А. А. Макарову как бывшему прокурору было довольно сложно срабатываться со своими подчиненными. На многие вопросы он смотрел с точки зрения законности, а это не всем нравилось. Обладая неплохими ораторскими способностями, Макаров часто поднимался на думскую трибуну, чтобы отстоять тот или иной законопроект, разработанный министерством внутренних дел, ответить на запросы депутатов, дать справку по расследуемым уголовным делам или разъяснения по сложным вопросам внутренней жизни империи. По словам В. Н. Коковцова, сменившего на посту председателя Совета Министров Столыпина, выступления Макарова в Государственной думе, причем по делам «крайне щекотливого свойства, отличались всегда большим тактом, эрудицией и определенностью и снискали ему то уважение, без которого участие в работе законодательных учреждений для представителя правительственной власти просто невозможно».
Товарищем министра внутренних дел А. А. Макаров служил до января 1909 года, получив чин тайного советника и одновременно став Сенатором. 1 января 1909 года он был назначен Государственным секретарем, что для него было «весьма неприятно». 17 января 1909 года А. А. Макаров, без освобождения от своих основных обязанностей, был утвержден членом Алекссеевского главного комитета по призрению детей лиц, погибших в войне с Японией. За служебное рвение он был удостоен новых наград: ордена Св. Владимира 2-й степени, золотого нагрудного знака в память столетнего юбилея Государственной канцелярии и, как жест особой милости, — ему был пожалован фотографический снимок Их Императорских Величеств вместе с наследником.
В сентябре 1911 года от руки террориста погиб председатель Совета министров и министр внутренних дел П. А. Столыпин. Император Николай II перед своим отъездом из Киева предложил пост председателя Совета Министров Владимиру Николаевичу Коковцову. Министром внутренних дел стал А. А. Макаров. С января 1912 года он одновременно являлся и членом Государственного совета.
В первых числах апреля произошло трагическое событие на приисках Ленского золотопромышленного товарищества — колонна рабочих организованно направилась к администрации, чтобы вручить прошение прокурору, но была расстреляна. Ленская трагедия всколыхнула всю страну. В Петербурге началась стачка протеста, которая затем перекинулась и на другие губернии.
6 апреля Макаров, находившийся на отдыхе, получил срочную телеграмму об этом событии от своего заместителя И. М. Золотарева и немедленно выехал в Петербург. Он прибыл в столицу 9 апреля, когда страсти кипели вовсю. Левые партии в Государственной думе внесли запрос правительству, требуя разъяснения создавшегося положения. Александру Александровичу, только что прибывшему из Крыма и не успевшему полностью войти в курс дела, пришлось выступать в Государственной думе. Он произнес речь, концовка которой всех ошеломила. Он сказал о расстреле рабочих: «Так было, и так будет впредь».
Впоследствии, на допросе в Чрезвычайной следственной комиссии, А. А. Макаров сказал, что теперь он не «защищает своей речи», произнесенной в Государственной думе, так как он «был односторонен, был самонадеян, был вследствие этого ложен в своей речи».
Объясняя причину появления знаменитой фразы, произведшей такой резонанс, А. А. Макаров сказал: «Я никогда своих речей не писал, а намечал себе что-нибудь в уме. Так что это вышло у меня совершенно случайно. С другой стороны, это было сказано не в том смысле, — отнюдь не в общем. Впоследствии придали этой несчастной фразе слишком, по-моему, распространительное толкование. А касалась она того, что если на маленькую воинскую часть, которой поставлена задача охранять порядок, наступает громадная толпа в несколько тысяч человек, то она находится в таком положении, что может быть этой толпой смята, и ей приходится стрелять. Вот смысл».
Однако этих слов Макарову не простили. С. В. Завадский писал, что после Февральской революции он был арестован, конечно, не за одни слова, а за все свое прошлое в совокупности, но не освободил его А. Ф. Керенский только за эту злополучную фразу.
А. А. Макаров был освобожден от должности министра внутренних дел 16 декабря 1912 года, с изъявлением ему высочайшей благодарности.
В течение нескольких лет он оставался лишь членом Государственного совета, примкнув там к правой группе, а также присутствующим в Правительствующем сенате. Новый и последний взлет карьеры А. А. Макарова пришелся на лето 1916 года. 7 июля император подписал указ, который гласил: «Члену Государственного совета, Сенатору, тайному советнику Макарову Всемилостивейше повелеваем быть Министром юстиции, с оставлением членом Государственного совета и Сенатором».
Столь высокое назначение А. А. Макаров получил в то время, когда самодержавный трон раскачивался с удвоенной силой и вот-вот готов был рухнуть, погребя под своими обломками почти всех, кто находился рядом с ним. До крушения царизма оставалось немногим более семи месяцев. Макаров сумел продержаться в генерал-прокурорской должности только пять.
Император Николай II, освобождая А. А. Хвостова, возлагал определенные надежды на нового генерал-прокурора, полагая, что он будет «понятливее» и «более податлив» и что высочайшие повеления будет ставить выше закона. Но государь и на этот раз ошибся. «Честный нотариус», как, по свидетельству С. Ю. Витте, за глаза называли при дворе А. А. Макарова, оказался слишком упрямым, когда дело касалось исполнения самим же императором утвержденных законов.
Принципиальную позицию занимал А. А. Макаров и по делу бывшего военного министра Сухомлинова. Он отказался прекратить это дело, несмотря на высочайшее повеление.
Переполнила же чашу терпения Николая II «несговорчивость» генерал-прокурора по делу И. Ф. Манасевича-Мануйлова. Оно возникло в августе 1916 года и было довольно заурядным — шантаж банка. Давление в связи с этим делом шло и на министров внутренних дел А. А. Хвостова, а затем А. Д. Протопопова, и на генерал-прокурора А. А. Макарова. Причем оно было настолько сильным, что последний вынужден был даже заявить, что он примет меры к тому, чтобы «не относящиеся к существу обвинения Манасевича-Мануйлова факты были отброшены», и чтобы «предметом судебного разбирательства» было только его дело. Однако это не устраивало тех, кто стоял за спиной мошенника.
Дело было назначено к слушанию на 15 декабря, а накануне под вечер Манасевич-Мануйлов явился к следователю и заявил, что уже состоялось высочайшее повеление о прекращении дела, о чем ему Распутин сообщил телеграммой из Ставки. Об этом разговоре следователь сразу же поставил в известность прокурора судебной палаты Завадского. На следующий день прокурор узнал, что действительно генерал-прокурор А. А. Макаров получил телеграмму от императора. В ней была написано: «Повелеваю прекратить дело Манасевича-Мануйлова, не доводя до суда».
Макаров не стал беспрекословно выполнять это повеление. Он тут же написал всеподданнейший доклад о том, что не считает возможным прекратить дело без суда и просит не приводить в исполнение повеление императора до его личного доклада. Ответа на свою записку Макаров так и не получил.
20 декабря 1916 года последовал освобождении его от должности «согласно прошению» (которого он добровольно высочайший указ об не подавал), с оставлением членом Государственного совета и Сенатором. 1 января 1917 года А. А. Макаров получил чин действительного тайного советника, а 4 января возглавил Особое присутствие для предварительного рассмотрения всеподданнейших жалоб на решения департаментов Правительствующего сената. Управляющим Министерством юстиции был поставлен Сенатор Н. А. Добровольский.
После Февральской революции А. А. Макаров, как и многие другие бывшие министры царского правительства, был арестован. Он неоднократно допрашивался в Чрезвычайной следственной комиссии. Товарищ председателя этой комиссии С. В. Завадский признавался, что из всех узников Керенского были два министра, Макаров и Маклаков, при допросе которых он отказался присутствовать, и что его угнетали разговоры в президиуме комиссии о предании суду А. А. Макарова. Он объяснял это тем, что за пять месяцев совместной деятельности «увидел в нем, правда, человека, несомненно склонного к формальности, но умеющего много работать, спокойно и внимательно прислушивающегося к чужим мнениям и чужим возражениям, уважающего суд и не останавливающегося перед опасностью потери министерского поста, из-за отстаивания того, что ему представляется законным и должным». Макаров содержался в Петропавловской крепости. Ходатайство его об освобождении по состоянию здоровья, а также прошение жены, Елены Павловны, о переводе мужа в «Кресты» оставались без удовлетворения. Лишь только 27 сентября 1917 года следователь П. Г. Соколов, допросив в очередной раз А. А. Макарова в качестве обвиняемого, вынес постановление об изменении ему меры пресечения на «подписку о неотлучке из места постоянного жительства в Петрограде». 3 ноября, только после того, как Елена Павловна внесла за своего мужа залог в сумме 50 тысяч рублей, Чрезвычайная следственная комиссия освободила А. А. Макарова, «ввиду тяжелой болезни», о чем на следующий день выдала официальное удостоверение.
