Капитан госбезопасности В. А. Лягин и руководимая им группа чекистов с первых дней оккупации г. Николаева легализовались, устроившись на работу на промышленные и военные объекты противника. Установив связь с подпольными группами и созданным обкомом партии «Николаевским центром», В. А. Лягин вскоре стал идейным руководителем подполья в городе. Для выполнения отдельных боевых заданий подпольщики привлекали более тысячи советских патриотов.[114] Деятельность этих руководителей подпольных организаций оказалась достаточно эффективной и получила высокую оценку — В. А. Молодцову и В. А. Лягину впоследствии посмертно было присвоено звание Героя Советского Союза.

В г. Киеве действовала разведывательная группа под руководством старшего лейтенанта госбезопасности И. Д. Кудри (Максима). С первых дней войны до своего ареста контрразведкой противника 5 июля 1942 года Максим развернул активную разведывательно—диверсионную деятельность.

В г. Людиново Калужской области все подпольщики (разведчики и резиденты) были подготовлены для деятельности в оккупированном городе начальником гораппарата НКВД сержантом госбезопасности В. И. Золотухиным. По мнению некоторых исследователей, людиновское подполье по своей значимости можно поставить на один уровень с «молодогвардейцами».[115]

Во взаимодействии с районными и местными партийными организациями органы государственной безопасности засылали партизанские отряды в тыл противника, включая в их состав опытных чекистов и радистов.[116] Организация партизанского движения стала одной из основных задач в деятельности органов госбезопасности СССР в годы Великой Отечественной войны и в первые шесть месяцев после ее начала.

Однако далеко не все группы и отряды действовали достаточно эффективно. Поэтому, несмотря на большую работу органов госбезопасности по развертыванию партизанской борьбы на временно оккупированной противником территории, Центр постоянно приказывал активизировать эту деятельность. Особенно отмечалась слабая работа по вовлечению в партизанскую борьбу местного населения.

11 сентября 1941 года директивой НКВД СССР «О мероприятиях по развертыванию партизанского движения» начальникам прифронтовых территориальных Управлений НКВД предлагалось: «Лично организовать работу по развертыванию партизанских действий в тылу противника, как путем укрепления существующих отрядов, так и формирования новых отрядов и групп из местного населения. В качестве организаторов и руководителей партизанских отрядов выделять тщательно отобранных, хорошо подготовленных и проинструктированных оперативных работников или лиц, эвакуировавшихся с территории, занятой противником, знакомых с местными условиями, располагающих необходимыми связями с населением. В качестве командиров партизанских отрядов назначать людей преданных, волевых, настойчивых. Предупредить командиров партизанских отрядов о необходимости пополнения отрядов в строго индивидуальном порядке, предварительно проверяя, не находится ли данное лицо в связи с немецкими властями. Продолжать отбор лучшей части бойцов истребительных батальонов для партизанских действий, формировать партизанские отряды и направлять их для подрывной работы в тылу врага. Особо тщательно подбирать состав для диверсионных групп. Помимо отбора честных, проверенных и смелых людей, стремиться подбирать тех, кто знаком с техникой. При подготовке их уделить внимание как работе с подрывными и зажигательными средствами, так и производству расчетов на разрушение и умение оценить жизненные части сооружений и агрегатов».[117]

Из этого документа видно, что Центр перед территориальными органами государственной безопасности ставил задачу напрямую заниматься развертыванием партизанских действий в тылу противника — как путем укрепления существующих отрядов, так и путем формирования новых отрядов и групп из местного населения.

К январю 1942 года вносятся изменения в деятельность органов безопасности на оккупированной территории. В связи с тяжелой обстановкой в тылу врага, морозами, отсутствием продовольствия и недостатком вооружения и боеприпасов значительная часть партизанских отрядов по решению Военных Советов фронтов вышла в советский тыл и была передана в ряды Красной Армии, а органы госбезопасности начали заниматься только разведывательно—диверсионной, контрразведывательной и боевой работой в тылу у врага.

Перед чекистами, действовавшими в тылу врага, были поставлены следующие задачи: проведение активной разведывательной и диверсионной работы; внедрение агентуры в разведывательные и контрразведывательные органы противника, выявление и пресечение подрывной деятельности вражеской агентуры; внедрение агентуры в административно—хозяйственные органы и полицейские аппараты оккупированных районов, выявление и активная борьба с предателями, изменниками Родины, немецкими пособниками; внедрение агентуры в созданные немцами различные антисоветские организации и карательные органы с целью разложения личного состава этих подразделений, перевода их на сторону партизан для борьбы с немецко—фашистскими захватчиками; организация контрразведывательной работы среди личного состава партизанских отрядов и бригад.[118]

Возможно, на подобное решение оказал влияние и текущий момент — эйфория у руководства страны от результатов Московской битвы, преувеличенные надежды на зимне—весеннее наступление 1942 года на широком фронте и освобождение оккупированных территорий, когда чекистам действительно пришлось бы решать в основном оперативно—агентурные задачи в тылу гитлеровских оккупантов.

Уже с самого начала развития партизанского движения профессионалы доказывали, что необходимо, по крайней мере, два действия со стороны Центра. Объединение руководства всех партизанских сил и направление деятельности чекистов на теснейшую связь с местным населением.

Так, 8 ноября 1941 года руководитель одного из созданных органами НКВД партизанского отряда,[119] выявив недостатки в руководстве партизанским движением, докладывал в Центр: «Чтобы превратить партизанское движение в могучую силу, необходимо: основывать работу партизанских отрядов на установлении тесной связи с местным населением; организовывать отряды так, чтобы в них были местные работники, знающие население и местные условия; выделить организаторов для работы среди населения по организации вооруженной борьбы; создать в тылу центр, который осуществлял бы общее руководство в работе отрядов; вооружить партизанские отряды радиосвязью».[120] Эти краткие рекомендации явились пророческими.

Несмотря на высокую активность всех органов государства по организации народного сопротивления на оккупированной территории, в первые месяцы войны партизанские формирования понесли наибольшие потери. Так, в Белоруссии к июню 1942 года осталось на связи менее 13 процентов отрядов, подготовленных и переброшенных в первые месяцы войны.[121]

На оккупированной территории Ленинградской области к сентябрю 1941 года действовало до 400 партизанских отрядов и групп общей численностью до 18 000 человек.[122] На 10 июня 1942 года на оккупированной территории Ленинградской области действовало 72 партизанских отряда (в том числе 48 отрядов, что составляло 12 процентов от числа 400 действовавших осенью 1941 г.). Значительно лучше обстояли дела у смоленских, брянских и калининских партизан, где через год осталось до 23–30 процентов отрядов и групп, переброшенных или оставленных при отходе.[123]