После первого удара судовой экипаж был поднят по аварийному расписанию. Лапшин же, желая отойти от камня, наконец-то, дал команду в машину «полный назад». Однако машина отказалась повиноваться, так как одна из лопастей винта погнулась при ударе.
Посланные капитаном старпом и матросы установили, что пробоина находится в начале трюма № 2 и решили подвести на нее пластырь. Однако девятибальный ветер продолжал нести судно и через несколько минут оно налетело на гряду камней недалеко от японского берега. Ударившись на этот раз правой стороной, корабль получил дополнительно еще 6 пробоин и две вмятины и, накренившись уже на правый борт, начал дрейфовать к берегу с креном в 30–35 градусов, который все время увеличивался.
После первого удара капитан Лапшин приказал радисту подать сигнал «SOS». Поскольку точные координаты судна были неизвестны, в эфир полетела радиограмма: «Индигирка» села на «Камень опасности». Ответы на сигнал получить не удалось, так как от внезапного удара волны в приемнике вышла из строя лампа.
Капитан в это время сообщил радисту, что «Индигирка», по-видимому, налетела на мыс Сойя Мисаки. Заменив лампу, радист Николай Рысовец вторично передал сигнал бедствия с просьбой отвечать на волне 48 метров. На это последовал ответ парохода «Маныч», о том, что сигнал принят.
По личной инициативе Ресовец в третий раз передал сигнал «SOS» с просьбой отвечать на волне 600 метров. На этот раз последовал ответ с парохода «Ильич», японской береговой станции и неустановленного японского судна. После того, как от ударов волн аварийная динамомашина вышла из строя, связь полностью прекратилась.
Героических усилий стоило старшему механику Гавриилу Овчинникову, чтобы стравить пар из котла и тем самым предотвратить его взрыв.
Крен судна в это время увеличился настолько, что базочная палуба стала заходить в воду. Примерно в 3.15 была спущена на воду шлюпка правого борта. В момент, когда Лапшин отдал команду спускать шлюпку, второй помощник Песковский в сердцах бросил фразу: «Все равно расстреляют!» Однако вскоре шлюпку оторвало волной и понесло к берегу вместе с оказавшимися в ней 10 человеками. Но на половине пути шлюпка перевернулась и до берега живыми добрались лишь пятеро, в том числе и начальник конвоя Иван Копичинский.
Очередной мощной волной сбило трубу, рулевую и радиорубку, унеся их в море. На палубе стало невозможно держаться. Та же волна смыла за борт несколько человек пассажиров и команды.
Тут же очередная девятибальная волна перебросила «Индигирку» через гряду и через 25–30 минут после первого удара, она окончательно легла на грунт правым бортом на расстоянии 500–600 метров от берега острова Хоккайдо, невдалеке от японской деревни.
В момент аварии капитан Лапшин и команда судна, за исключением старпома Крищенко и боцмана Пасечника, практически не приняла никаких мер для спасения людей. «При гибели парохода, — рассказывал один из очевидцев Лев Слободской, — никто из команды корабля не предупредил пассажиров о необходимости выхода из трюмов. Имевшиеся на судне несколько спасательных поясов были разобраны командой».
Пассажиры, охваченные паникой, при отсутствии каких-либо спасательных приспособлений, бросились из трюмов на палубу. Мечась по палубе, при быстром появлении крена, многие из них, вследствие ударов волн, падали в воду и тонули. «Спасали лишь двумя спасательными кругами, — вспоминал еще один уцелевший свидетель Николай Кияткин, — которые до конца веревки бросались плавающим людям, находившимся близко от борта. Однако, большинство из них, побывав продолжительное время в холодной воде, срывались с кругов и гибли на глазах у всех. Многие, плавая на расстоянии 10–20 метров от судна, взывали о помощи, которую они не получали и погибали».
Те же из пассажиров, кто, словно в консервной банке, оказался в полузатопленных трюмах, подверглись жестокому испытанию на выживаемость. О том с каким отчаянием боролись люди за свою жизнь, рассказывал уже после трагедии чудом спасшийся и оставшийся инвалидом Константин Пащенко: «Я находился в носовой части парохода в трюме № 2. После первого удара я хотел подняться наверх, но вошедшие в трюм матросы, начали успокаивать и просили не создавать паники. Я им поверил и не стал стремиться на палубу, считая, что пробоину можно заделать и ничего не случится. Но пароход продолжал крениться. Среди пассажиров началась паника, и все бросились к выходам. От тяжести людей наспех сколоченные лестницы, ведущие из трюмов наверх, обломились и пассажиры остались внизу. Путь на палубу им был отрезан. Когда пароход лег на бок, вода залила как раз полтрюма. Люди не могли долго держаться на воде и тонули, поскольку какой-либо помощи не оказалось. Часть пассажиров, успевших ухватиться за стенки, не могли на них долго держаться и падали в воду. Кого-то с силой било об стену от мощных ударов морских волн по корпусу судна.
Первое время я забрался на стенку между 1 и 2 трюмами. У меня было два ремня, которыми я укрепился на стенке. Один из них я зацепил за крюк, который был приварен к борту судна, второй привязал к первому и одной ногой стоял в петле, а второй упирался о стенку. Таким образом я просидел двое суток. После этого мы подвесили одну половину ворот на ремнях и остальное время сидели на ней до спасения японцами».
Почти четверо суток судьба испытывала на прочность заложников, оказавшихся в железной западне. Выдержать такое довелось лишь немногим. По свидетельствам очевидцев, некоторые падали в воду во время сна, некоторые от бессилия. Нередкими были случаи самоубийств, когда отчаявшиеся дождаться спасения люди сами прыгали в воду и тонули, вскрывали себе вены или разбивали головы о борт.
Два неприятных инцидента произошли с находящимися на борту заключенными. Когда пароход начал крениться и из трюма № 1 ринулись на палубу подследственные заключенные, обескураженный и растерявшийся конвоир, не проинструктированный о том, как следует вести себя в случае аварии корабля, открыл по ним огонь, усилив и без того уже начавшуюся панику. Находясь в состоянии аффекта он застрелил троих человек, а затем застрелился сам.
Чуть позже, когда судно перестало погружаться в воду, находившиеся среди бывших заключенных уголовники, устроили на корабле грабеж, отбирая у остальных пассажиров вещи, деньги, облигации и другие ценности.
Оставшиеся в живых люди встретили рассвет 12 декабря, сгрудившись на борту лежащего на боку судна. В незатопленных каютах разместили детей, здесь же по очереди обогревались взрослые.
Лишь спустя полутора суток, на сигнал «SOS», к месту гибели «Индигирки» подошел японский пароход «Карафуто-мару» и подобрал терпящих бедствие советских людей. Оставшимся в двух (1 и 4) полузатопленных трюмах примерно 50–60 несчастным пришлось ждать своего спасения еще двое суток до 16 декабря, когда с помощью автогенов японцам удалось прорезать в борту отверстия. Однако, к тому времени живых людей удалось вытащить лишь 26 человек, причем один из них вскоре умер на берегу. Трюм № 4 вскрывать так и не стали. При проведении спасательных работ 16 декабря ни представители советского полпредства, ни члены командования «Индигирки», на судно допущены не были.
Столь позднее спасение японцы впоследствии объясняли тем, что им якобы не было известно о людях, оставшихся в трюмах, а также штормовой погодой. При этом капитан Лапшин, зная, что в трюмах еще остались живые, все же покинул «Индигирку» еще 13 декабря вместе с остальными спасенными. Данное обстоятельство впоследствии будет фигурировать в его уголовном деле как одно из главных обвинений.
Один из чудом оставшихся в живых, Дмитрий Билык, вспоминал: «До момента спасения нас японцами, вместе со мной в трюме было 7 человек, но японцы вытащили нас только четверых, а трое остались внутри, хотя я говорил им об оставшихся. Почему их не вытащили, я не знаю. Извлекали нас из трюмов следующим образом: в борту прорезали автогеном отверстие и подавали веревку с петлей, в которую мы садились и нас тянули наверх. Сами японцы в трюмы не спускались». От длительного пребывания в холодном трюме, заполненном ледяной декабрьской водой, у Билыка оказались обморожены ступни, которые позже пришлось ампутировать. Инвалидами стали и другие.
