В тот же день, 26 ноября в 6 часов утра по токийскому времени японский флот вышел со своей базы на острове Итуруп (Курильские острова) в открытое море и взял курс на Гавайские острова, к американской базе ВМФ Пёрл-Харбор. Пёрл-Харбор был атакован на рассвете 7 декабря; Япония и США оказались в состоянии войны между собой.

В тот же день министр иностранных дел Японии С. Того вызвал советского посла К. А. Сметанина и объявил ему о начавшейся войне, а также о принципах, побудивших Японию это сделать. Он, в частности, сказал: «Япония предпочла нападение на США нападению на СССР потому, что она остро нуждалась в сырьевых ресурсах южных морей, и США блокировали или по крайней мере делали вид, что препятствуют ее продвижению в южном направлении. Американские попытки лишить Японию моторного топлива и лома черных металлов получили обратный эффект. Вместо того чтобы получать материалы, которые ей нужны, Япония решила просто захватить их».

После нападения Японии на США и Англию Токио продолжил тесное дипломатическое сотрудничество со странами-участницами Тройственного пакта. 11 декабря 1941 г. в Берлине был подписан пакт трех держав, в соответствии с которым правительства Японии, Германии и Италии обязались «совместно вести войну против США и Англии до полной победы всеми имеющимися средствами».

В дополнении к пакту трех держав 18 января 1942 года эти государства подписали секретное военное соглашение, предусматривающее разграничение зон военных действий для каждого из его участников. Действия японских войск должны были охватить территорию восточнее 70о в. д., т. е. советскую территорию на Восток от Уральского хребта до Тихоокеанского побережья, включая Восточную Сибирь и российский Дальний Восток.

Ряд обязательств в рамках Пакта о нейтралитете Япония не выполнила. Так, вместо ликвидации сахалинских концессий, срок которых истекал 14 декабря 1941 года, Япония потребовала его продления на пять лет, включая геологоразведочную концессию. Поскольку советская сторона отказалась это сделать, вице-министр МИДа Японии Ниси заявил, что вопрос о ликвидации концессий «стало невозможно осуществить».

Вопросы ликвидации рыболовной, угольных и нефтяных концессий ставились СССР неоднократно в 1941–1944 годах, но они всегда отклонялись японской стороной, предпочитавшей сохранять их статус-кво.

Успехи советских войск привели к тому, что после завершения Сталинградской битвы в японской прессе целиком исчезает тема «северного вопроса» и «северных территорий». Вопрос о присоединении к японской сфере сопроцветания советского Дальнего Востока («проблема Севера»), как-то, само собой, исчезает из умонастроений японских политиков, военных и общественного мнения Японии. Генерал Ямасита, покоритель Сингапура и Филиппин, прибывший в конце 1942 года в Квантунскую армию, вынужден был в конце 1943 года вновь возвратиться в район Южных морей.

Летом 1943 года в Токио были вызваны из японских посольств в Москве — советник Морисима и из Берлина — генерал-лейтенант Банзай с докладами о перспективах вступления Японии в войну против СССР. Оба высказались за абсолютную нецелесообразность для Японии вмешиваться в эту войну.

Некоторые неприятные для СССР факты имели место. Например, проведение в конце марта 1943 года «Ассоциацией Помощи Трону» собрания в память исследователя Сахалина Мамия Риндзо, именем которого японцы до сих пор называют Татарский пролив. Цель собрания состояла в «поднятии боевого духа Японии для продвижения на север в условиях войны». На этом митинге присутствовали все видные враждебно настроенные в отношении СССР японские политики: виконт Огасавара, граф Хаяси, известный недруг СССР генерал С. Араки — президент «Всеяпонского общества по освоению Севера».

В октябре 1943 года вышла книга генерала Хаяси «О строительстве района южных морей», в которой автор обосновывает притязания Японии на советское Приморье, Северный Сахалин и Камчатку. По его замыслу, эти территориальные приобретения значительно укрепят имеющийся потенциал японской сферы влияния, охватывающий огромный район планеты — от Манчжурии и Модзяна (Внутренняя Монголия) до Тибета и Индии.

Вместе с тем, японская пресса в период после 7 декабря 1941 года оказывает постоянно внимание Квантунской армии — «стражу Севера», как ее именуют в японском обществе. Квантунская армия в 1942–1945 годах играла роль учебной базы для императорской армии, откуда черпались обученные воинские контингенты для направления на фронты на Тихом океане и в Восточной Азии. Генеральный штаб японской армии вынужден был усиливать эту армию для сохранения на Дальнем Востоке значительных советских военных сил. Очевидно, что в интересах СССР было использовать их на советско-германском фронте, если бы Квантунская армия не представляла собой мощную стратегическую силу. Этот «страж Севера» обладал серьезным наступательным потенциалом и вполне мог быть использован в рамках японо-германской взаимной помощи согласно Антикоминтерновского пакта от 1936 года.

Больше всего Японию беспокоила т. н. «проблема дальневосточных баз», т. е. возможность предоставления СССР своим союзникам по войне в Европе — США и Англии военно-морских и авиационных баз в Сибири и на Дальнем Востоке.

Следующим вопросом, которому Токио придавал особо важное значение в системе отношений СССР — Япония, являлась проблема создания второго фронта в Европе. Япония была заинтересована в его открытии, поскольку правительство и общество страны предполагали, что он отвлечет в Европу значительные силы англосаксонских держав с Тихого океана. Японская пресса бичевала США и Англию за затягивание создания в Европе второго фронта против Германии, обвиняя их в коварном невыполнении обещаний, данных СССР. Лейтмотивом таких сообщений японских СМИ всегда являлось подчеркивание того обстоятельства, что эти старые империалистические хищники дожидаются взаимного истощения СССР и Германии в войне и краха их режимов.

В июне 1943 года СССР жестко поставил перед Японией вопрос о ликвидации концессий на Северном Сахалине. В начале июля 1943 года японский посол Сато сообщил В.М. Молотову о согласии начать переговоры о ликвидации концессий. Только 30 марта 1944 года был подписан в Москве советско-японский протокол о ликвидации японских угольной и нефтяной концессии, которую Мацуока обещал выполнить к 15 декабря 1941 года.

В тот же день решился рыболовный вопрос и был подписан протокол об оставлении в силе 5-летнего срока рыболовной конвенции 1928 года (до декабря 1948 года).

Торговые отношения между Японией и СССР были на очень низком уровне: например, в 1943 году торговый оборот выражался суммой 5,3 млн долл. (в ценах 2008 года). На предложения японской стороны закупить в СССР платину и асбест Москва ответила отказом. Проблема торговых отношений в данный период времени дальше общих пожеланий сторон не выходила.

По требованию Японии СССР соблюдал Пакт о нейтралитете в отношении интернирования экипажей американских бомбардировщиков, совершивших вынужденную посадку на Камчатке и советском Дальнем Востоке. В 1943 году было зафиксировано несколько таких случаев (в августе и декабре т. г.). В дальнейшем, когда американцы в 1944 году отвоевали у Японии острова Тиниан и Гуам, где создали авиабазы своих стратегических бомбардировщиков Б-29, с которых осуществляли налеты на японские острова, количество вынужденных посадок американских самолетов в Приморье значительно выросло — до нескольких десятков. Весной 1945 года Джордж Буш — старший, летавший на одном из бомбардировщиков, был сбит при налете на Токио и ему пришлось провести несколько дней на спасательном плоту в Тихом океане, пока не пришла помощь.

Планы японского командования на конечном этапе войны состояли в организации активной обороны по периметру всей контролируемой Японией территории — от Курильских островов на севере Тихого океана до Соломоновых островов на юге.

18 июля 1944 года ушел в отставку кабинет генерала Тодзио, пробывший у власти 33 месяца. Одним из моментов этой отставки были военные поражения Японии в войне на Тихом океане, а также необходимость «обеспечения единства всей страны и в особенности единства и тесной связи между администрацией и военным командованием армии и флота». Экстраординарность международного положения Японии вызвала столь же необычные меры при формировании нового правительства. Император поручил его формирование двум лицам: генералу К. Койсо и бывшему премьеру адмиралу М. Ёнай. Этот факт объясняется значительными разногласиями в сфере внешней политике между армейскими и флотскими кругами.