Два сына основателя Супрасльского монастыря, называвшие себя его ктиторами, Григорий Александрович Ходкевич, пан виленский, гетман литовский, и Юрий Александрович Ходкевич, пан трокский, староста пинский, замечая, что в последнее время начали в монастыре происходить нестроения и устав, данный их отцом и митрополитом Иосифом Солтаном, не вполне соблюдался, съехались в монастырь и здесь вместе с архимандритом его Тихоном и всею братиею составили и изложили (2 октября 1568 г.) несколько пояснительных и дополнительных правил, которые назвали своим заветом. В завете, между прочим, было постановлено: а) церковные службы совершать в монастыре по церковному уставу без малейшего от него отступления; б) первоначальный устав монастыря написать на доске и повесить в трапезе, чтобы всем был ведом для руководства; в) деньги и прочие доходы, церковные и монастырские, архимандрит не должен брать к себе и один распоряжаться ими, как велось в последнее время, но все эти деньги и доходы должна принимать в трапезе вся братия вместе с архимандритом, потом вносить в казнохранилище за церковною печатью; точно так же с ведома всей братии должны совершаться и расходы; г) для большего порядка в помощь архимандриту избираются из среды братии шесть человек, с которыми он и правит монастырем, и распоряжается в монастырских имениях; д) в монастыре мясного не есть, хмельного не держать; е) архимандрит не должен иметь стола особо, а есть вместе с братиею в трапезе; ж) в церковь должен приходить к началу всякой службы; з) не должен сам ездить по фольваркам для подбирания пчел и может посещать фольварки только однажды в год; и) монахов, приходящих из чужих монастырей, не избирать ни в келари, ни в экономы и ни на какую монастырскую службу; и) в настоятели монастыря избирать только из своих постриженцев и пр.

Но в то время, когда православные монастыри в Литве, постоянно раздаваемые в управление светским людям, более и более приходили в упадок, когда благотворения монастырям становились реже и реже и лишь немногие, вроде братьев Ходкевичей, показывали иногда некоторую заботливость об устроении их, нашелся человек, который один основал в своих владениях три монастыря. Это был князь Богуш Федорович Корецкий, воевода земли Волынской, староста луцкии, браславский и винницкий. Монастыри, им основанные, были: Корецкий, Маренинский и Городинский. Каждый из них он наделил и обеспечил фундушами, которые и завещал (21 июня 1576 г.) своему сыну и потомкам никогда не отнимать. К сожалению, главный опекун, избранный князем Богушем, над его оставшимися имениями, знатный магнат Ян Ходкевич скоро отдал (29 марта 1577 г.) один из этих монастырей, Маренинский, в пожизненное управление какому-то «пану филозофу» Сисину Калечицкому со всеми отчинами и доходами, хотя, быть может, этот Сисиний, человек «доброй науки в вере закону греческаго», сделался потом и архимандритом обители по примеру двух первых ее архимандритов, упоминаемых в той же грамоте Ходкевича. Встречались тогда между православными и такие, которые если и не основывали монастырей, то устрояли церкви и при них гошпитали и школы. Каштелян брацлавский Василий Загоровский завещал (11 июля 1577 г.) устроить в городе Владимире, при своей фамильной Ильинской церкви гошпиталь на двенадцать человек нищих и недужных и школу, в которой бы местный церковный дьяк обучал детей грамоте и списывал книги для употребления в церкви, а в своем имении Суходолах – построить новую церковь Вознесения Господня и при ней гошпиталь также на двенадцать человек. И на все это, равно как и на содержание приходского духовенства, назначил достаточные средства. О существовании гошпиталей в Луцке упоминает в своем завещании (13 декабря 1569 г.) архимандрит Жидичинского монастыря Иона, который назначил на русский гошпиталь в Луцке пять коп грошей и на лядский три копы грошей.

Хотя при заключении Люблинской унии между Литвою и Польшею было постановлено, что русские и литовцы будут пользоваться всеми правами наравне с поляками и русским будут издаваться указы и грамоты только на русском языке, но скоро начались отступления от этого закона. В 1576 г. все дворяне воеводства Брацлавского писали к королю Стефану Баторию, что к некоторым из них недавно присланы из королевской канцелярии грамоты не на русском, а на польском языке вопреки Люблинской унии и просили, чтобы король приказал впредь выдавать или присылать к ним грамоты из королевской канцелярии не на ином как на русском языке. Опираясь на то же постановление люблинского сейма, русские в Галиции старались и себе исходатайствовать равенство прав с поляками, не жалея для того никаких издержек. И король Сигизмунд Август издал на варшавском сейме, 20 мая 1572 г., грамоту, которою объявлял, что русские в Галиции наравне с прочими жителями имеют право на общественные должности, могут владеть движимым и недвижимым имуществом и вести торговлю, и запретил под страхом пени в 2000 угорских золотых притеснять или преследовать как самих русинов, так и их православное духовенство. Но эта грамота, особенно в городе Львове, не исполнялась поляками. Подтверждали ее потом по просьбе русских король Генрих Валуа (15 апреля 1574 г.) и король Стефан Баторий (26 марта 1577 г.), но без всякой пользы: притеснения русских, несмотря на все их протесты, не прекращались, тем более что сам же Баторий в 1578 г. ограничил права русских, предоставленные означенною грамотою. Все это, впрочем, для многострадальной Галиции было явлением обыкновенным. Но скоро начались притеснения православным не в одной Галиции, но и в великом княжестве Литовском.

В июне 1579 г. кафедру Литовской митрополии занимал уже новый нареченный митрополит, Онисифор Петрович Девоча, или Девочка. Родом он был, как можно догадываться, из галицких дворян и до поступления на митрополию имел в своем управлении, еще по грамоте короля Сигизмунда Августа, Лаврашевский монастырь, который потом удерживал за собою и в продолжение своего митрополитствования. На высшую церковную должность назначен был, вероятно, прямо из светских людей, нимало не подготовленный к ней предшествовавшим служением Церкви, как прежде назначены были Сильвестр Белькевич и Илия Куча: по крайней мере, ни в числе архиереев, ни в числе настоятелей и других духовных лиц того времени имя Онисифора Девочки не встречается. Еще прискорбнее было то, что он возведен был в сан архиерея-митрополита вопреки канонов из двоеженцев, к общему соблазну верующих. А между тем Западнорусская Церковь нуждалась тогда, более чем когда-либо прежде, в пастырях и архипастырях достойнейших как по умственным качествам, так и по нравственным. Враги ее – латиняне, особенно иезуиты, с каждым днем усиливались и усиливали на нее свои нападения. Завязывалась борьба открытая, в которой православные хотя старались принимать все меры для своей обороны, но, достаточно не приготовленные и не имея искусных вождей, поневоле во многом должны были уступать своим противникам.

Доселе деятельность литовских иезуитов сосредоточивалась в Вильне и направлена была преимущественно на подавление протестантства. Теперь они успели утвердиться и в других местах Западнорусского края, и в некоторых почти исключительно для совращения православных. В августе 1579 г. Стефан Баторий осадил Полоцк. При короле и войске постоянно находились иезуиты. Сначала осада шла неудачно от постоянных проливных дождей. По совету иезуитов король приказал служить в лагере молебствия, а сам дал обет основать в Полоцке, как только он будет взят, иезуитскую коллегию. По взятии города (27 сентября) Баторий в благодарность Богу за одержанную победу действительно тотчас же основал там коллегию и костел для иезуитов, отдал им во владение все русские церкви и монастыри в Полоцке, именно восемь церквей и семь монастырей, большею частию разоренных, а вместе и все принадлежавшие им имения. Некоторые из этих имений были расхищены в предшествовавшее смутное время, а три находились в пожизненном владении смоленского каштеляна Зеновича, но король велел назначить комиссию, которая расследовала дело и возвратила иезуитам одиннадцать сел, а в 1583 г. к ним присоединены королевскою грамотою и три села, бывшие во власти Зеновича. Новою своею грамотою (11 апреля 1584 г.) король уступил иезуитам и разные дани, которые прежде шли с пожалованных им крестьян в королевскую казну и на земские повинности. Варшавский сейм 1585 г. утвердил за полоцкими иезуитами все подаренные им православные церкви, монастыри и их имения. Такое действие Стефана Батория было вопиющею несправедливостию. Жители Полоцка почти все были православные, и он оставил им только одну церковь, кафедральную Софийскую, и за одним только владыкою-архиепископом утвердил все прежние его имения, а все прочие церкви и монастыри с их имениями насильно отнял у православных и отдал иезуитам. И для чего отдал? Для того, как сам говорит в грамоте (20 генваря 1582 г.), чтобы они основали семинарию для воспитания юношества, распространяли в схизматических странах католическую веру, устрояли латинские приходы и, следовательно, искореняли православие. Очень естественно, если православные жители Полоцка относились вначале к иезуитам враждебно и противодействовали им, как только могли. Открытая иезуитами семинария, или школа, едва имела до пяти учеников, но вскоре в ней находились уже многие ученики, и в числе их даже дети местного православного владык. В 1582 г., получив под свою власть Ливонию, Баторий лично посетил город Ригу, сопровождаемый иезуитами и принимая меры к восстановлению между жителями страны католицизма, основал и в Риге иезуитскую коллегию при церкви святого Иакова. Эта коллегия, при которой скоро открыта была и школа, назначалась прежде всего для привлечения к латинству местных протестантов, но могла оказывать влияние и на православных, которые имели в самой Риге свою церковь святого Николая, находившуюся в ведомстве Полоцкого архиепископа. Третью коллегию иезуитов и при ней школу основал (1585) в своем имении Несвиже князь Николай Христофор Радзивилл и наделил ее богатыми имениями. Из Несвижа, который находился в Новогрудском воеводстве, иезуиты часто предпринимали путешествия по соседним городам, и особенно в Новогрудок, и в нем одном обратили в латинство до тридцати человек православных. Следует упомянуть и о четвертой коллегии иезуитской, которую основала еще в 1571 г. по совету Скарги, тогда пока львовского каноника, одна польская магнатка, София Одровонж, в своем городе Ярославле, потому что город этот, находившийся в Галиции, в Перемышльской епархии (ныне местечко Люблинской губернии), был окружен сплошным православным народонаселением. Ярославская коллегия имела свои миссии, при латинских бискупах, в городах Львове и Луцке, где также много обитало православных, а ярославская школа, существовавшая при коллегии, по своему устройству принадлежала к числу высших. Но главным местом иезуитской деятельности оставалась Вильна. Здесь кроме академии, которая быстро возрастала и в 1586 г. имела уже 54 иезуита и 700 воспитанников, в руки иезуитов отданы были еще два новые училища, две семинарии. Одна из них, епархиальная семинария, устроена была (1582–1584) Виленским бискупом – кардиналом Юрием Радзивиллом, который на содержание ее пожертвовал несколько своих имений. Другая получила начало по мысли Антония Поссевина. Совершив путешествие в Москву без всякого успеха для католицизма, Антоний пришел к убеждению, что для обращения русских Московского государства к римской вере надобно прежде обратить к ней их единоверцев, живущих в Литве и Польше под властию короля-латинянина, что при этом обращении можно на время дозволить им богослужение на славянском или греческом языке, чтобы они мало-помалу от своих несовершенных обрядов переходили к древним греческим и наконец перешли к обряду латинскому, лишь бы только приняли догматы Флорентийского Собора, и указывал папе Григорию XIII как на первое средство к обращению русских на учреждение двух семинарий: в Риме и в Вильне. В Риме семинария, или коллегия, была учреждена в 1581 г. для молодых людей из греков и других восточных христиан, в том числе и русских, и из нее вышло немало ученых мужей, особенно греков, бывших усердными пропагандистами католицизма и унии между своими прежними единоверцами. В Вильне семинария основана в 1582 г. папою Григорием XIII, обещавшим отпускать на нее ежегодно по 1200 коропатов из собственной казны, и основана собственно для воспитания русских юношей с целию пропаганды между православными обитателями края. Впрочем, эта последняя семинария существовала недолго, потому что, как объясняет сам Поссевин, преемники папы Григория XIII (†1585) перестали высылать на содержание ее ту сумму денег, которую назначил и высылал Григорий XIII. Кроме коллегий и других учебных заведений иезуиты старались учреждать церковные братства. Старшее из них, братство Тела Господня, или Евхаристии, основанное по мысли Скарги, как мы видели, еще в 1573 г. при костеле святого Яна, ежегодно совершало в Вильне свою церковную процессию, при особом участии всех отцов иезуитов и их многочисленных питомцев, и всегда привлекало ею толпы народа всех исповеданий. Но никогда эта процессия не отличалась такою торжественностию, пышностию и обстановкою, как в 1586 г., когда она привлекла к себе несметное множество разноверцев даже из окрестных мест Вильны и произвела на них такое впечатление, что многие родители побрали своих детей из протестантской школы и отдали в иезуитскую, а из взрослых вскоре за тем более трехсот человек приняли латинскую веру. Самым важным для себя приобретением в это время считали иезуиты обращение знаменитого впоследствии канцлера Льва Сапеги, который еще в юности, когда воспитывался в Саксонии, изменил православию и принял кальвинство, а теперь, под влиянием Скарги, сделался католиком. В том же 1586 г. учреждено при иезуитском Свято-Яновском костеле братство Марии (sodalitas Mariana), вскоре распространившееся по всей стране. А в 1588–1589 гг., когда в Вильне свирепствовало поветрие, образовалось при том же костеле братство милосердия Господня, и члены братства, преимущественно иезуиты, с великим усердием посещали больных, без различия вероисповедания, в домах и гошпиталях, кормили бедных и убогих у своего кляштора, утешали и напутствовали умирающих и не упускали случаев обращать облагодетельствованных ими иноверцев к своему исповеданию, в это время одних православных они обратили пятьдесят три человека. Таким образом, иезуитские братства имели главною своею целию латинскую пропаганду.