса, отбыл на действительную службу. С 1 января 1916 года записи продолжил иеродиакон Кирилл (Зленко), будущий исповедник веры. Он отметил, что 7 января владыка Михей уехал в Петроград, а 2 февраля, на праздник Сретения Господня, возвратился и продолжил свои служения. Так, он возглавил торжественное богослужение на Благовещение (25 марта), совершавшееся в монастыре. В Неделю ваий Литургию также совершал он. На Страстной седмице, в Пяток, в Казанском соборе владыка служил великую вечерню и вынос Плащаницы. 10 апреля – «все три службы: утреню, Литургию и великую вечерню совершал преосвященнейший епископ Михей» (за этой Литургией он рукоположил во иеродиакона будущего преподобного – о. Никона).

Владыка Михей с братией встречал в Оптиной в 1916 году будущих мучеников за Христа. Это были Великий Князь Константин Константинович Романов, офицер, приехавший с фронта в краткий отпуск. Сначала он жил в Оптиной инкогнито, но его узнали и подивились его смирению. После его отъезда в Оптину прибыл Великий Князь Димитрий Константинович, дядя предыдущего, – он приехал с племянницей, Великой Княгиней Татьяной Константиновной, муж которой погиб на фронте (она была сестрой Князей-мучеников Константиновичей). Она вскоре примет монашество и будет настоятельницей женского монастыря на Елеонской горе в Иерусалиме.

6 мая запись в Летописи: «Царский день и тезоименитство преосвященного епископа Михея. Служба в монастыре. Литургию совершал сам владыка… Служащие и старшая братия приносили высокому имениннику почтительные поздравления с поднесением просфор. Маститый владыка отвечал всем поздравителям святительским благословением, отечески милостиво благодарил за приветствия. За Литургией следовал торжественный молебен с провозглашением многолетий Государю Императору и всему Царствующему Дому, а также и преосвященнейшему владыке-имениннику Достойно примечания, что празднование преподобному Михею в календарях отмечено 5 мая, тогда как служба преподобному положена на 6-е и отправляется на месте, идеже лежат его мощи, то есть в Троице-Сергиевой Лавре, 6 числа. Согласно сему, и преосвященный Михей празднует день своего Ангела тоже 6 мая».