Монастырское духовенство составляло особую проблему для папского управления. По различным причинам освобождения монастырских организаций от выплаты налога умножились. Ситуация развивалась со времен григорианской реформы в направлении прикрепления религиозных общин прямо к Святому Престолу: некоторые, например Клюни, прикреплялись в качестве организации, другие – как отдельные-религиозные братства.

Очевидно, что Александр продолжал эту политику. Папские уступки цистерцианцам, с которыми Александр имел тесные отношения, привели к фактически полному освобождению их от каких-либо выплат. Он также, напомним, поддерживал привилегированные позиции религиозно-военных орденов тамплиеров и госпитальеров. Частично, вследствие схизмы, определенные религиозные братства были подвергнуты дисциплинарному взысканию, например Клюни, в то время как Везёль и Сен-Жиль получили независимость. Очень многие папские письма рассматривали права отдельных религиозных братств в отношении таких вопросов, как собственность, доходы, выборные привилегии, и право получать рукоположение и другие епископские услуги от любого епископа (то есть не обязательно от местного епископа, исполняющего функции судьи). Следует, однако, добавить, что многие из этих прав были подтверждением решений, принятых до Александра, и не представляется, поэтому, справедливым утверждать, что он существенно увеличил количество освобожденных братств.

Однако политика освобождения монастырей от налогов вызвала сильное сопротивление со стороны белого духовенства. Потенциальные приходские доходы были уменьшены, а епископская власть урезана. Неудивительно поэтому, что частым явлением стали протесты со стороны белого духовенства, приведшие к новому обсуждению данного вопроса на Латеранском Соборе. Без сомнения, следуя руководству Александра, святые отцы не отменили старые привилегии, но монахам приказали ограничить свои свободы, предоставлять возмещение местным церквям, чьи доходы сокращались, не увеличивать неумеренно свои владения и пастбища. Соответственно, хотя Вильгельм Тирский красноречиво осуждал чрезмерные привилегии тамплиеров и госпитальеров, Собор, возможно, опять следуя взглядам Александра, просто утвердил наказания за злоупотребления, но не урезал монастырские привилегии. В десятом каноне было зафиксировано основное мнение Отцов Церкви о положении монастырских орденов; он урегулировал различные злоупотребления, ни одно из которых в действительности не носило исключительного или оригинального характера. Александр обычно отказывался принимать обращения против монастырского порядка, чтобы не подвергнуть власть аббата ослаблению.

Как и следует ожидать от бывшего профессора, который составил трактаты с инструкциями по каноническому праву и теологии, Александр был заинтересован в расширении образовательных возможностей, которые были бы доступны духовенству. Его правление пришлось на период – вторая половина XII века, – когда распространение школ привело к необходимости создания новых правил. В общем, такие правила были делом самих обучающихся и их преподавателей. Только потом папское вмешательство в данную область стало необходимым. Тем не менее Александр являлся частью этого движения на его ранних этапах и понимал некоторые из его проблем. Главный вклад Папы заключался в том, что он стремился предоставить большую власть уже созданным институтам и предотвратить злоупотребления.

Неизбежное соперничество между епископом, соборными канониками, коллегиальной церковью и монастырем в ряде случаев требовали вмешательства Папы. Хотя иногда делались исключения, Александр в целом был тверд, требуя, чтобы каждый из этих институтов обладал правом заниматься преподавательской деятельностью только в пределах своих собственных владений и не вторгаться на территорию других. Серия декреталиев рассматривала право на преподавание (licentia docendi). Обычно оно присуждалось кафедральной школе, например, специальным представителем, схоластиком или канцлером. Более того, никто не должен был преподавать, не получив лицензию. Александр также пытался установить закон который запрещал бы без должной причины отказывать квалифицированному человеку в лицензии. Он также настойчиво осуждал в некотором роде академическую симонию, посредством которой плата взималась за выдачу лицензии. Такова, например, была идея письма «Quanto gallicana» епископам Франции (1170-1172). Все эти меры предвосхитили канон XVIII, один из наиболее важных декретов Третьего Латеранского Собора. Здесь Отцы Церкви подчеркнули постановления Александра, провозглашая, что «некоторый подходящий доход должен быть предназначен в каждом кафедральном соборе для учителя, который обучит бесплатно клириков своей церкви». Они также настаивали на том, что «за разрешение преподавать никто не должен требовать плату или под предлогом обычая просить что-либо от тех, кто преподает; не следует также всякому, кто квалифицирован и ищет лицензию, отказывать в праве преподавать».

Александр также придерживался мнения, что те, кто был виновен в насилии против схоластиков, должны быть подвергнуты наказанию, и приказал, чтобы в то время, когда последние находились под юрисдикцией своего господина, они получали неприкосновенность от насильственных действий. Более того, никакой общий приговор отлучения от Церкви против схоластиков не мог быть введен в действие без разрешения папы. Он также подтвердил общие привилегии студентов на севере Италии (habita), первоначально изданные Фридрихом Барбароссой на съезде в Ронкалье в 1158 году. Если представлялся случай, Александр также искал возможности обеспечить отдельных клириков, которые желали продолжить свое образование.

Письма и инструкции Александра в отношении образования впечатляют. Представляется совершенно ясным, что они внесли свой вклад в рост академических сообществ. Нельзя, однако, заключить, что меры Александра были окончательными; они все-таки не создали новых институтов. Скорее папа помог и в некоторой степени отрегулировал образовательное движение, которое развивалось самостоятельно. Его декреты обеспечили законодательные прецеденты для его дальнейшего формирования и помогли закрепить тенденцию оказания помощи академическим институтам со стороны Папы.

В области теологии существовал один вопрос, который вызвал бурные дискуссии и требовал официального действия от Александра как от Папы. Будучи студентом и профессором, он следовал тому, что теологи описывали как почти признанную точку зрения на человеческую природу Христа, которая была предложена Пьером Абеляром и преподавалась Петром Ломбардским. Популярность данной интерпретации увеличилась, но встретилась со значительной оппозицией, что заставило Александра принять меры. Папа и Курия не были, однако, сначала расположены действовать поспешно.

В конце концов Папа, чье мнение по этому вопросу изменилось, начал полагать, что необходимо принять окончательные меры. В 1170 году он написал Вильгельму, архиепископу Санса и митрополиту Парижа, и епископам Тура, Реймса и Руана, инструктируя их противостоять «ошибочной доктрине Петра Ломбардского, бывшего епископа Парижского». И в 1177 году он официально осудил доктрину и кратко определил ортодоксальное учение. Несмотря на безотлагательные просьбы со стороны ряда Отцов Церкви, Третий Латеранский Собор не предпринял никаких дальнейших действий.

Административные меры папской монархии, которые, таким образом, были нами представлены, оказались в основном связанными с деятельностью клирикального владения или с отношениями между духовенством и мирянами. Но они также предложили некоторые усовершенствования для светского общества этого времени, которые заботили Александра и были подняты на Латеранском Соборе. Несмотря на успех в поддержании закона и порядка, разбойники оставались на свободе, а пираты плавали по морям. Особенно опасными стали кампании солдат, часто нанимавшихся в войска в качестве наемников и терроризировавших сельские местности; особенно от них страдала Франция. Эти routiers, предшественники «свободных кампаний» Столетней войны, были приравнены к еретикам по канону XXVII, принятому на Соборе. Собор предписывал, что все, кто храбро сражался против таких нарушителей мира, должны были получить такие же духовные награды (индульгенции), которые даровались крестоносцам. Отлучение от Церкви должно было стать наказанием для тех, кто совершал пиратские набеги против христиан, занимавшихся своим законным морским делом, или против тех, кто потерпел кораблекрушение. Канон XXI обновил принятые ранее постановления в отношении Мира Божьего и гарантий безопасности для всех священников, пилигримов, купцов и крестьян.