Наступил 1594 год, и митрополит, получая известия, что Гедеон не перестает архиерействовать, послал к нему (16 генваря) еще позыв явиться лично на суд Собора, имеющего открыться в Бресте 24 июня. Но Гедеон не явился и теперь, а отправил в Брест только своего уполномоченного, который заявил на Соборе в самый день его открытия, что Собор незаконен, так как на нем с митрополитом всего два епископа, Владимирский и Луцкий, и созван он в отсутствие и без ведома короля, находившегося тогда в Швеции, и что такой Собор не вправе производить суд над епископом. Несмотря, однако ж, на протест, Собор осудил Гедеона заочно, и вследствие соборного решения 10 июля митрополит, седши сам в брестской соборной церкви на амвоне, при собрании великого множества народа всех сословий приказал архидиакону возгласить, что Львовский епископ Гедеон «отлучается от всех справ святительских до того часу, аж ся церкви Божой справит». Когда же вскоре за тем поступили новые жалобы на Гедеона, что он насильно завладел Уневским монастырем и жестоко обходится с монахами, вовсе не помышляя о каком-либо исправлении, то митрополит созвал Собор у себя в Новогрудке и в 26-й день сентября по определению Собора, на основании прежних решений патриарших и соборных низложил Гедеона «с стану епископского и от всего сана святительскаго». А на следующий день написал к канцлеру Польши Яну Замойскому послание, в котором, довольно подробно изложив весь ход дела, как Гедеон притеснял львовское братство и посягал на права своего архипастыря-митрополита, как два раза подвергался за это осуждению и запрещению от патриарха, два раза подвергался тому же от Соборов, как, несмотря на троекратные позвы, не хотел явиться на суд духовный и как, наконец, действительно низложен, митрополит просил канцлера предупредить короля, чтобы он, если Гедеон обратится к нему с жалобою, отнюдь не отменял соборного решения, помня свою присягу, данную при коронации, не нарушать прав духовенства, как римского, так и греческого. Совершенно произвольна догадка, будто митрополит преследовал Гедеона за его склонность к унии, которой сам не сочувствовал, и отстаивал братство, как противившееся унии. Митрополит отстаивал не столько братство, сколько самого себя, свою власть, свои права, на которые посягал его своевольный викарий; митрополит преследовал силою церковных законов епископа, который не хотел подчиняться не только своему архипастырю, но и Соборам и самому патриарху. Об унии тут не было и помину.

Собор 1594 г., открывшийся в Бресте с 24 июня, действительно не мог иметь законной силы, потому что король Сигизмунд III находился тогда в Швеции, а сеймовою конституциею предшествовавшего года запрещены были всякие съезды, сеймы или Соборы в отсутствие короля. На эту конституцию в самом начале Собора указал епископ Луцкий Кирилл Терлецкий, и в то же время митрополит получил письменное напоминание о ней от примаса королевства Гнезненского архиепископа. Потому собравшиеся на Собор решили, что так как они съехались к урочному дню на Собор в надежде возвращения в этому времени короля, а король доселе не возвратился, да и не все епископы приехали, то Собор, имея в виду означенную конституцию, не будет заниматься никакими делами, кроме дел судных, которых конституция та не запретила (разумелся суд над епископом Гедеоном). Снисходя, однако ж, на просьбы послов виленского Свято-Троицкого братства, прибывших с инструкциею, подписанною панами сенаторами и другими знатными членами братства, и желая облегчить работу будущего Собора, настоящий Собор решился рассмотреть эти просьбы и сделать по ним свое постановление в виде проекта, который имел быть утвержден на Соборе последующего года. В проекте было определено: 1) оставляем в силе лишь те церковные братства, которые имеют благословение от святейших патриархов и одобрены митрополитом и всеми епископами, и желаем не только не препятствовать, но и всячески содействовать их процветанию, а все иные церковные братства, противные этим, хотя бы получили начало от какого-либо епископа, знать не хочем и возбраняем; 2) священники братских церквей должны во всех епархиях находиться под властию местных архиереев, кроме братской Успенской церкви в Львове и львовского Онуфриевского монастыря, состоящих под благословением митрополита; 3) так как священники Троицкого братства в Вильне терпят препятствия в отправлении церковных служб от священников бурмистровских, то благословляем братству построить свою церковь на братской земле, по данной ему королем грамоте, а пока церковь построится, священники братские пусть служат в Троицком монастыре, впрочем, и после построения церкви Сретенский придел в Троицком монастыре по благословению патриарха и грамоте короля должен навсегда оставаться за братством для отправления церковных служб; 4) оставляем две главнейшие школы, одну в Вильне, другую во Львове, при церковных братствах под верховною властию митрополита, а все иные, малые, школы, основанные в подрыв этим братским школам, не должны существовать; только для помочи священникам дозволяется при каждой церкви иметь и обучать двух-трех детей; 5) утверждаем типографии согласно с определением Собора 1591 г., но с условием, чтобы в епархии митрополита ничего не печаталось и не издавалось без его воли, равно как и во Львове, а в епархиях епископов – без воли епископов; 6) признаем справедливою мысль, чтобы митрополит и епископы посылали своих уполномоченных на сеймики для участия в избрании кандидатов на архиерейские вакансии, и будем стараться, чтобы на то последовало разрешение короля. Под этою соборною грамотою из архиереев подписались только митрополит и Ипатий Потей, а Кирилл Терлецкий не подписался, хотя и он поименован в начале грамоты, и неизвестно, было ли впоследствии утверждено изложенное в ней постановление.

Из этой же соборной грамоты узнаем, что число церковных братств тогда очень увеличилось. На Соборе, по свидетельству ее, вместе с духовенством присутствовали послы от братств не только нам уже известных, виленского, львовского, брестского, но и бывших доселе неизвестными: красноставского, гольшанского, Городецкого, галицкого, бельского и «многих» других. Самое младшее из них было братство бельское, которое хотя уже образовалось, но получило благословение от своего епископа только после Собора. В своей благословенной грамоте от 29 июня Ипатий Потей дозволял этому братству принять чин и порядок братств львовского и виленского, отдавал братству бельскую соборную церковь святого Богоявления со всем имуществом, разрешал построить при церкви школу, больницу, гошпиталь, избирать для своей церкви священников и для школы учителей, предоставлял братству внутреннее самоуправление и грозил проклятием всякому, кто сделался бы соблазнителем и разорителем братства. Сохранился «реестр» лиц, вписавшихся в виленское Троицкое братство, на 1594 г., и здесь на первом месте стоит имя самого митрополита Михаила Рагозы, потом следуют имена: Федора Скумина – воеводы новогродского, Филона Кмиты Чернобыльского – воеводы смоленского и других вельможных панов и паней – Сапег, Сангушковной, Мстиславских, Соколинских, Полубенских, Масальских, Огинских и множество других лиц обоего пола разных сословий. Общее число братчиков простиралось до 368 Материальные средства этого братства также умножались. От князя Александра Полубенского оно получило в дар (1593) фольварк Судерви в Виленскем повете на содержание братских священников и школы, а у виленского купца Павла Михайловича Снипки купило (1594) за триста коп грошей дом по соседству с двумя другими, которыми оно уже владело на большой улице близ Острой брамы. Часть денег, следующих за дом, Снипка уступил своим завещанием братству, с тем чтобы оно ежегодно отпускало по три копы грошей на Троицкий гошпиталь и по две копы на росский. Но священники братства действительно терпели стеснения от виленских бурмистров и радцев, владевших Троицким монастырем. Узнав однажды, что эти священники отслужили вечерню у большого Троицкого алтаря с дозволения митрополита, бурмистры и радцы явились (24 января 1594 г.) к самому митрополиту и объявили, что он поступил вопреки их права, данного им королями на все виленские церкви и на Троицкий монастырь, а затем просили, чтобы впредь без их ведома владыка так не распоряжался, – и митрополит счел за лучшее уступить.