План действий Фридриха включал в себя ряд мер, направленных против Сицилии, союзника Папы, служившей препятствием на пути к покорению Италии. Для этой цели ему были нужны корабли, поэтому император вел переговоры с морскими республиками, Генуей и Пизой. Хотя оба города в конце концов уступили хитросплетениям из уступок и давления, их взаимное недоверие было усилено тем, что они отказались от участия в операции против Сицилии. Более того, императору вскоре пришлось иметь дело с новым поворотом в развитии ситуации, созданной отъездом Александра из Италии.
Еще до падения Милана стало очевидно, что захват Северной Италии императором представлял серьезную угрозу позициям Александра. После того как Папа провел первые годы своего понтификата близко к границам с Сицилией, он вернулся на короткое время в Рим летом 1161 года. Выборы сенаторов на некоторое время увеличили количество его сторонников. Хотя Рим не зарекомендовал себя стойким сторонником Александра, а феодальные восстания на юге границы только усиливали всеобщую тревогу и вызывали сомнения о возможности бегства в Сицилийское королевство. В связи с этим в начале осени Александр последовал совету своих друзей и снова оставил город. Кардинал Юлий из Палестрины остался в Риме в качестве представителя Папы, дабы показать всем и каждому, что Рим был оставлен Папой только под угрозой физического насилия и что он не отказался ни от одного из своих прав. К 30 сентября Александр со своими людьми прибыл на западное побережье. К декабрю, когда падение Милана стало неизбежным, он решил предпринять еще более серьезный шаг и совсем покинуть Италию.
Александр, вероятно, уже договорился с определенной частью французского духовенства о возможности своего бегства во Францию, и сам получил приглашение от короля. В любом случае, с флотилией, предоставленной королем Сицилии, и архиепископом Пизы, Папа и его свита высадились во Франции в самом конце 1161 или в начале 1162 года; некоторые из его кардиналов присоединились к нему позднее. Александра хорошо принимали во время его остановок по пути. Действительно, только одно неприятное происшествие во время этих путешествий произошло в Ливорно, порте Пизы. Несмотря на то что в папской свите находился архиепископ, пизанские консулы отказались разрешить вход в гавань. В Геную Папа приплыл 21 января. Пока не запуганные императором, граждане и архиепископ города оказали Александру великолепный прием и настаивали на том, чтобы он остановился в Генуе на некоторое время. Очевидно, успокоенный и удовлетворенный их радушием, Александр остался в Генуе на два месяца, и в течение этого времени ему удалось решить огромное количество рутинных папских вопросов. Одновременно с этим он предпринял попытку возобновить переговоры с императором через посредничество Эберхарда, архиепископа Зальцбургского. Письмо Папы к архиепископу начинается с выражений теплой признательности его стойких усилий в противоборстве со схизматиками. Содержание письма является прекрасным примером манеры обращения Александра со своенравным служителем Церкви.
«Сейчас, поскольку, как мы понимаем, ты был призван императором от имени Церкви и должен быть признан в своей должности в его присутствии, своим письмом мы обращаемся к твоему благоразумию и советуем и увещеваем тебя именем Господа побудить вышеназванного императора любым способом и убедить его вернуться к своему разуму, с пользой принять совет собственной души и вернуться к союзу с Католической Церковью. Тебе следует постараться убедить его не быть неблагодарным к милостям Божьим. Ввиду того, что как Божественная милость возвысила его сильно, так и он со все большей любовью должен лелеять свою искреннюю привязанность к супруге Христа, которую Он очистил и грехи которой искупил своей кровью. Иначе, пока он не будет прощен, он не может быть спасен; и если он не откажется от безнравственности схизмы и не припадет к груди Матери-Церкви, даже если он будет процветать в этом мире, он не сможет избежать вечного наказания затем. Как говорит Евангелие, какая польза человеку, если он приобретет весь мир, а душе своей повредит? (Матф. XVI, 26)? Даже если всех его богатств не перечесть и он проводит время в удовольствиях, они не принесут ему ничего; отрезанный от тела Христова, которым является Церковь, и от причастия, он отдан в огонь Ада и тьме, где кромешная ночь и нет дня, наказание без конца, неизбывная печаль и нескончаемое мучение.
Но если Всемогущий Бог, в Своей невыразимой благости, вдохновит в нем сердешное желание вернуться в лоно Матери-Церкви, нет ничего другого, чего мы бы желали более охотно и милостиво приветствовали. И его самого, как великого и могущественного господина, мы приложим все усилия, чтобы услышать с искренней милостью в Господе и почтить любым способом. Так как мы, желая всецело подражать словам Пророка (Псалом XV, 4), "…и не помяну имен их устами моими", твердо придерживаемся этой идеи и намерениям, что если он желает быть обращенным и оставаться верным Католической Церкви, то какой бы ущерб, нападки или вред ни были направлены против нас, мы прибегнем к забвению, как если бы он никогда не обижал нас или Божью Церковь».
Эберхард был действительно принят императором во время его триумфального вхождения в Милан 25 марта 1162 года. В радушном настроении, император принял архиепископа учтиво, но отказался от мысли оставить Виктора и признать Александра.
Падение Милана радикально изменило положение Александра. Поскольку Генуя сейчас оказалась под усилившимся Давлением императора, бегство по морю снова стало необходимым для Курии. Поэтому 25 марта 1162 года Папа и его свита вновь сели на генуэзские корабли. Плохая погода заставила ее сделать остановку на небольшом острове вблизи у побережья, где священники отметили Светлую седмицу и Пасху. 11 апреля флот приблизился к городу Магелону на французском побережье, который со времен Иннокентия II находился под особым патронажем Святого Престола.
Первые дни Александра на французской земле принесли ему сердечные заверения в лояльности и преданности от населения и духовенства. Поскольку Магелон был слишком мал для огромного количества духовенства и известнейших мирян, пришедших почтить папу, теперь открыто носящего свои официальные символы, ему пришлось отправиться в глубь страны в Монпелье. Там, пока сходились толпы, искавшие возможность прикоснуться к его одежде, Вильгельм, сеньор города, и граф Раймунд Сен-Жильский, сопровождаемые группой менее значительных магнатов и мусульманским князьком из Северной Африки, официально приветствовали Папу. При большом стечении народа в следующее воскресенье Александр читал проповедь, в которой он описал к удовольствию своей аудитории детали своего избрания и происхождение схизмы. В город продолжали прибывать посетители, что сделало возможным 17 мая созвать Собор, на котором присутствовало большое количество французских епископов. Виктор и его последователи снова были отлучены, но император не был подвергнут обвинениям. Одной из отличительных черт Собора стало проведение в его рамках обычных церковных решений. Как и в Генуе, Александр был тверд в своем стремлении не позволять кризису, каким бы серьезным он ни был, прервать регулярное управление Церковью.
В течение некоторого времени отношения Александра с королем Людовиком VII, который еще не отправил посланников приветствовать Папу, оставались неопределенными. Хотя благодаря мнению французского населения и решениям, принятым в Бове, король едва ли мог отказать Папе в убежище, да он и не желал ему отказывать, однако к тому факту, что император находился рядом с французской границей, необходимо было отнестись серьезно, поскольку летом 1162 года Фридрих оставил Италию и отправился в Бургундию, где он планировал созвать другой имперский Собор. Более того, в письме к Гуго из Суассона, французскому канцлеру, он еще раз подтвердил, что будет рассматривать защиту Александра как враждебный акт по отношению к себе.
Людовик всегда учитывал позицию Генриха II, короля Англии, чтобы принять свое решение. Действительно, Александру периодически становилось трудно заставлять двух королей придерживаться одного политического курса. В какие-то моменты Людовик чувствовал, что Папа отстаивал интересы английского короля. Кроме того, поведение папских легатов в Бове все еще тревожило французского короля. В результате один из них, Одо из Брешии, посоветовал Александру поговорить с Людовиком, обратясь к посредничеству французского духовенства, главным образом Генриха, брата короля, в то время уже избранного архиепископом Реймским. Королева также получила письмо, убеждающее ее усилить лояльность короля по отношению к Александру.
