Непарные по твердости-мягкости согласные звуки ж, ш, ч, щ (шипящие) и ц не нуждаются в обозначении твердости или мягкости с помощью следующей буквы. Для обозначения твердости ж, ш нет необходимости писать букву ы, а для обозначения мягкости ч, щ — буквы я, ю. Поэтому после всех шипящих пишутся буквы а, у, и, напр.: жар, шар, час, пощада; жук, шум, чудо, щука; жир, камыши, чин, щит.[5]

Для передачи согласного [j] имеется особая буква — й, но она используется обычно после гласных — в конце слова и перед согласными, напр.: май, майка, рой, землеройка. Перед гласными — в начале слова и после гласных — [j] не обозначается отдельной буквой, а вместе со следующим гласным перелается буквами я, ю, ё, е, напр.: яблоко, боязнь, юг, змею, ёлка, поёт, ель, приехал.[6] После согласных в этом случае перед буквами я, ю, ё, е пишутся ъ или ь (разделительные знаки): объятие, предъюбилейный, подъехал, подъём; друзья, вьюга, на скамье, ружьё; после разделительного ь сочетание «j + гласный» может передаваться также буквой и: соловьи.

Таким образом, буквы я, ю, ё, е, и используются в русском письме в двух функциях: для обозначения гласных с одновременным указанием на мягкость предшествующего парного согласного и для передачи сочетания j с последующим гласным.

В основе правил русской орфографии лежит принцип необозначения на письме мены звуков под влиянием положения в слове.

Звуки в составе слова находятся в неравных условиях. В одних положениях (фонетических позициях) различаются все гласные или все согласные звуки; это независимые, сильные позиции. Гласные а, о, и, у, э различаются под ударением: мал, мол, мил, мул, мел. Парные по звонкости-глухости согласные различаются перед гласными (коза — коса, пруды — пруты), перед непарными звонкими согласными н, л, м, р (твердыми и мягкими) и «йотом» (злой — слой, драть — трать, бью — пью), а также перед в (твердым и мягким): дворец — творец, зверь — сверь. Твердые и мягкие согласные различаются перед гласными (тук — тюк) и в конце слова (трон — тронь), а также перед твердыми согласными (банка — банька).

В других положениях различаются не все звуки; это зависимые, слабые позиции. Так, ударные звуки а и о (сам и сом) в безударном положении совпадают в одном звуке а: с[а]ма́. После мягких согласных в безударном положении не различаются, совпадают в одном звуке и четыре гласных звука, различающиеся под ударением, — о, а, и, э, например: [т’и]пле́ть, [т’и]ну́ть, [п’и]ла́, [д’и]ла́, ср. под ударением [т’о́]плый, [т’а́]нет, [п’и]ть, [д’э́]ло. Парные по звонкости-глухости согласные не различаются в конце слова, а также перед глухими и звонкими согласными, напр.: ду[п] — су[п], ска[с]ка — кра[с]ка, по[д]беру — о[д]беру (ср. перед гласными: дубы — супы, сказок — красок, подобрать — отобрать).

Звуки в положении неразличения проверяются в той же значимой части слова (морфеме) соответствующими звуками в положении различения. Например, написание буквы о на месте безударного гласного а в слове б[а]ро́ться проверяется формой бо́рется, в которой гласный корня находится под ударением. Безударный звук и в слове [т’и]жёлый проверяется ударным гласным в слове тя́жесть, в [л’и]сно́й — ударным е (лес), а в лиса́ — ударным и (ли́сы). Парные глухие и звонкие согласные в положении неразличения также проверяются положением различения — например, перед гласным: ду[п] — дубы, су[п] — супы; ска[с]ка — сказок, кра[с]ка — красок.

Тот же принцип действует при передаче гласных и согласных в приставках, суффиксах, окончаниях (см. соответствующие разделы правил).

Написание слов, в которых звук в положении неразличения не может быть проверен, определяется в словарном порядке, ср. непроверяемые гласные в корнях: собака, олень, капуста, теперь, меридиан, витязь; непроверяемые согласные в корнях: где, вторник, вокзал, лифт.

В русской орфографии есть отдельные отступления от общего принципа написания букв в значимых частях слова, когда в силу традиции пишется не та буква, которая подсказывается проверкой. Например, в слове пла́вать под ударением произносится а, однако без ударения в однокоренных словах пловец и пловчиха пишется буква о; в приставке раз-/роз- под ударением встречается только о (напр., ро́спись, ро́зыгрыш), однако без ударения по традиции пишется буква а (напр.: расписать, разыграть).

Такие отступления часто объясняются историческими чередованиями звуков в пределах одного корня (или другой морфемы). В результате у одного корня (или другой морфемы) в разных словах могут писаться разные буквы. В этих случаях в правилах дается формулировка: «не следует проверять таким-то словом (такой-то формой слова)». Например, в глагольных корнях нельзя использовать для проверки парный глагол противоположного вида (см. § 34, Примечание 2).

В словах иноязычного происхождения (особенно в собственных именах), а также в аббревиатурах встречаются написания, отступающие от общих правил употребления букв. Например, в некоторых иноязычных словах после букв ж, ш, ц пишутся буквы я, ю, э (брошюра, парашют, жюри, пшют, Жюль, Шяуляй, Цявловский, Цюрих; жэнь, Шэньян, Лао Шэ), а после ч — буквы ы и э (Чыонг, Чэнду). Такие написания могут отражать некоторые особенности произношения — например, нехарактерные для русского языка мягкие ж и ш, твердый ч.

Только в словах иноязычного происхождения встречаются буквенные сочетания йя, йю, йе, йи, йо, ьо, напр.: секвойя, секвойю (вин. п.), Гойя, паранойя, паранойи (род. п.), Йорк, район, бульон. Нехарактерные для русского языка сочетания букв встречаются и в аббревиатурах, напр.: ЖЭК, ЧЭЗ (частотное электромагнитное зондирование), ЙАР (Йеменская Арабская Республика).

Особая роль традиции в написании фамилий (как русских, так и иностранных) определяется их юридическим статусом: они сохраняют буквенный облик, зафиксированный в официальных документах. Например, есть фамилии Чорный и Чёрный, Охапкин и Ахапкин, Комаровский и Коморовский, Сыроежкин и Сыроешкин, Бессонов и Безсонов, Кузьмин и Кузмин.