После отставки, по свидетельству ветеранов прокуратуры, Сафонов стал совершенно иным человеком. Вел себя очень демократично, был прост в общении, не кичился своей прежней должностью. Иногда он рассказывал интересные эпизоды из своей жизни.

В те годы, когда Г. Н. Сафонов руководил органами прокуратуры, в стране раскручивался последний виток репрессий, вершиной которого стали известные «ленинградское дело» и незавершенное «дело врачей». Властями был нанесен также удар по органам государственной безопасности и прокуратуры.

О репрессиях конца 1940 — начала 1950 годов написано немало: выходили статьи, монографии, книги, мемуары и другая литература. Поэтому, не вдаваясь в подробное исследование этой проблемы, нам хотелось бы остановиться только на том, как объяснял причины творившегося в стране беззакония, роль в этом деле органов госбезопасности и прокуратуры тот, кто по своему должностному положению должен был бы стать надежной преградой на пути произвола. В личном деле Сафонова на этот счет есть немало документов.

В одном из своих объяснений он писал:

«Массовым извращениям в деятельности органов государственной безопасности на протяжении столь длительного периода времени способствовал тот факт, что МГБ (МВД) было поставлено в ненормальное положение в системе государственных органов.

При всем чрезвычайно важном значении функции охраны безопасности государства, не следовало допускать столь большой концентрации власти в одном государственном органе, что позволило ему фактически почти совсем уйти от контроля.

Был создан государственный орган, который имел мощный аппарат для наблюдения с разветвленной, всюду проникающей сетью сотрудников и агентов; свою армию (войска МГБ); свой суд (особое совещание); свои места заключения (внутренние тюрьмы и особые лагеря) и зависимую от него систему прокуратуры и трибуналов войск МВД. Именно этой прокуратуре и этим трибуналам была по положению поднадзорна и подсудна основная часть дел, расследуемых МГБ… Органам государственной безопасности был создан непомерный авторитет, отнюдь не оправданный их работой».

В своих объяснениях в КПК при ЦК КПСС Г. Н. Сафонов признавал, что «состояние прокурорского надзора за следствием в органах МГБ — МВД было неудовлетворительным. Прокурорский надзор не обеспечивал строгого соблюдения законности и вследствие этого имели место факты необоснованного привлечения органами государственной безопасности граждан к уголовной ответственности и другие серьезные нарушения советских законов… Некоторые прокуроры безответственно относились к санкциям на арест, не осуществляли должного надзора в ходе следствия, мирились с возмутительными фактами волокиты по расследуемым в органах МГБ делам».

Сафонов признавал, что с его стороны было явно недостаточное реагирование на серьезные недостатки в работе, а иногда и беспринципность при осуществлении надзора за следствием в МГБ. «Я ограничился изданием нескольких приказов о наказании виновных работников, периодическими проверками работы и проведением отдельных совещаний, — писал Г. Н. Сафонов. — Видя порочность самой организации надзора, я крайне затянул разрешение этого вопроса…»

Г. Н. Сафонов назвал и объективные причины слабого прокурорского надзора за следствием в органах государственной безопасности. «Я и мои предшественники, при осуществлении надзора за следствием в органах госбезопасности, были поставлены в очень тяжелые условия. Специальными указаниями этот надзор был в значительной мере парализован. Поэтому и приходилось впоследствии восстанавливать предусмотренные законом надзорные права прокуроров».

Осенью 1952 года в ЦК партии стали поступать, видимо сработанные не без участия Берии, материалы, компрометирующие Генерального прокурора Союза ССР Г. Н. Сафонова. Среди них были и письма прокурорских работников: из Ленинграда, от военных прокуроров и др. Они касались якобы неправильного поведения руководителей Прокуратуры СССР и лично Сафонова, а также серьезных нарушений в осуществлении надзора за соблюдением законности при расследовании дел органами Министерства государственной безопасности СССР.

Секретариат ЦК КПСС принял решение провести по всем этим материалам соответствующую проверку. В октябре 1952 года результаты проверки были доложены Шкирятову, а им — секретарю ЦК Г. М. Маленкову. Выводы комиссии были чрезвычайно жесткими и не сулили ничего хорошего Генеральному прокурору СССР. В них отмечалось, что Г. Н. Сафонов «недобросовестно относится к своему государственному долгу и неудовлетворительно осуществляет возложенный на него Конституцией СССР высший надзор за точным исполнением законов в стране». В справке, в нескольких разделах, подробно и обстоятельно излагались так называемые факты. В заключении утверждалось, что Г. Н. Сафонов «работает без напряжения, от работников аппарата оторван, за период пребывания на посту Генерального прокурора СССР он не выступил в качестве государственного обвинителя ни в одном судебном процессе и ни разу не выезжал на проверку работы в подчиненные ему прокуратуры. При рассмотрении в ЦК партии вопроса о борьбе с многочисленными фактами необоснованного предания граждан суду он оказался неспособным разобраться в этом деле и дать свои предложения по устранению этих фактов грубого нарушения законов».

Авторы делали вывод: «В связи с фактами антигосударственного отношения т. Сафонова к порученному делу считаем, что он не может оставаться на посту Генерального прокурора СССР, как не оправдавший оказанного ему доверия, и заслуживает строгого партийного взыскания».

Однако сразу после проверки ход этому документу не дали. В апреле 1953 года Г. Н. Сафонов был лишь вызван в КПК при ЦК КПСС, где с ним провел беседу Шаталин. Последний (по всей видимости, с одобрения ЦК), указав Сафонову на ошибки, сказал, что никакого решения приниматься не будет. Сафонов продолжал еще в течение более двух месяцев выполнять свои обязанности.

30 июня 1953 года Г. Н. Сафонов был освобожден от должности Генерального прокурора Союза ССР. Основанием для этого послужили серьезные просчеты в надзоре за следствием в органах госбезопасности. В своем объяснении он честно признавался, что в период его работы действительно были допущены серьезные недостатки, и что их было значительно больше, чем приводится в записке отдела ЦК КПСС. Снятие с работы он рассматривал как «серьезное, но справедливое наказание» и тяжело переживал его. В соответствии с постановлением Президиума ЦК партии, он был оставлен в так называемой номенклатуре ЦК, то есть мог рассчитывать на соответствующую должность. Лично Г. М. Маленков заявил на заседании Президиума, что ему будет предоставлена работа в прокуратуре, органах юстиции или другом государственном органе.

После сдачи дел новому Генеральному прокурору Союза ССР Р. А. Руденко Григорий Николаевич ушел в отпуск на полтора месяца, так как не отдыхал несколько лет. После отпуска он обратился в административный отдел ЦК с просьбой направить его на работу. Ему была предложена должность председателя областного суда в одном из регионов РСФСР. Не возражая в принципе против этого, Сафонов попросил предоставить ему аналогичную работу в Москве. Через весьма продолжительный период времени в административном отделе ему сообщили, что его кандидатура рассматривается на должность заместителя Председателя Верховного суда РСФСР или члена Верховного суда СССР. Григорий Николаевич согласился с этими предложениями. Однако никаких вестей из ЦК партии долгое время не было. Наконец Сафонова пригласил на беседу Председатель Верховного суда РСФСР. Он заполнил анкеты, написал автобиографию, и вновь потянулись томительные дни ожидания. Ему сказали, что все материалы отослали в ЦК КПСС на утверждение. Однако вместо назначения на должность его опять вызвали в КПК при ЦК КПСС для дачи объяснений по фактам, которые уже были предметом рассмотрения Президиума ЦК КПСС. Здесь он узнал, что в январе 1954 года административный отдел подготовил записку о привлечении его к партийной ответственности. Секретариат ЦК КПСС 9 февраля 1954 года поручил Комиссии партийного контроля рассмотреть материалы и внести свои предложения. Г. Н. Сафонову пришлось вновь писать многочисленные объяснения.