В 1882 г. — вице-адмирал, а с апреля 1883 года — генерал-адмирал Российского флота [38]. Впоследствии он продолжает совершать морские путешествия, но на более короткие сроки.

После воцарения императора Николая II возник конфликт между великим князем Алексеем Александровичем и его двоюродным братом, великим князем Александром Михайловичем. Суть конфликта, по мнению С. Ю. Витте, сводилась к желанию последнего добиться поста генерал-адмирала, благодаря женитьбе на сестре императора — Ксении. "Александр Михайлович был моряк, но не совершил полагаемого по цензу плавания, поэтому он не мог продвигаться и с той протекцией, которую имел. Но какое там плавание при молодой жене… Ему хотелось сделать карьеру сразу и добиться поста генерал-адмирала.

Морской министр генерал-адъютант H. М. Чихачев и, в особенности, генерал-адмирал великий князь Алексей Александрович, зная склонность Александра Михайловича к интригам, стояли на том, чтобы он проходил установленный ценз" [8, т. 2, с. 229).

Образовался враждебный лагерь, куда, помимо великого князя Александра Михайловича, входил лейтенант Казн — "выдающийся человек и хорошо понимавший морское дело" (Витте), которые и начали борьбу с Морским министерством. "Казн по натуре был склонен к интриге, а об Александре Михайловиче в этом отношении и говорить не стоит", — писал Витте [8, т. 2, с. 230 |.

К сожалению, негативное мнение о генерал-адмирале было изложено и в воспоминаниях великого князя Александра Михайловича, где он писал: "Трудно было себе представить более скромные познания, которые были по морским делам у этого адмирала могущественной державы" [3, с. 115].

Впоследствии это и другие несправедливые высказывания породили значительно более резкие выпады в адрес вел. кн. Алексея Александровича.

С 1882 года под руководством Главного начальника флота и Морского Ведомства великого князя Алексея Александровича и морского министра вице-адмирала И. Шестакова утверждается новая кораблестроительная программа и ряд реформ, определивших развитие флота до конца XIX века. Первоочередной задачей признавалось возрождение Черноморского флота, а также сохранение и расширение своих позиций на Балтике. Балтийские порты должны были стать местом дислокации эскадры или отряда крейсеров и служить резервом для Дальнего Востока. Сторонником "балтийской ориентации" стал и новый Управляющий Морским министерством вице-адмирал Н. Чихачев, заменивший в ноябре 1888 года умершего И. Шестакова. По его же настоянию началось строительство незамерзающего порта в Либаве (сейчас — г. Лиепая), который позволял вести военно-морские операции в течение всего года. По судостроительной программе 1881 года уже к 1896 году было построено 15 эскадренных броненосцев, 3 броненосца береговой обороны, 10 крейсеров, 14 канонерских лодок и 72 миноносца, в том числе для Черноморского флота, броненосцы "Екатерина II", «Чесма», «Синоп», что ознаменовало возрождение военно-морского флота на Черном море. В это время произошло сближение позиций России и Франции, чему способствовали взаимные визиты соединений флота в период 1891–1892 годов. В результате, как считают военные специалисты, сумма военно-морских потенциалов России и Франции намного превосходила морскую мощь стран Тройственного Союза [29].

Одним из важных детищ вел. кн. Алексея Александровича, как уже упоминалось, была закладка Либавского коммерческого и военного портов.

Либава в XIX столетии была маленьким городком на балтийской окраине в Курляндии. Многие специалисты, и в том числе С. Ю. Витте, отрицательно относились к тому, чтобы устроить наш морской опорный пункт в Либаве и, в свою очередь, предлагали более удобный город Мурман в Екатерининской гавани, которая должна была соединиться железной дорогой с Петербургом.

Несмотря на наличие оппозиции, великий князь Алексей Александрович настоял на том, чтобы главный аванпорт России располагался именно в Либаве и тем самым поддержал точку зрения военных теоретиков Чихачева и Обручева. 12 августа 1893 года состоялась торжественная закладка Либавского коммерческого и военного порта. На церемонию прибыла императорская яхта "Полярная звезда" с императором Александром III и императрицей Марией Федоровной, а также членами Августейшей фамилии. По сему случаю был устроен смотр балтийского флота, в котором приняли участие шесть миноносцев «Виндава», «Нарва», «Котлин», «Моонзунд», «Гангаль», канонерские лодки «Грозящий» и «Отважный», минные крейсеры «Воевода» и «Посадник» и три яхты — «Славянка», «Царевна» и "Полярная звезда".

"По объезде линии судов Государь и царская фамилия пристали к павильону закладки. Здесь на пристани Их императорских величеств встретили министр путей сообщения, морские власти и контрагенты…, которые поднесли на блюде хлеб- соль Государю и букет из роскошных роз и орхидей Государыне… Государь, наследник-цесаревич и генерал-адмирал великий князь Алексей Александрович были в морской форме, а великий князь Михаил Александрович в форме морского кадета" [10, 1893 г].

Порту в Либаве было присвоено имя императора Александра III. Как уже указывалось ранее, С. Ю. Витте считал решение базироваться в Либаве печальным событием, приведшим, по его мнению, к поискам выхода в открытое море на Дальнем Востоке и, в свою очередь, приведшим к захвату Порт-Артура и, впоследствии, к Цусиме.

Несмотря на негативное отношение С. Ю. Витте к некоторым решениям генерал-адмирала великого князя Алексея Александровича, он всегда считал его человеком честным, благородным и прямым, в отличие от стремившегося занять его место великого князя Александра Михайловича, "который обратил бы все морское министерство в рассадник всевозможных интриг" [8, т. 2, с. 22].

В круг основных обязанностей генерал-адмирала входило участие в смотрах судов флота на различных рейдах, в маневрах, закладках новых судов и портов, открытии каналов. Он управлял деятельностью заводов Морского ведомства; был почетным членом многочисленных организаций. Назовем лишь некоторые из них: шеф морского кадетского корпуса, попечитель Морской офицерской библиотеки, член кораблестроительного и артиллерийского отделений Морского технического комитета, почетный член Общества для содействия русскому торговому мореходству, почетный член Николаевской Морской Академии и других организаций и обществ.

Кроме того, еженедельно генерал-адмирал великий князь Алексей Александрович был обязан докладывать о делах своего ведомства императору Николаю II.

Князь Волконский в своих мемуарах зафиксировал яркую картину отъезда великого князя в Царское Село.

"В восемь часов утра я был на Царскосельском вокзале. Обычная картина нарядной суеты: мундиры, треуголки, белые перчатки, портфели, курьеры; одни люди спешащие, другие вытягивающиеся в струнку, третьи спокойно шествующие, отвечающие на поклоны. Нарядный, лоснящийся вагон. Поезд легко трогается. Перед окнами вагона в струнку курьеры, жандармы, железнодорожные служители: в поезде едет великий князь Алексей Александрович… По понедельникам в Царском Селе в девять часов утра бывал доклад генерал-адмирала великого князя Алексея Александровича. После чего принимались находящиеся в Петербурге губернаторы" [11, т 1, с. 167].