В поймах произрастают сосны, березы, осины, пихты, гигантские кедры. Встречаются заросли красной и черной смородины, черемухи, спиреи, жимолости, рябины, бузины, шиповника. Среди сплошной тайги, на южных склонах тянутся довольно широкой полосой вдоль реки луга — елаканы. Идущего по траве человека не видно: он оказывается закрытым травой с головой. В этих зарослях можно обнаружить борщевик высотой в полтора человеческих роста, фиолетовую саранку, венчик у которой расположен на уровне лица. Как лианы, оплетают травы вика и желтая чина.

Леса лиственниц обычно с примесью сосны и кедра, почвы покрыты мхом, лишайником и багульником. В прибрежной полосе обильно растут толокнянка, брусника. Здесь почти не встретишь желтого прострела, но повсюду цветет весной синий прострел.

Вот каким увидел Баргузинский заповедник летом О. Волков, автор книги „Чур, заповедано!“: „…На реке Давше мне пришлось побывать в разгар короткого прибайкальского лета, в пору, особенно красочную и поражающую быстротой, с которой все, распустившись, торопится пышно и ярко зацвести, дивя контрастами. Поистине поразительны эти лесные дебри, еще накануне стывшие в холодных туманах, еле расставшиеся с глубокими снегами, а назавтра густо зазеленевшие, засверкавшие крупными яркими цветами, зазвеневшие птичьими голосами и до краев заполнившиеся свежейшими запахами сочной зелени…

Не наглядишься на полянки в оранжевых головках жарков, запылавших под темной стенкой елей; на хоронящиеся в тени кустов крапчато-розовые орхидеи, на изредка попадающиеся в заповедных лесах рододендроны, покрывающие кручи лиловыми волнами. Луч солнца, невзначай легший на проталину в молчаливом листвяннике, осветил филигранные листья хвощей, таких легких и светлых, словно нежная дымка, легшая между вековых стволов. У ручьев и в болотцах расстелились розово-голубые ковры незабудок.

Лес отгораживает от холодного дыхания Байкала, и по-настоящему жарко, на припеках множество бабочек и шмелей. В немногих километрах от озера забываешь о его постоянных промозглых туманах и почти непрекращающихся ветрах. В гуще леса лето, настоящее лето!“

Богата и фауна заповедника. Здесь проживает около 40 видов млекопитающих, 240 видов птиц, 4 вида рептилий и 2 вида амфибий.

Обитает наиболее ценный баргузинский соболь с шелковистой блестящей темно-шоколадной, почти черной шкуркой. Ученые выделили соболя Баргузинского хребта в отдельный подвид.

Соболь относится к семейству куньих, которое включает таких представителей, как горностай, калан, выдра. Все они обладают ценным и дорогим мехом. Но мех соболя поистине уникален: почти невесомый, густой, шелковистый, теплый, прочный.

На всей территории заповедника обитает 700–800 соболей. Когда наступает пора высоких снегов, соболи, живущие высоко в горах, спускаются в долины рек.

В отличие от других соболей, баргузинский большую часть года кормится в основном растительной пищей. Любит полакомиться орехами кедра и кедрового стланика, ягодами, особенно рябиной, а также брусникой, черникой. На Дальнем Востоке он питается плодами лимонника и дикого винограда. Лишь летом охотится на красно-серых и красных полевок, реже на белок, иногда бурундука и сеноставку. Однако соболь может добыть зайца-беляка или глухаря, а также рыбу. На подкормочных пунктах заповедника зверьки охотно едят варенье и сахар, не отказываются и от мяса. При недостатке одного корма соболь легко переключается на другой и редко испытывает недостаток в пище.

Гон у соболей бывает в июне-июле (в феврале-марте бывает ложный гон, в который самцы не спариваются с самками), но развивается зародыш на ранних стадиях очень медленно. Детеныши появляются в апреле — начале мая. Маленькие (25–30 г, длина тела 100–115 мм), покрытые белесой шерстью, слепые, с закрытыми слуховыми отверстиями соболята быстро растут, через месяц прозревают, еще через две недели начинают выходить из гнезда, а в середине августа становятся почти взрослыми. На второй-третий год жизни у соболя наступает половая зрелость. В неволе соболь живет 15–18 лет.

Зверек крайне осторожен, и увидеть его в тайге, особенно летом, почти невозможно. Он имеет одно постоянное гнездо, в котором проводит большую часть светлого времени суток. Свое убежище он покидает в сумерках, и то ненадолго. В результате исследовательской работы ученые пришли к выводу, что необходимо сохранять его естественные укрытия в таежных дебрях.

С помощью разведения соболя в питомниках удалось восстановить численность этого зверька в Сибири до уровня, который был более 200 лет назад.

К моменту организации заповедника на его территории сохранилось не более 20–30 соболей, исключительно в верхней части лесного пояса, в непроходимом кедровом стланике и на каменистых россыпях. Однако уже в 1934 году число зверьков возросло в 8-10 раз, хотя плотность их не превышала одной особи на 10 кв. км. Еще через 10 лет соболь занял все лесные угодья Баргузинского хребта и даже те места, где его никто из старожилов раньше не встречал: появился на восточных склонах хребта, а на западных склонах ареал его значительно приблизился к Байкалу. К 1934 году соболь заселил уже все пригодные для обитания места. Через 20 лет в заповеднике можно было встретить одного зверька на 2 кв. км. А к 1960 году на каждом квадратном километре тайги находилось по одному зверьку. Такая плотность населения считается очень высокой.

В настоящее время поголовье соболя полностью восстановлено, и Россия ежегодно получает от охотников около 150 тысяч шкурок. Основные ресурсы соболя сосредоточены в Дальневосточном регионе (около 500 тысяч). Общая площадь ареала, на которой живет соболь, составляет 500 млн. га.

А вот горностая и колонка в заповеднике мало, редки здесь ласка, солонгой, росомаха. Нечасто появляется рысь (в заповеднике мало зайцев и нет косуль — основной ее добычи). Зимой в поисках пищи иногда заходят на заповедную территорию волки. Лисица в начале зимы живет на берегу Байкала, а когда уплотняются снега, уходит в тайгу.

В заповеднике обитают северные олени и лоси. Медведя в заповеднике можно встретить повсюду, так как от недостатка пищи в тайге он не страдает. По наблюдениям зоолога С. Устинова, на каждый километр побережья в среднем приходится по одному медведю.

Не редкость в тайге и белка (зимой темно-серая, летом смолисто-черная), летяга. На горных лужайках слышится короткий свист сурка. Там же обитают северные пищухи — пушистые бесхвостые зверьки с большими круглыми ушами.

В тундре обитают саянская высокогорная полевка, красная и красно-серая полевка, в нижнем поясе — полевка-экономка.

Но ни один зверек не попадается на глаза так часто, как бурундук, который встречает свистом или цоканьем каждого пришельца и провожает его до границы своего участка.

В реках до поздней осени живет выдра, охотясь на налимов и хариусов. А в водах Байкала обитает байкальская нерпа (буровато-серебристо-серая сверху и более светлая снизу, весом до 100 кг). Всего на Байкале сейчас насчитывают 25–30 тысяч нерп. Очевидно, рыбы попали в эти края в ледниковый период. Почти всю жизнь она проводит в воде, но каждые 20 минут поднимается на поверхность за воздухом. В воде нерпа плавает со скоростью около 18 км в час, но по берегу или льду передвигается в 4 раза медленнее. На байкальскую нерпу, обитающую вне заповедника, охотятся. Ценится ее жир, составляющий до половины общего веса зверя, а также шкура.

Из пернатых в заповеднике живут гаички, дятлы, кедровки, клесты, кукши, поползни, синехвостки, сойки. В прибрежной полосе Байкала обитают дубровники, кулики, овсянки, стрижи, трясогузки, чечевицы. Почти всегда можно видеть летящими вдоль побережья крякв, орланов, чирков. А вот водоплавающих птиц немного.

Из куриных встречаются рябчики, каменный глухарь — более легкий и стройный, чем обыкновенный, крупный, иссиня-черный с белыми пятнами на крыльях и хвосте. Довольно редки здесь куропатки. По долинам рек гнездится немой перепел. А вот тетеревов в заповеднике нет.