С самого прибытия иезуитов в Вильну здешние протестанты очень хорошо понимали, какая опасность угрожала им, и старались принимать свои меры. Прежде всего пытались они соединиться между собою, чувствуя, что главная причина их слабости заключается в их разделении на секты и постоянной внутренней борьбе. С этою целию в марте 1570 г. кальвинисты и лютеране составили в Вильне Собор, на котором после долгих споров, уступая давлению своего главного покровителя Николая Радзивилла Рыжего, утвердили между собою соглашение, но это соглашение было только наружное. А в апреле того же года некоторые представители литовских протестантов отправлялись на Собор, бывший в Сандомире, и вместе с польскими кальвинистами, лютеранами и моравскими братьями заключили союз против католиков, который, однако ж, вскоре был нарушен лютеранскими пасторами. Пытались ученые протестанты в Вильне, как мы упоминали, делать открытое нападение на иезуитов и вызывали их на диспут, но должны были уступить. Тем менее могли они успешно состязаться с своими противниками другим каким-либо оружием. Имели у себя протестанты ученых и красноречивых проповедников, но не имели таких, какими были у иезуитов Скарга и Варшевицкий, увлекавшие толпы. Равно не имели ни такого, как у иезуитов, пышного и торжественного богослужения и церемоний, еще более увлекавших народные массы, ни такого могущественного средства действовать на совесть верующих, каким служил для иезуитов конфессионал. В прежнее время, особенно при Радзивилле Черном, протестанты много могли рассчитывать на короля Сигизмунда Августа, столько покровительствовавшего им, но в последние годы своей жизни под влиянием сестры своей Анны, ревностной католички, и ее любимца Варшевицкого король видимо склонился на сторону латинян и стал более благоприятствовать иезуитам. По всему этому, не помышляя уже о каких-либо наступательных действиях на своих врагов, протестанты заботились только, как бы охранить себя от них. По смерти Сигизмунда Августа (1572), когда в Варшаве собрался конвокационный сейм для распоряжений об избрании нового короля (в генваре 1573 г.), протестанты употребили все усилия, чтобы на сейме утверждена была конституция о веротерпимости во всем Литовско-Польском государстве, о равенстве пред законом всех христианских исповеданий, и эта Варшавская конституция, хотя утвержденная только большинством сейма, служила потом для диссидентов главною опорою при защищении ими своих прав. По избрании на литовско-польский престол Генриха, герцога Анжуйского, протестанты, несмотря на все противодействия католиков, своею стойкостию вынудили нового короля при самой коронации (21 февраля 1574 г.) утвердить клятвенно Варшавскую конституцию и тем оградить свободу их вероисповедания и права. Когда Генрих бежал во Францию и на место его избран был Стефан Баторий, герцог Семиградский, протестанты могли радоваться, зная, что дотоле он покровительствовал их единоверцам, но Баторий по политическим видам еще пред коронованием своим (1 мая 1577 г.) открыто объявил себя католиком и хотя потом, не колеблясь, подписал условия веротерпимости, предложенные ему диссидентами, и утвердил своею присягою, но всегда оказывал предпочтение католикам и особенно иезуитам. В 1577 г. бискуп Валериан Протасевич донес королю, что в Вильне покупаются или уже куплены дома или дворцы с тою целию, чтобы открывать в них училища, устроять храмы (delubra), учреждать отдельные собрания, вопреки юрисдикции Виленского епископа, которому принадлежит попечительство о храмах и школах, и без соизволения короля. Поэтому Стефан Баторий дал приказ (27 марта) канцлеру великого княжества Литовского, воеводе виленскому Радзивиллу Рыжему, чтобы никто, какого бы он ни был достоинства и звания, не строил и не старался строить публично и приватно никакого нового храма, дома или двора для открытия школ и собраний в городе Вильне, а в построенных домах не заводил школ или каких-либо необычных собраний под страхом утраты этих домов и уплаты в казну десяти тысяч коп грошей и чтобы канцлер вписал этот приказ в городские акты и опубликовал для всеобщего сведения, «сохраняя мир между диссидентами в вере и тем не менее не дозволяя им воздвигать и учреждать никакой новой школы, храма или дома для упомянутых собраний». Такой приказ королевский тем более должен был поразить Радзивилла и всех виленских протестантов, что, кажется, был направлен прямо против самого Радзивилла, который только за месяц пред тем (15 февраля) продал своим единоверцам за восемь тысяч коп грошей свой Горностаевский двор и плац в Вильне, находившийся подле Покровской православной церкви, с тем чтобы они соорудили там для себя дом и храм, или збор, на вечные времена. Правда, спустя два с половиною года король, уступая просьбе Радзивилла, утвердил (20 октября 1579 г.) и продажу его Горностаевского двора и плаца кальвинистам, и постройку их храма, но для католиков и иезуитов сделал тогда гораздо более. По ходатайству бискупа Валериана, маршалка Яна Ходкевича и самих иезуитов Баторий еще в 1578 г. (7 июля) дал их коллегии диплом, составленный Яном Димитрием Соликовским, впоследствии архиепископом Львовским, на звание академии с правом производить бакалавров, магистров, лиценциатов и докторов свободных наук, философии и богословия. Вожди кальвинизма в Вильне очень встревожились, когда услышали, что король подписал грамоту об академии; они явились к нему и упрашивали его не издавать этой грамоты, называя ее стеснением для своих прав и вероисповедания, но все было напрасно. Канцлер Радзивилл не согласился приложить к грамоте печать, и вице-канцлер Евстафий Волович колебался приложить, но когда король пригрозил ему удалением от должности, печать немедленно была приложена. А в 1579 г., апреля 1, Баторий не только подтвердил Виленской академии все прежние ее права, но и сравнял ее с Краковскою академиею и испросил для первой чрез посла своего Димитрия Соликовского утвердительную грамоту (29 ноября 1579 г.) папы Григория XIII. Так завершилось первое десятилетие пребывания иезуитов в Литве. Вызвавший их бискуп Валериан скончался в конце того же 1579 г., и Скарга, обращаясь впоследствии к памяти его, не без самодовольства спрашивал: «Поведай нам, Валериане, какова была Вильна в то время, когда католическому священнику едва можно было показаться на улице и когда католик был такою редкостию во всем великом княжестве Литовском, особенно между панами». В это десятилетие иезуиты прочно утвердились в Вильне, одержали несколько побед над протестантами и обеспечили себе дальнейшие победы над ними.
В это же десятилетие начались и первые успехи иезуитов между православными, хотя пока еще мало заметные. В иезуитскую коллегию, или гимназию, так скоро прославившуюся, охотно отдавали своих детей и православные родители. Один из них, кастелян брацлавский Василий Загоровский, в 1577 г. написал в своем завещании, чтобы его малолетних сыновей прежде всего обучали русской грамоте и письму у какого-либо ученого дьяка, потом пригласили в дом степенного бакалавра, который бы научил их латинскому языку, а наконец отдали их «до Вильни к езуитом, бо там фалят детям добрую науку» Княгиня Чарторыйская уведомляла князя Курбского, что сын ее в страхе Божием и в правоверии праотеческом утвержден, имеет охоту к священным писаниям и что она думает послать его для дальнейшего образования в Вильну к отцам иезуитам. Курбский отвечал: «Намерение твое похвально, но не хочу от тебя утаить, что многие родители как княжеских родов, так и шляхетских и честных граждан отдали было туда своих детей для обучения свободным наукам, а иезуиты, еще не науча их, едва не всех, в их неразумном возрасте, своими хитрыми внушениями отлучили от правоверия и перекрестили в свое полуверие, например, сыновей князя Крошинского и других. Потому многие отцы опять отобрали от них своих детей, ибо они (иезуиты) ненавистники и великие противники нашему правоверию и называют четырех патриархов Восточной Церкви схизматиками, т. е. раскольниками, между тем как сами-то и суть истинные схизматики с их папою и со всеми кардиналами». Совращая православных детей, иезуиты старались совращать и взрослых. Едва прошло три-четыре года со времени прибытия Скарги в Вильну, как он издал здесь, в типографии обращенного им к латинству князя Николая Христофора Радзивилла на польском языке сочинение под заглавием: «О единстве Церкви Божией под единым пастырем и о греческом отступлении от этого единства, с предостережением и увещанием русским народам, держащимся греков» (1577). В предисловии к сочинению он, между прочим, говорит: «Когда я, по обязанности и ради святого послушания, произносил здесь, в Вильне, несколько проповедей об этом предмете и многие из лиц греческого закона прислушивались к ним, то некоторые сочли нужным, чтобы я изложил все это на бумаге для печати». Следовательно, уже в то время иезуиты громили в своих проповедях не одни протестантские секты, но и православие и многие из православных не отказывались слушать эти проповеди. Для того чтобы сочинение могло иметь более успеха между русскими, Скарга посвятил его знаменитейшему из них, князю Константину Константиновичу Острожскому, которому сделался известным еще в бытность свою львовским каноником. В своем обращении к князю Скарга просил его окончить дело единения (унии) русских народов с Римскою Церковию и что он как «первый в греческом законе» и энатностию рода, и усердием к вещам Божественным, и славою добродетелей, и великим могуществом употребит на то все свои силы, так как, прибавлял хитрый иезуит, «Господь благоволил и старшего сына вашего Януша привести к единству св. Церкви». А Януш действительно незадолго пред тем, к крайнему огорчению отца, увлечен был в латинство иезуитами, находясь при дворе немецкого императора Максимилиана II для изучения ратного искусства.