Посадка людей на борт парохода происходила в ночь с 7 на 8 декабря и отличалась крайней неорганизованностью. Пассажиры спускались в трюмы по наспех сбитым из горбылей шатким трапам, которые не были приспособлены для срочной эвакуации при возникновении аварийной ситуации. Пятью днями позже это обстоятельство сыграло не последнюю роль в массовой гибели людей.
Всего на борт «Индигирки» ориентировочно было принято 1134 человека, большинство которых (около 900 человек) составляли отбывшие свой срок заключенные Севвостлага, главным образом уголовники. Помимо них в четырех трюмах корабля разместились 182 работника Дальрыбопродукта, 11 работников Дальстроя, 2 сотрудника Главсевморпути, 49 подследственных заключенных, сопровождаемых вооруженным конвоем, состоящим из 11 охранников. Из общего числа оказавшихся на борту людей, было 56 женщин и 26 детей. Команда судна состояла из 41 моряка. Точного количества взятых на борт бывших заключенных не знал никто, поскольку билетов им не выдавалось и каких-либо списков не составлялось.
Капитан «Индигирки», уроженец Москвы, пятидесятичетырехлетний Николай Лаврентьевич Лапшин считался достаточно опытным и способным моряком. Благодаря собственному таланту и трудолюбию он, будучи выходцем из бедной рабочей семьи, еще до революции смог закончить училище дальнего плавания, а чуть позже, уже в годы мировой войны, школу прапорщиков Флота, после чего служил на Балтике на миноносце «Бесшумный» в должности штурмана. В 1919–1921 годах Лапшин находился на административной работе в Петрограде. Вскоре он возвратился к практике судовождения, став капитаном парохода «Карл Либкнехт». Совершая частые рейсы на судах загранплавания в конце 20-х — начале 30-х годов с ним случилось несколько скандальных историй, связанных с попытками провоза некоторыми членами команды судна контрабанды. А в 1933 году против Лапшина было возбуждено уголовное дело по подозрению в участии в контрреволюционной офицерской организации. Однако в итоге дело прекратили за недоказанностью. Все эти обстоятельства, видимо, и послужили причиной его отвода от загранплавания и перевода из престижного Ленинграда в далекий порт Нагаево на обычные каботажные рейсы.
Доставшийся Лапшину грузовой пароход «Индигирка» был судном, можно сказать, среднего возраста. Его построили в 1920 году на верфях США. Он имел стальной корпус, две палубы и две мачты, паровую машину модностью в 1500 лошадиных сил. Длина корабля составляла 77, а ширина 13 метров. Для размещения груза имелись четыре трюма глубиной 6 метров. Общее водоизмещение составляло 2690 тонн.
В августе 1938 года «Индигирку» осматривала Дальневосточная инспекция Регистра СССР, которая признала судно годным для океанского плавания до 1 января 1940 года, с запрещением плавания во льдах.
Из спасательных средств на почти 1200 пассажиров и команду имелось лишь две шлюпки вместимостью по 40 человек каждая, 12 спасательных кругов и 41 спасательный жилет по числу членов команды.
Все пассажиры были размещены в неприспособленных для перевозки людей трюмах, без нар, на голом полу, в совершенно антисанитарном состоянии, среди грязи, сырости, при зловонном, спертом воздухе. Врач и даже элементарные аптечки отсутствовали. В таком жутком состоянии людям предстояло провести целую неделю пути до Владивостока. Исключение составляли лишь те немногие, кто, заплатив требуемые 300 рублей, разместились в каютах некоторых матросов.
Сам факт выхода в море парохода «Индигирка» с пассажирами на борту являлся грубейшим нарушением правил торгового мореплавания, поскольку он был исключительно грузовым судном. А в условиях поздней осени, когда плавание, как правило, всегда сопряжено с непогодой, это было преступно вдвойне. Начальник порта Нагаево Смирнов, в силу своих должностных полномочий осуществлявший надзор за безопасностью мореплавания, мог воспрепятствовать выходу судна, однако не сделал этого, как, впрочем; и сам капитан Лапшин. Ни тот, ни другой, не сделали также ничего для оснащения «Индигирки» всеми необходимыми спасательными средствами, понадеявшись, как всегда, на наше русское «авось пронесет». Ведь они прекрасно понимали, что чисто пассажирских пароходов в распоряжении Дальстроя просто нет, как нет и такого количества спасательных средств. Ко всему этому следует добавить, что Лапшин, выходя в рейс, не имел метеорологических данных и получил их только в море.
В таком состоянии пароход «Индигирка» в 10 часов утра 6 декабря 1939 года покинул порт Нагаево и направился во Владивосток, причем до выхода на чистую воду в течение трех часов он своим ходом пробирался через прибрежные льды.
В пути с 8 по 12 декабря дул северный ветер силой до 9 баллов, а состояние моря оценивалось в 7 баллов. Временами начиналась пурга, а видимость колебалась от 0 до 10 миль. В таких условиях судно могло поддерживать скорость 9 миль в час, а при попутном ветре и более.
11 декабря 1939 года в 19 часов 15 минут был замечен свет маяка на мысе Анива, по которому было сделано последнее определение местонахождения судна. Капитан Лапшин и находившийся в этот момент на вахте старпом Тимофей Кришенко определили, что судно находится примерно в 3–6 милях южнее мыса Анива. Исходя из этого Лапшин проложил на карте курс корабля. Несмотря на то, что северо-восточный ветер силой до 9 баллов дул прямо в правый борт, поправок на дрейф судна влево внесено не было.
Сделанная прокладка для прохода пролива Лаперуза показалась сомнительной старпому, который заявил капитану, что этим курсом они пройти не смогут, однако Лапшин убедил его в правильности выбранного курса. «Капитан Лапшин заявил мне, — рассказывал уже после катастрофы Кришенко, — что курс им проложен с учетом видимости маяка на мысе Сойя Мисаки. На мое замечание, что при плохой погоде никаких огней маяка мы не увидим, он ответил, что пройдя 45 миль этим курсом и не увидев, вследствие слабой видимости, огней, ляжем курсом на север с расчетом пройти в залив Анива и отстояться на подходящей глубине до утра, а пролив Лаперуза пройти утром».
С 20 до 0 часов 11 декабря вахту стоял сам капитан, а с 0 часов 12 декабря на вахту заступил его второй помощник Виктор Песковский, который в 1 час 20 минут увидел справа по курсу огонь маяка на мысе Сойя Мисаки, о чем сразу же доложил находящемуся на мостике Лапшину и предложил сделать поворот вправо. Капитан в свою очередь начал убеждать вахтенного помощника, что мыс Сойя Мисаки они видеть не могут, но все же сначала отдал команду «право на борт». Однако, судно, вследствие сильного бокового ветра, не смогло сделать поворот, и Лапшину пришлось дать команду «лево на борт». Не будучи уверенными в увиденном маяке, ни капитан, ни второй помощник не приняли мер для точного определения координат «Индигирки». Они лишь по секундомеру проверили характер огня маяка, который был ими определен как маяк «Камень Опасности». Каких-либо других навигационных технических средств для точного определения местонахождения корабля, имевшихся в распоряжении капитана, использовано не было.
Перепутав маяк на мысе Сойя Мисаки с маяком «Камень Опасности» и считая себя в 3-х милях южнее последнего, в 1 час 30 минут Лапшин и Песковский сделали поворот на юг и пройди, с учетом попутного ветра, за 20 минут около 6 миль.
Выйдя из сектора работы маяка Сойя Мисаки и по-прежнему считая его «Камнем Опасности», капитан дал команду «право на борт», и в 1 час 50 минут «Индигирка» легла на компасный курс 282 градуса, т. е. двинулась прямо на берег острова Хоккайдо.
В 2 часа 15 минут сквозь поредевшую пургу, слева по курсу, вахтенным помощником Песковским был замечен берег, о чем он сообщил капитану. Лапшин, хотя и заявил, что берега в этом районе быть не может, все же начал маневрировать судном. В этот момент им и была допущена главная оплошность: вместо того, чтобы дать полный ход назад, он начал «рыскать на курсе», поворачивая то влево, то вправо. В результате «Индигирка», подгоняемая боковым ветром, примерно в 2 часа 20 минут, ударилась левым бортом о камень Тодо у побережья острова Хоккайдо и получила пробоину, что быстро дало крен в 15 градусов по левому борту.
