Именно из учеников братьев Лихудов образовалось целое поколение первых собственно русских ученых – Поликарпов, Головин, Козма, Иов, Палладий Роговский и многие другие. Одни из них стали преподавателями и руководителями той же Московской академии, другие – авторами научных изданий.

И очень существенно, что работа, в частности, Сафрония основывалась на простом энтузиазме. Вернувшись вторично в Заиконоспасскую академию, он вообще преподавал бесплатно. Единственным источником его существования оставалась правка Библии, дававшая ему 50-рублевое годовое жалованье, тогда как ученики Сафрония получали в четыре или пять раз больше.

Место Лихудов в школе заняли их ученики – Николай Семенов и Федор Поликарпов. Первым же нововведением стало изгнание латинского языка. Но этот период оказался недолгим. С 1700 года руководство переходит в руки Палладия Роговского, получившего образование на Западе и бывшего даже некоторое время униатом, чему сочувствовал в определенной степени и сам Петр. Во главе академии оказываются ректор, следивший за наставниками и преподаванием, и префект – следивший за учениками. В число предметов преподавания входили богословие, философия по Аристотелю, физика, метафизика, психология, риторика, метеорология. Наставники, как и ученики богословия, обязывались проповедовать в церквах. Все они в течение 1712–1747 годов принимали участие в исправлении Библии в ее славянском переводе.

Ученики набирались из духовного сословия, из дворян и разночинцев, иногда даже в принудительном порядке. В их числе могли оказаться также священники, дьяконы, церковнослужители и монахи. Время пребывания в академии не было ограничено, единственным условием ставилось окончание полного курса, которое для некоторых затягивалось на 10–15, а то и целых двадцать лет. Среди выпускников академии были князь Антиох Кантемир, митрополит Гавриил, историк Бантыш-Каменский, поэт Костров, Ломоносов.

В 1743 году Святые ворота были перестроены и увенчаны колокольней, а в 1780-х годах на западной границе монастырского участка появилось двухэтажное здание бурсы. Тем самым ансамбль монастыря был завершен. Теперь на его парадный двор вели особые – Школьные – ворота, располагавшиеся западнее Святых.

Академия в Заиконоспасском монастыре просуществовала до 1814 года. Реконструкция города, связанная с последствиями пожара во время пребывания в Москве наполеоновских войск, подсказала в значительной мере перевод академии в Троице-Сергиеву лавру. В стенах восстановленного старого монастыря расположилось теперь Заиконоспасское духовное училище.

В 1822 году обветшавшее здание Коллегиума разобрали и возвели заново. В 1880-х годах произошел раздел территории между духовным училищем и монастырем, причем была восстановлена западная монастырская граница. К обители отошла большая часть Братского корпуса, надстроенная затем третьим этажом.

На рубеже ХIХ—ХХ веков по линии Никольской улицы, после слома старых зданий, был построен по проекту архитектора М. Т. Преображенского Торговый дом (№ 7) и новая надвратная колокольня, спроектированная с псевдорусскими деталями архитектором З. И. Ивановым. Новая колокольня включила в себя объемы старой. На сегодняшний день помимо перечисленных зданий сохранились Спасская церковь, Братский корпус и дом Заиконоспасского духовного училища.

Здесь стоит вспомнить, что всего в Российской империи существовало четыре духовных православных академии. Самой старой была Киевская, основанная еще в 1615 году в виде Киево-братской школы для изучения классических языков, риторики, богословия и некоторых предметов элементарного образования. Киевский митрополит Петр Могила превратил школу в высшее учебное заведение – Киево-Могилянскую коллегию (1631—173l). После Заиконоспасской в 1721 году по указу Петра I при Александро-Невском монастыре появилась школа для обучения азбуке, письму, псалтыри, арифметике, грамматике и толкованию евангельских блаженств. В 1726 году ее переименовали в Славяно-греко-латинскую семинарию, в 1788-м – в Главную семинарию, а в 1809-м на ее базе была создана Санкт-Петербургская духовная академия.

Киевский митрополит Петр Могила.

Наконец, четвертая академия – в Казани начиналась в 1723 году с архиерейской элементарной школы, преобразованной в 1732-м в семинарию по образцу Киевской духовной академии, из которой и были приглашены первые наставники. В 1797 году семинария преобразована в академию с высшим богословским курсом. Для пополнения образования воспитанники должны были посещать лекции в Казанском университете. С 1818 по 1842 год академия не функционировала. С 1854 года в ней были открыты миссионерские отделения. Большую ценность представляла академическая библиотека, куда перевезли около 2000 славянских рукописей из Соловецкого монастыря еще в XIX веке.

Храм Заиконоспасского монастыря представляет один из лучших образцов архитектуры так называемого московского барокко. Складывался он постепенно. В 1701 году к нижней церкви 1661 года пристроили трапезную. До 1709 года получила существующий поныне облик и верхняя церковь. С запада и севера под папертью верхнего храма было устроено два этажа келий для студентов академии, число которых достигало в то время четырехсот человек.

Братский, или Учительский, корпус может быть датирован последней четвертью XVII века. Нижний его этаж служил для хозяйственных потребностей. Здесь размещались хлебня с погребом, кладовые и даже конюшня, а также кухня. Верх занимало жилье, украшением которого служили очень хорошие изразцовые печи. В 1886 году здание надстроили третьим этажом и декорировали в псевдорусском стиле по проекту архитектора Н. А. Шера.

План первого этажа.

К западу, по линии Братского корпуса, располагается здание Заиконоспасского духовного училища, выстроенное в 1821–1822 годах по проекту знаменитого московского зодчего О. И. Бове, причем на фундаменте Учительского корпуса, но с значительным расширением общего плана в сторону Китайгородской стены.

Заиконоспасское духовное училище предназначалось главным образом для детей духовенства Москвы. Оно имело четырехклассную программу, по окончании которой ученики могли поступать в духовные семинарии. Общежития в последнее время его существования в нем не имелось. «Властьми» его, как и Ставропигиального Заиконоспасского мужского монастыря, были перед Октябрем управляющий – архиепископ Владимир, благочинный – архимандрит Алексий, смотритель Владимирской церкви – иеромонах Рафаил. В монастырском штате числилось три иеромонаха, три иеродьякона и один послушник.

И любопытная подробность. Деятельный соратник царевны Софьи, талантливый ученик Симеона Полоцкого, монах местного монастыря, поэт и богослов Сильвестр Медведев поднес царю Федору Алексеевичу на утверждение «Академическую Привилегию», являвшуюся уставом образовывавшейся академии.

«Привилегия» состояла из предисловия и восемнадцати пунктов, согласно смыслу которых академия представлялась как бы высшим трибуналом по делам веры во всех событиях, угрожавших чистоте православия. Академия мыслилась как автономная корпорация, на содержание которой следовало выделить ряд монастырей.

По словам историка С. М. Соловьева, «Московская академия по этому проекту – цитадель, которую хотела устроить для себя православная церковь при неизбежном столкновении своем с неверным Западом. Это не училище только – это страшный инквизиционный трибунал: произнесет блюститель с учителями слова: „виновен в неправославнии“, и костер запылает для преступника».

Однако «Привилегия» осталась неутвержденной. А высшим расцветом Московской академии стало начало XIX века, когда число ее студентов достигало полутора тысяч.