Таким образом, еще до завоевания Новгорода Москвою в Новгороде зрели идеи общерусского единения под верховенством Москвы. Сама новгородская старина, вызванная к жизни сторонниками литовской боярской партии, восставала на новгородскую независимость. Разбуженный интерес к родной истории подсказывал идею общерусского единства.

В эпоху походов Ивана III ожесточение борющихся партий в Новгороде — литовской и московской — достигло крайней ступени. Новгородское летописание утратило свою организованность и систематичность. Летописи велись по инициативе представителей обеих враждующих партий, дополнявших и расширявших списки, начатые их предшественниками. В этих дополнениях нет единства между отдельными летописцами ни в политических взглядах, ни в круге отмечаемых ими событий, ни в стиле и манере изложения. Летописцы то ограничивались одними лишь новгородскими событиями, то вводили сведения общерусского значения; иногда эти известия кратки и сдержанны, но иногда же речисты и витийственны. Те части новгородской летописи, которые отличаются традиционным новгородским лаконизмом стиля, лишены, однако, чеканности летописного языка XII–XIII вв. Летописец терял присущее ему спокойствие тона, как только подходил к предметам, близко касавшимся его политических убеждений, и разражался в этих случаях многословными тирадами против своих политических врагов всюду, где находил это возможным. Летописец, дополнивший один из списков Новгородской IV летописи (Строевский), так отчитал сторонника московского великого князя Упадыша, забившего железом пять новгородских пушек при приближении к Новгороду московского войска: «како не вострепета, зло мысля на Великий Новъгород, не сытый лукавъства? не мъзды ли ради предаеши врагом Новъгород, о Упадышче, сладкого брашна вкусил в Великом Новеграде? О, колика блага не намятив, недостаточное ума достигл еси!.. Уне бы ты, Упадыше, аще не был бы во утробе матерьни: не бы был наречен предатель Новуграду…»и т. д.

Не на одного Упадыша сетует летописец. Он осуждает «владычнь стяг» (полк новгородского архиепископа), который не хотел ударить на московскую княжескую рать, ссылаясь на то, что «владыка нам не велел на великого князя руки подынути». Осуждает летописец и тех новгородцев, которые перед битвой, с москвичами «вопили» на «больших людей», не желая сражаться: «Яз человек молодыи, испротеряхся конем и доспехом».

«И бысть в Новегороди молва велика, и мятежь мног, и многа лжа неприазнена, сторожа многа но граду и но каменным кострам [башням] на переменах день и нощь. И разделишася людие: инии хотяху за князя [московского], а инии за короля, за Литовьского», так описывает летописец волнения, вызванные поражением новгородского войска на Шелони.

Иной характер носили дополнения Новгородской IV летописи по списку Дубровского. Помимо обилия в них московских и общерусских известий, список включил в свой состав такие направленные против новгородской независимости произведения, как «Словеса избранна от святых писаний» на новгородцев, «Послание митрополичье» против них же, московский рассказ о присоединении Новгорода с резкими выпадами против новгородцев и характерным заключительным проклятием новгородским «смутьянам»: «И та земская их беда и вся людцкая кровь да будетъ изысканна от Бога вседержителя, по писанному: Господи! зачинающих рать погуби. И то все на тех главах на изменных и на их душах, в сем веце и в будущем, аминь».

Военные действия против Новгорода, а затем и борьба в Новгороде с остатками боярско-литовской партии внесли ненадолго черты озлобления и полемичности в произведения обеих партий. Эта борьба по мелочам, по текущим вопросам была лишена той широкой историко-философской аргументации, которой обладала литература предшествующего периода.

Московские порядки были введены в Новгороде в 1478 г. после вторичного похода, которому Иван III придал характер защиты русских интересов от изменников — новгородских бояр. Этот поход Ивана III был обставлен с чрезвычайной пышностью. Ни один из московских походов ни в прошлом, ни впоследствии не сопровождался такой усиленной пропагандой, таким обилием всяческих посланий, как новгородские походы Ивана III. Идеологическое состязание Новгорода и Москвы достигло в 70-х — 80-х годах XV в. особенной напряженности. Везя в обозе своих войск летописи и книжника, умевшего «говорить по летописцам русским» (новгородца Стефана Бородатого), Иван III готовился к сложной идеологической борьбе с Новгородом. Наступая на Новгород, Иван III явно не опешил, принимал по дороге перебежчиков и затягивал переговоры, очевидно, выжидая, чтобы московские интересы сами взяли верх в Новгороде. К этому у него были веские основания: так называемая литовская партия, составлявшая крайнее меньшинство, орудовала в Новгороде путем подкупов и террора, которые становились недейственными при одном приближении громадного войска великого князя. Чем ближе подступала к Новгороду великая рать московская, тем больше перебегало к ней новгородцев, обещавших служить великому князю верой и правдой.

Присоединение Новгорода к Москве не сопровождалось стремлением к разрушению его культурных ценностей. Уничтожая новгородскую независимость, москвичи не считали себя завоевателями, точно так же, как и представители московской партии в Новгороде не рассматривали себя как врагов родного города. Уничтожение новгородской независимости понималось не как завоевание, а как воссоединение исконных русских земель под державой «боговенчанного» монарха «всея Руси». Сознание значительности одного из старейших русских городов постоянно ощущается в отношениях Москвы к Новгороду. Москва широко использовала новгородские летописи, приглашала к себе новгородских иконников и каменщиков, подчеркивала славу и величие великого Новгорода, исконную зависимость его от московских великих князей, усматривая новгородскую измену лишь в «последних летех». Постепенно Москва обстраивала новыми стенами Новгородский Детинец (кремль), возвратила в Новгород Софийскую казну, увезенную было Иваном III, перепланировала город, расширяя улицы, упорядочила городскую жизнь, наконец всячески пользовалась книжными традициями и богатствами Новгорода.

В первой половине XVI в. в Новгороде наблюдалось возрождение организованной работы над летописью. В 1520 г. при архиепископе Макарии — будущем участнике «избранной рады» Грозного — здесь была составлена особая редакция Хронографа. В 1539 г. был создан новый свод новгородской летописи. При Макарии же в Новгороде составлялось грандиозное собрание житий русских святых, так называемые макарьевские Четьи-Минеи в 12 обширных томах. Стремясь найти в новгородском прошлом опору для нового порядка, Москва поддерживала культ представителя московской демократической партии в Новгороде — Михаила Клопского. Политическое значение этого культа видно хотя бы из того, что впервые в истории: древнерусской книжности составление нового жития этого святого было поручено светскому лицу — московскому чиновнику, сыну боярскому и «храброму воину» Василию Тучкову, который значительно усилил московский антипосаднический дух жития.

В течение всего XVI и XVII вв. в Новгороде осуществлялся целый ряд общерусских культурных предприятий. Москва поддерживала книжность Новгорода, и сам Новгород в целом придерживался общерусской позиции; однако кое-какие отголоски идей боярско-литовской партии в церковной трансформации (новгородская церковная организация менее всего пострадала при разгроме Новгорода), как, например, идея совершенной самостоятельности новгородской церкви (легенда о белом клобуке), идея превосходства «священства» над «царством» и т. д., еще долго сказывались и в новгородской книжности и в новгородской жизни на протяжении всего XVI и XVII вв.