Кроме великого князя литовского в то же время оказывали покровительство и благодеяния православным церквам и монастырям в Литве и некоторые поместные князья и владельцы. Князь Константин Иванович Острожский пожаловал (1497) Покровской церкви в Турове рыбную ловлю и оградил священника этой церкви от обид и притеснений, а крылошанам виленского Пречистенского собора назначил навсегда из одного своего имения по две копы грошей и по пятнадцати бочек жита ежегодно. Князь мстиславский Михаил Иванович дозволил (1499) мстиславскому Пустынскому монастырю призывать поселенцев на свою церковную землю; наперед освободил этих будущих монастырских людей от всяких пошлин и суда не только светских судей, но и десятинников Полоцкого владыки; запретил и владыке судить игумена монастыря и брать с него церковные пошлины и право суда над игуменом предоставил самому себе вместе со владыкою. А вскоре за тем пожаловал тому же монастырю (1500) бортную землю Измайловскую и священнику Николаевской церкви в Мстиславле (1501) одно сельцо с пашнями и сеножатями. Князь Богдан Глинский с своею супругою отказал (1500) киевскому Пустынно-Николаевскому монастырю село Гатное в Киевском повете со всеми угодьями. Известный нам канцлер великой княгини Елены Иван Семенович Сапега, когда по предложению его в родовом его имении Кодне мещане греческого закона построили себе церковь во имя святого Михаила, поставил к ней священника (по праву подаванья) и на содержание его определил кроме участков пашенной и луговой земли от каждого кодненского мещанина, с каждой уволоки его земли по копе ржи ежегодно. Князь Федор Иванович Ярославич пинский сделал (1502) замковую церковь святого великомученика Димитрия в городе Пинске соборною и учредил при ней трех священников и диакона, кроме того, пристроил к ней, несмотря на существовавшее запрещение, четыре придела и в каждый определил по священнику. Всем этим семи священникам и прочему причту назначил ежегодную денежную ругу из своих имений, отвел дворовые места в Пинске с освобождением от земских повинностей, дал пахотные земли в разных своих селах по местам и с церковными людьми, назначив также от себя ругу и на потребности при богослужении: просфоры, вино, ладан, свечи. А в следующем году пожаловал приходской церкви в Купетичах рыбную ловлю на реке Ясольде и на храм Пречистой в Лещинском монастыре определил ежегодно давать десятого осетра со всех осетринных озер Пинской волости.

Из семи, вернее, из шести митрополитов, управлявших Западнорусскою Церковию в настоящий период, один – Григорий Болгарин – несомненно был униатом и старался приобресть себе последователей в среде своей паствы, но после десятилетнего опыта сам увидел нужду оставить унию и возвратился в православие, когда испросил себе благословение и утверждение в сане от православного Цареградского патриарха. Другой митрополит – Мисаил – только пытался принять унию на условиях, изложенных в послании к папе, но, не получив от папы никакого ответа, остался православным и об унии вовсе не заботился. Третий – Иосиф Болгаринович – также пытался войти в сношение с папою и принять унию и усердно трудился убеждать к принятию ее своих пасомых, но встретил недоверие и медленность со стороны папы и в тяжкой болезни скоро скончался, не изменив православию. Три остальные митрополита – Симеон, Иона Глезна и святой Макарий – были постоянно православными. Верховным архипастырем в Литовской митрополии признавался православный Цареградский патриарх. Даже униат Григорий, при котором она насильно была отторгнута из-под власти этого патриарха, нашелся наконец вынужденным подчиниться ему вместе с нею и испросить себе у него благословения и утверждения. Мисаил, кажется, не успел испросить себе этого благословения и утверждения и до конца жизни оставался только нареченным митрополитом. Прочие четыре митрополита, несомненно, получили благословение и поставление от Цареградского патриарха. Государи литовские, Казимир и Александр, под влиянием папы и латинского духовенства относились к православию неприязненно, но в то же время давали жалованные грамоты православным владыкам, монастырям и церквам, подтверждали и ограждали права и обычаи даже всего православного духовенства, всех православных своих подданных. Известные постановления, запрещавшие допускать православных к высшим служебным должностям и строить или обновлять православные храмы, соблюдались не всегда строго, может быть по допущению самих великих князей литовских. Действительные притеснения православным за веру и разные насилия были только в начале периода, при митрополите Григории, и особенно в конце периода, при митрополите Иосифе. Видимым, осязательным для всех свидетельством о том, что православная Церковь была только терпимою в Литве, а не господствующею, служило самое местопребывание православных митрополитов. Они жили постоянно не в Вильне – столице государства, где главным действующим лицом духовным всегда являлся римско-католический епископ, а в скромном и довольно далеком от столицы Новогрудке и Вильну посещали лишь изредка, большею частию однажды в год, хотя и имели здесь свой кафедральный собор. Иногда проживали они еще в Минске, где имели свой дом и держали своих наместников.

Из девяти епархий, вошедших в состав Литовской митрополии по отделении ее от Московской, одна – Галицкая – сделалась только частию епархии митрополитской, обнимавшей Киев, Вильну, Новогрудок, Слуцк, Городну, Минск, Галич, Львов вместе с их округами; другая – Черниговская – закрылась под конец периода, когда Чернигов и Брянск со всеми северскими областями перешли (1500) под владычество московского государя, а о третьей – Перемышльской, – даже об именах ее епископов, вовсе не сохранилось сведений. Из епископов епархии, или владык (так обыкновенно назывались в Литве даже в официальных бумагах православные епископы в отличие от латинских, которых называли епископами-бискупами), известны : а) Смоленские: Мисаил (1454–1480), избранный с 1475 г. и на митрополию; Иоаким (1480–1494) и Иосиф Болгаринович (с 1494), удержавший за собою эту епархию и по избрании (1498) на митрополитскую кафедру; б) Полоцкие: Каллист (с 1458 г.), преемник его Симеон, вероятно бывший потом митрополитом (с 1481 г.); преемник Симеона Иона Глезна, также бывший потом митрополитом (с 1488), и Лука (1488–1503); в) Луцкие: Мартиниан (1459), Никифор (1490), Иона (1492–1495) и Кирилл (1495–1509)»; г) Черниговские и Брянские: Евфимий, удалившийся (в 1464 г.) от притеснений за веру в Москву; Нектарий (прежде 1499 г.) и Иона, взятый русскими в плен при занятии ими Брянска (1500); д) Владимирские: Феодосий (1485) и Вассиан (1487–1497); е) Холмский: Симеон (1494); ж) Пинский и Туровский: Вассиан (1495–1502). Замечательную особенность по отношению к епископскому сану встречаем в Литовской митрополии ту, что Полоцкий епископ Лука имел у себя жену, которая вместе с сыном своим Андреем жила в Полоцке же или неподалеку от Полоцка, где владела купленным имением, такое явление отнюдь не было бы допущено в Московской митрополии как несогласное с правилами Церкви.

Устройство епархиального управления и суда в Литовской митрополии оставалось то же, какое было в Московской. У епархиальных владык видим наместников, десятинников, или десятников, бояр, подскарбиев, маршалков. На владык собирались с духовенства, белого и монашествующего, пошлины, и в числе их главные: сборное и подъезд, как в Московском государстве. Руководством по делам церковного управления и суда кроме общих церковных правил служили: а) так называемый Свиток Ярославов, подтвержденный грамотою великого князя Александра, и б) другие грамоты, какие по временам давали великие князья литовские владыкам, церквам, монастырям.

Число монастырей, если даже ограничиться лишь теми, о которых упоминается в современных актах и других известиях, было уже в Литовской митрополии значительно. Между ними встречаем монастыри древние и вообще прежде основанные: в Киеве Печерский, Николаевский Пустынный и Михайловский; в Вильне Свято-Троицкий; в Троках Рождество-Богородичный; в Полоцке Николаевский на Лучне; близ Новогрудка Лаврашев; близ Луцка Красносельский; в Кобрине Спасский; в Мстиславле Онуфриевский. Еще более встречаем тогда монастырей, вновь основанных, или возобновленных, или по крайней мере в первый раз упоминаемых, именно: в местечке Черее (ныне Могилевской губернии) Черейский, основанный епископом Смоленским Мисаилом (1454); в Слуцке – Троицкий (около 1455 г.); во Львове Онуфриевский и Униовский, или Уневский (около 1463 г.); в Гродне Коложский Борисоглебский (1480); в Смоленске Архангело-Михайловский (1430); близ Луцка или в его уезде Пересопницкий Богородичный (1490) и Жидичинский Николаевский (прежде 1492 г.); в Овруче Иоакимо-Анновский и Богородичный (1496); в Мстиславле Пустынский Богородичный (1496); в Минске Вознесенский (1499); в Дермани – Дерманский Троицкий (1499); во Владимире Волынском Спасский (1500); недалеко от Пинска Лещинский Богородичный (1503). Важнейший из этих монастырей, Киево-Печерский, был патриаршим ставропигиальным. Монастыри Михайловский в Киеве, Рождество-Богородичный в Троках, Николаевский на Лучне в Полоцке, Иоакимо-Анновский и Богородичный в Овруче находились в непосредственном ведении и в подаванье самого великого князя, который и раздавал их по своему усмотрению. Монастыри слуцкий Троицкий и Мстиславские Онуфриевский и Пустынский находились под патронатством и в подаванье местных князей. Все эти монастыри по управлению и суду были более или менее независимы, а иные (Киево-Печерский и трокский Богородичный) и совсем независимы от своих епархиальных владык.