Кончина митрополита Сильвестра случилась, вероятно, в последнюю четверть 1567 г., потому что в это время виленский Троицкий монастырь, который пожалован был королем митрополиту Сильвестру до его живота, король пожаловал уже другому лицу, пану Федору Яцкевичу Белькевичу. Но на преемство митрополиту Сильвестру еще в 1565 г. испрошена была грамота у короля Сигизмунда Августа одним епископом. Это был не кто другой, как владыка Холмский Феодосий Лозовский, который в том же году с такою храбростию отвоевал себе епархию Владимирскую у пана Ивана Борзобогатого-Красенского. Несмотря, однако ж, на королевскую грамоту, так заблаговременно испрошенную, храброму епископу не суждено было сделаться митрополитом, может быть, вследствие этой самой слишком неумеренной храбрости.

В 1-й половине 1568 г. на кафедру митрополии Киевской и Галицкой возведен был Пинский и Туровский епископ Иона Протасевич-Островский, носивший, впрочем, и в сентябре имя только нареченного митрополита. В том же году (21 сентября) Виленский бискуп Валериан Протасевич-Шушковский, может быть дальний родственник Ионы, судя по фамилии, купил в Вильне за четыре тысячи коп грошей большой каменный дом для иезуитов неподалеку от своего бискупского дома. И если митрополиту Сильвестру при самом вступлении на кафедру суждено было встретить новых врагов православной Церкви в лице протестантов, то преемнику его, Ионе Протасевичу, вскоре по вступлении на кафедру пришлось увидеть пред собою еще более сильных и опасных врагов православия в обществе иезуитов. Протестанты в Литве прежде всего направили свое оружие на латинян и затем уже на православных. Так и иезуиты сначала устремились здесь на протестантов, но вскоре повели борьбу и с православными.

Орден иезуитов, всецело посвятивший себя на служение папству и Римской Церкви против всех ересей, особенно умножившихся в XVI в., утвержден папою Павлом III в 1540 г. А чрез шестнадцать лет иезуиты проникли уже почти во все страны Западной Европы и имели в ней девять своих провинции с провинциалами во главе и, кроме того, три провинции вне Европы: в Бразилии, Ефиопии и Индии. В 1564 г. иезуиты водворились в Польше, именно в Вармии, куда приглашены были местным епископом – кардиналом Станиславом Гозием и где в самое короткое время успели показать себя с самой выгодной стороны в борьбе с протестантами. Этот-то Гозий, который родом был из Вильны, человек весьма умный и просвещенный, отличавшийся величайшею приверженностию к папству, бывший несколько времени председателем на Тридентийском Соборе и пользовавшийся высоким авторитетом во всем католическом мире, дал совет Виленскому бискупу Валериану Протасевичу вызвать в Вильну иезуитов для противодействия усилившимся в ней кальвинистам и другим сектантам. Протасевич с радостию последовал совету и, купив, как мы уже сказали, дом для помещения иезуитов, просил Гозия о присылке их в Вильну. Когда посланные Гозием иезуиты приблизились к Вильне – их было пять: два священника из Ольмюцкой иезуитской коллегии, Вальтазар Гостовин и Андрей Фризий, два при них помощника-лаика и в качестве вождя их вице-провинциал Франциск Суннерий – Протасевич, опасаясь, чтобы на них не сделали здесь нападения еретики, отправил навстречу прибывшим собственный экипаж и отряд вооруженных слуг, под охраною которых достойные ученики Лойолы и въехали в литовскую столицу. Это было в сентябре 1569 г., вскоре после того как окончился пресловутый люблинский сейм (10 января – 12 августа 1569 г.), на котором состоялось окончательное соединение Литвы с Польшею. Таким образом, в один и тот же год совершились два роковые события, имевшие гибельнейшие последствия для всего Западнорусского края и существовавшей в нем православной Церкви. На люблинском сейме утверждена так называемая политическая уния Литвы с Польшею, но то была собственно не уния, не соединение двух государств на равных правах, а подчинение и порабощение одного государства другому, Литовского Польскому, – порабощение, которое повело к постепенному ослаблению и подавлению русской народности и русского языка в Литовском государстве, бывших дотоле здесь господствующими, хотя при заключении Люблинской унии и было постановлено, что литовцы и русские наравне с поляками будут всегда пользоваться всеми своими правами, гражданскими и религиозными, и что для русских все грамоты и указы будут всегда писаться, всякое делопроизводство в судах будет всегда совершаться не иначе как на русском языке. А с прибытием иезуитов в Вильну вновь начались почти уже забытые попытки насадить в Литве так называемую церковную унию, которая наконец и водворилась здесь при содействии иезуитов, и повела к постепенному подавлению православия во всем Западнорусском крае, и сопровождалась непрерывным рядом притеснений и бедствий для православных, не соглашавшихся принять ее, а затем и для самих униатов.

Дом, в который ввел бискуп Валериан иезуитов, представлял удобное помещение для тридцати членов этого ордена и был совершенно приспособлен для устройства в нем иезуитского коллегиума. Кроме того, Валериан купил и подарил им еще два дома, находившиеся вблизи, с обширными плацами, назначил на содержание самого коллегиума по две тысячи коп литовских грошей из своих имений, а на содержание при коллегиуме гимназии определил несколько своих деревень с их доходами. Когда все уже было подготовлено для открытия обоих этих заведений, приехал в Вильну (в июле 1570 г.) по приказанию иезуитского генерала Франциска Боргия провинциал австрийских и польских иезуитов Лаврентий Магий. При нем находился Станислав Варшевицкий, сын варшавского кастеляна, получивший отличное образование в Виттембергском университете, не раз исполнявший должность секретаря при короле Сигизмунде Августе и его посланника к разным европейским дворам, а с 1567 г. самый ревностный иезуит, славный своею ученостию и красноречием. Открытие иезуитского коллегиума и гимназии Магий совершил с особенною торжественностию, в присутствии бискупа Валериана, его капитула и многочисленного духовенства, причем как сами иезуиты, так и их ученики говорили речи и стихи на языках латинском, греческом и еврейском. Число братьев иезуитов в новооткрытом коллегиуме простиралось уже до 26. Отъезжая из Вильны, Магий назначил ректором этого коллегиума и гимназии Станислава Варшевицкого.

Школа всегда была в руках иезуитов самым могущественным орудием для их пропаганды. Но открытая в Вильне гимназия их вначале почти не имела учеников. Православные, естественно, смотрели на нее с подозрением, не пускали туда своих детей; у протестантов были свои гимназии и школы в Вильне и других местах; сами католики предпочитали прежние свои училища, особенно находившиеся при виленском кафедральном соборе святого Станислава. Бискуп Валериан написал окружное послание ко всей своей пастве, в котором восхвалял ученость отцов иезуитов и рекомендовал всем основанную ими гимназию. Мало-помалу, когда в Вильне стали привыкать к иезуитам, когда увидели блестящие успехи их учеников, особенно в латинском языке, и узнали, что детей бедных родителей иезуиты обучают у себя бесплатно, их гимназия начала наполняться, и в нее посылали своих детей даже православные. В том же 1570 г. иезуиты успели воспользоваться и другим своим обычным орудием в борьбе с иноверцами: разумеем диспуты. Повод к тому подали сами иноверцы, которых было тогда множество в Вильне. Между ними наиболее славились своею ученостию два кальвинских учителя: Андрей Трицезий и особенно Андрей Волан, с юных лет бывший секретарем при князе Николае Радзивилле Черном и издавший много ученых сочинений. Однажды оба эти лица с большою толпою лютеран и кальвинистов пришли в коллегиум к иезуитам и горделиво вызвали их на прения о вере, предлагая вопросы о таинстве Евхаристии. Иезуиты приняли вызов и прежде всего спросили своих противников: должно ли, по их мнению, верить тому, чему учили святые отцы Церкви? Получив утвердительный ответ, принесли множество книг, начали приводить свидетельства отцов, особенно Августина и Амвросия, касавшиеся избранной темы, завязался жаркий спор, переходили с предмета на предмет, и дело окончилось ничем. Недовольные тем, что это прение было как бы домашнее, происходило в стенах коллегиума, братья иезуиты сочли нужным вызвать своих противников на публичную борьбу, написали на бумаге несколько богословских тезисов для диспута, в том числе и о таинстве Евхаристии, и привесили тезисы на дверях Свято-Иоанновского костела, обращая свой вызов ко всем проходящим. В назначенное для диспута время на площади пред костелом собралось множество жителей Вильны и между ними кальвинистов и других сектантов. Пришли и отцы иезуиты, но из противников никто не выступал для состязания с ними. Тогда находчивые отцы решились произвесть диспут сами между собою, разделившись на разные партии: одни из них отстаивали учение Кальвина, другие – Лютера и Цвингли, третьи – Ария и Социна, а четвертые – учение Римской Церкви, В таком виде публичный диспут продолжался три дня сряду, в присутствии многочисленных слушателей всех исповеданий. Участвовавшие в споре, казалось, защищали каждый свои мнения с искренним убеждением и ревностию, но спор всегда оканчивался торжеством Римской Церкви и посрамлением иноверцев. Подобными диспутами, часто потом возобновлявшимися, иезуиты до крайности унижали в глазах толпы иноверные исповедания и их проповедников и привлекали к себе всеобщее уважение и сочувствие.