Вторая половина XVI в. стала временем начала религиозных войн между католиками и протестантами, которые происходили как между различными странами, придерживающимися той или иной ветви христианства, так и внутри одной страны, примером чего стала Франция. В 1618–1648 гг. шла Тридцатилетняя война, противниками в которой выступали, с одной стороны, католические Австрия и Испания, с другой – Франция, в которой большинство населения являлось гугенотами (протестантами). Многочисленные германские княжества оказались по обе стороны баррикад, поскольку часть из них управлялась правителями-католиками (юг Германии), в то время как другая часть находился под управлением правителей-протестантов (север и запад Германии). Победителем в этой войне стала Франция, что окончательно закрепило в Европе свободу вероисповедания, на устранение которой римская католическая церковь, лишившись былого влияния, уже не могла претендовать. Вестфальский мир 1648 г., положивший начало эре религиозной терпимости, стал и вехой в истории папства, отделившей тот период, когда католическая церковь могла с полным основанием претендовать на власть практически над всем христианским миром, от той поры, когда подобные претензии могли восприниматься уже только как заоблачные мечтания.

Симптомом упадка католической церкви стало появление теории шведского епископа Корнелия Янсена, который утверждал, что в самой природе мира, созданного богом, содержится возможность спасения. Уже поэтому и папа римский, и орден иезуитов, поддерживающий претензии римской церкви на единоличное представительство Божественной воли на земле, являются ненужными. Эта точка зрения была осуждена папой Урбаном VIII в 1642 г., после чего ее представители стали преследоваться иезуитами, что не помешало многим видным кардиналам и членам папского двора в тайне придерживаться подобных взглядов.

Светские правители осуществляли давление на власть церкви сразу с двух противоположных позиций – абсолютизма и Просвещения. Абсолютизм в лице французского короля Людовика XIV (1643–1715) существенно ограничил и без того ущемленную власть папы римского на территории Франции, введя в 1682 г. Синод, ведавший церковными делами от имени монарха. В результате войны за испанское наследство (1700–1714) папство утратило власть и над Испанией, которая испокон веков считалась олицетворением католического духа. Испанское правительство, обидевшись на поддержку папой французского претендента на испанский престол, в два раза сократило ежегодную плату, отправляемую Испанией в Рим.

Идеал просвещенного монарха, сформированный в первой половине XVIII в. французскими учеными и философами (Вольтер, Дидро, Д'Аламбер), стал популярен во многих странах Европы (к числу просвещенных правителей относила себя и русская императрица Екатерина II), что не замедлило сказаться и на отношениях этих стран с римской католической церковью. Даже Португалия – еще один извечный союзник папского престола в борьбе с протестантами и еретиками – оказалась под воздействием этого идеала, который воплотил в своей деятельности премьер-министр Себастьян Ломбаль (1699–1782), оказывавший значительное влияние на слабого португальского монарха Хуана V (1706–1750). Все свое влияние направил Ломбаль на искоренение в Португалии власти ордена иезуитов, глава которого превосходил своей властью даже португальского примаса (первосвященника). Несмотря на активное противодействие членов ордена, папа Бенедикт XIV решил выяснить соответствие истинного положения дел в Португалии тому описанию, которое предоставил в его распоряжение Ломбаль, и поэтому послал свою комиссию, которая подтвердила все обвинения Ломбаля в адрес иезуитов. Результатом этого стало запрещение деятельности ордена иезуитов на территории Португалии, а в 1773 г. он был запрещен и в Риме (правда, в 1814 г. он был восстановлен, но уже в качестве монашеского, а не надзирающего органа).

Следующий удар римской католической церкви был нанесен Великой французской революцией, которая свергла и казнила короля Людовика XVI (1774–1789), а папа Пий VI отслужил по нему молебен. В 1790 г. новым революционным правительством был принят декрет о национализации церкви и назначении епископов светскими властями, который подорвал как духовный авторитет папской власти, так и ее экономическое могущество (католическая церковь владела 10 % земель на территории Франции). Но этим не исчерпывалось унижение папского престола: в 1799 г. французский генерал Бертье захватил в плен папу Пия VI, чего престарелый первосвященник уже перенести не смог и умер вскоре после освобождения. Следующий понтифик – Пий VII оказался более лояльным по отношению к французскому императору, поэтому подписанный им и Наполеоном в 1801 г. так называемый Французский конкордат позволил сохранить независимость католической церкви и отстоять ее позиции во Франции. В обмен на это Пий VII был вынужден согласиться на помазание Наполеона Бонапарта в императоры, что официально было оформлено в 1804 г., причем первая часть коронования (собственно помазание) была осуществлена папой римским, а вторую часть (торжественное одевание короны) Наполеон совершил сам, продемонстрировав в очередной раз слабость и зависимость папской власти. К сожалению, компромисс оказался временным: нежелание духовного владыки католического мира потворствовать завоевательным планам французского императора (Пий отказался развести Наполеона с его первой женой Жозефиной, из-за чего тот не смог вступить в брак с дочерью австрийского императора Марией-Луизой, что значительно усилило бы его политическое влияние в Европе) привело к печальным для Рима результатам. Папская область, включающая в себя центральную часть Италии, была присоединена в 1809 г. к Французской империи, возглавляемой Наполеоном Бонапартом.

Перелом во взаимоотношениях светской и духовной власти произошел в 1814 г., когда император, ослабленный неудачами в боевых действиях, был вынужден пойти на уступки папе римскому – восстановить независимость Папской области, результатом чего стало возобновление деятельности ордена иезуитов и появление запрета на вступление католиков в масонские ложи. Папство сумело оправиться после периода тяжелых испытаний, хотя и потеряло часть своей территории, которая отошла по результатам Венского мира 1815 г. кАвстрии, но зато развернуло активную миссионерскую деятельность, особенно в Южной Америке и Северной Африке.

Особо бурный всплеск деятельности по реформированию римско-католической церкви оказался связан с понтификатом Пия VIII (1846–1878), который энергично принялся за изменение и приведение в надлежащий по его мнению порядок догматических и административных устоев церкви. Административная сторона проводимых им преобразований заключалась в налоговой амнистии и упрощении церковной иерархии. Миссионерская деятельность римско-католической церкви также постепенно стала давать свои результаты, причем как в Новом, так и в Старом свете. После долгих лет неприятия папе римскому удалось восстановить католическую епархию в Великобритании, где местным главой католической церкви в 1850 г. был провозглашен архиепископ Вестминстерский. В 1848 г. в Голландии был принят законопроект, разрешающий в этой стране деятельность католических священников, примасом Голландии был провозглашен архиепископ Утрехтский. В 1875 г. впервые произошло назначение в папскую курию кардинала, призванного представлять интересы католиков, проживающих на территории Соединенных Штатов Америки, что явилось значительным прогрессом, поскольку в этой стране традиционного господствовало протестантское вероисповедание.

С догматической стороной католического богослужения дело обстояло гораздо сложнее. Еще в самом начале своего понтификата Пий VIII обратился к католическим богословам с вопросом относительно непорочности Девы Марии. Получив благожелательный ответ, он сумел организовать в 1854 г. собрание епископов, на котором это положение приобрело статус догмата. Другим утверждением, которое папа римский также стремился возвести в статус догмата, являлось положение о непогрешимости лично папы римского (догмат о непогрешимости христианской церкви в целом был разработан еще во II в.). Несмотря на резкие возражение со стороны многих теологов и историков церкви (например, немецкого историка Делленгера), которые указывали на то, что этот догмат не имеет ни исторического, ни теологического обоснования, Пий VIII собрал в 1869–1870 гг. I Ватиканский собор, призванный решить вопрос о признании догмата о непогрешимости на официальном уровне. Собравшиеся на Ватиканский собор со всех концов христианского мира католические епископы не пришли к однозначному мнению относительно предложенного догмата. Выдвинутый на голосование догмат о непогрешимости папы все-таки набрал большинство голосов, хотя целый ряд епископов покинул собор еще до его официального завершения, поскольку они не были согласны с предлагаемыми решениями.