В 1854 году Д. Н. Набоков командируется в крепость Свеаборг «для изыскания местных средств к довольствию судов 3-й флотской дивизии провиантом». Потом по делам службы его направили за границу, где он пробыл два года. Вернувшись в 1860 году в Морское министерство, Набоков стал управлять комиссариатским департаментом. Одновременно он заведовал эмеритальной кассой, капитал которой, образуемый путем обязательных вычетов из жалованья сотрудников, шел на выдачу им дополнительных пенсий и пособий.
В 30-летнем возрасте Дмитрий Николаевич женился на дочери барона Ф. Корфа, Марии Фердинандовне, которая была моложе его на 15 лет. У них родилось девять детей — четверо сыновей и пять дочерей.
Подлинный и стремительный взлет карьеры Д. Н. Набокова начался в 1862 году. Великий князь Константин Николаевич, назначенный наместником Царства Польского, взял его с собой в Варшаву. Тогда же он был пожалован в гофмейстеры двора его величества.
В 1864 году Набокову было повелено присутствовать в Правительствующем сенате. Он стал Сенатором только что образованного в соответствии с Судебными уставами гражданского кассационного департамента. Однако участвовать в первых шагах практического осуществления судебных преобразований ему пришлось недолго. Через два года император назначил его своим статс-секретарем, а в 1867 году, благодаря протекции великого князя Константина Николаевича, поставил на ответственный пост — главноуправляющим собственной его императорского величества канцелярии по делам Царства Польского. В этой должности он пребывал девять лет, много и деятельно занимаясь вопросами гражданского преобразования в Польше.
В 1876 году Дмитрий Николаевич был назначен членом Государственного совета и произведен в действительные тайные советники. Он всегда был истинным приверженцем судебных преобразований в России и одним из лучших знатоков Судебных уставов. По свидетельству журналиста С. Ф. Либровича, про Д. Н. Набокова говорили, что «это не человек, а ходячий свод законов». Однако он не столько признавал букву закона, сколько его дух и внутренний смысл.
30 мая 1878 года Д. Н. Набоков занял пост министра юстиции и генерал-прокурора. Некоторые его недоброжелатели злословили по этому поводу, говоря, что он получил портфель министра «по протекции Веры Засулич», намекая на причины освобождения графа Палена.
От Набокова ждали многого. В высших правительственных сферах надеялись, что он сумеет «подтолкнуть» суд присяжных, сделает в нем крупные изменения и вообще придаст ему другую, более «желательную окраску». Прогрессивные юристы, наоборот, зная профессионализм нового министра, ожидали от него защиты основных начал Судебных уставов.
Третий министр «по Судебным уставам», по мнению современников, был «законником в полном смысле слова». Принимая высокий пост, он заявил, что «если для всех граждан, то для министра юстиции в особенности, закон, пока он существует и не отменен, должен быть свят». Эти слова он потом повторял много раз, и они стали его своеобразным девизом. Поэтому к Набокову не часто решались обращаться за протекцией или ходатайствовать о каком-либо исключительном порядке решения уголовного или гражданского дела.
Начавшиеся с большим размахом судебные преобразования в Российской империи теперь несколько застопорились из-за серьезных финансовых затруднений. Работы по введению Судебных уставов были фактически приостановлены. В 1879 году мировые суды получили право гражданства дополнительно лишь в 3 губерниях: Уфимской, Оренбургской и Астраханской. Тогда же были преобразованы суды и на присоединенной к России территории Бессарабии, а также в областях Батумской и Карсской.
После этого Набоков внес в Государственный совет «представление» об открытии в 1880 году новых судов в Киевской, Подольской и Волынской губерниях, которые должны были составить округ Киевской судебной палаты. Это предложение Советом было одобрено и утверждено императором 11 декабря 1879 года. Затем он приступил к проведению судебных преобразований в Западном крае. В 1883 году был открыт округ Виленской судебной палаты. 26 апреля 1883 года именным высочайшим указом о преобразовании управления Кавказского края на министерство юстиции было возложено руководство и этой судебной частью. Ранее суды, как и другие учреждения, подчинялись непосредственно наместнику Кавказа. Тифлисская судебная палата была открыта еще в 1867 году, однако все работы по введению Судебных уставов осуществляло до последнего времени Главное управление наместника Кавказа.
Д. Н. Набоков считал, что проводить судебную реформу в Сибири, Степных областях и Туркестанском крае преждевременно, так как там «слишком разноплеменное и редкое население», находящееся к тому же на «весьма низкой степени культуры». Однако и оставлять все по-старому было нельзя. Поэтому Министерство юстиции приступило к последовательному изменению судоустройства и судопроизводства первоначально в Тобольской и Томской губерниях и Приамурском крае. Большое внимание при этом уделялось организации прокурорского надзора, который призван был обеспечить соблюдение законов всеми судебными установлениями и полицией.
Дмитрий Николаевич Набоков внимательно относился к лицам судебного ведомства и их нуждам. Он «трогательно гордился», когда встречался с талантливыми судьями и прокурорами, охотно прислушивался к их мнению по самым сложным вопросам юриспруденции. При необходимости он не останавливался перед «опасением неизбежных личных неприятностей», если считал, что это принесет пользу судебному делу. Он мог безбоязненно заступиться и защитить оклеветанного судебного работника. Со своими подчиненными он был неизменно доброжелателен, хотя и любил, что называется, «напускную суровость».
Как министр юстиции и генерал-прокурор Д. Н. Набоков, конечно, не оставался в стороне от борьбы с разраставшимся и принимавшим все более жесткие формы революционным движением, хотя первые роли здесь играли уже другие лица. 9 августа 1878 года, в связи с убийством шефа жандармов Н. В. Мезенцева, по докладу министра внутренних дел Л. С. Макова и исправлявшего должность шефа жандармов Н. Д. Селиверстова, был принят закон «О временном подчинении дел о государственных преступлениях и о некоторых преступлениях против должностных лиц ведению военного суда, установленному для военного времени». В своем докладе императору они писали: «Зло растет ежечасно. суд уже не властен остановить разнузданные страсти… Нужны меры чрезвычайные».
Так в мирное время началась активная военизация судебно-карательной системы. По закону 9 августа 1878 года в ведение военных и военно-полевых судов передавались дела о государственных преступлениях, сопряженных «с вооруженным сопротивлением власти», а также «преступления, связанные с нападением на чинов войска и полиции, коль скоро нападения эти сопровождались убийством, нанесением ран, увечий и тяжких побоев».
2 апреля 1879 года отставным коллежским секретарем А. К. Соловьевым было совершено покушение на жизнь императора. В связи с этим была образована следственная комиссия, которую возглавил Сенатор С. И. Леонидов. Следствие было закончено быстро. Для рассмотрения дела по высочайшему указу был образован Верховный уголовный суд. Заседание суда открылось 25 мая 1879 года в 11 часов 10 минут. Председательствовал на нем князь С. Н. Урусов, бывший тогда руководителем департамента законов Государственного совета. В состав суда входили члены Государственного совета действительные тайные советники А. А. Абаза, Д. Н. Замятнин, И. Д. Делянов, первоприсутствующие Правительствующего сената В. Г. Черноглазов и М. Е. Ковалевский. Обязанности секретаря выполнял статс-секретарь Государственного совета И. И. Шамшин. Обвинение поддерживал министр юстиции и генерал-прокурор Д. Н. Набоков. Защиту А. К. Соловьева осуществлял выделенный судом адвокат А. Н. Турчанинов. Верховный уголовный суд лишил А. К. Соловьева всех прав состояния и приговорил его к смертной казни через повешение. В окончательном виде приговор был оглашен 26 мая 1879 года. Через день, 28 мая 1879 года, в 10 часов утра, на Семеновском плацу, приговор был приведен в исполнение.
