Это красноречивое послание было торжественно прочитано у гроба задушенного Малютою Скуратовым митрополита Филиппа, а затем мощи страдальца были подняты и вывезены из монастыря: сначала в лодке, причем Никон посетил островок Кий, где продолжал возвышаться поставленный им простой крест; из устья Онеги “шествие” достигло Белозерского Кирилова монастыря, а оттуда водою до Ярославля. Из последнего города мощи были доставлены на лошадях в Троице-Сергиевскую лавру, где их встретили казанский митрополит Корнилий и вологодский архиепископ Маркел с архимандритами, игуменами и духовенством. Шествие достигло Москвы только 9 июля, где было встречено при колокольном звоне духовенством и Алексеем Михайловичем со всем двором, а затем мощи были с подобающим торжеством положены на приготовленное место в Успенском соборе.

Между тем, за время отсутствия митрополита Никона в Москве совершилось важное событие: 15 апреля скончался патриарх Иосиф, почти неожиданно для всех, в четверг на страстной неделе, вскоре после перенесения праха патриарха Иова. Конечно, царь известил об этом своего “собинного друга” в очень пространном письме, в котором подробно описывал последние минуты умершего патриарха, а в заключение просил Никона молить Бога, вместе с отправившимся в Соловки юродивым Васильем Вавилом, который был раздавателем милостыни во время новгородского голода, чтобы Бог дал нового пастыря и отца. При этом Алексей Михайлович делает намек, что у него уже имеется на примете преемник патриарху Иосифу, и заканчивает письмо такими словами: “Ожидаем тебя, великого святителя, к выбору; того мужа три человека знают: я, да казанский митрополит, да мой духовный отец; сказывают: святой муж!” Трудно предполагать, чтобы Никон не догадывался, на кого метит царь; наивным вообще он никогда не был. Блюстителем патриаршего престола, в ожидании выборов, был назначен ростовский митрополит Варлаам, который и встречал мощи св. Филиппа. Когда церемонии были, окончены, состоялся духовный собор, на котором все знали желание царя видеть Никона патриархом. Оппозиция была, конечно, ожесточенной, так как духовенство знало, что наживет себе грозного хозяина, а боярство давно уже негодовало на чернеца за то, что он явно вмешивается в светские дела, к чему его поощрял сам царь. “Царь выдает нас митрополиту, – ворчали недовольные бояре, – никогда нам такого бесчестья не бывало”. Однако никто пока не смел выражать громко своих мыслей, опасаясь гнева самодержавного царя. Только партия приверженцев царского духовника Стефана деятельно хлопотала сделать его патриархом, но благоразумный протоиерей сам отклонил эту честь, о чем земляк Никона, протоиерей Аввакум Петров, пишет так: “По сем Никон, друг наш, привез из Соловков Филиппа-митрополита, и прежде его приезду духовник Стефан, моля Бога и постяся седмицу с братиею и я с ними тут же о патриархе, даже даст Бог пастыря ко спасению душ наших, и с митрополитом Казанским написав челобитную за руками, подали царю и царице о духовнике Стефане, чтобы ему быть в патриархах. Он же, не восхотев сам, и указал на Никона-митрополита. Царь его и послушал. Егда же приехал, с нами яко лис, челом да здорово: ведает, что быть ему в патриархах и чтобы откуля помешка какова не учинилась. Много о тех кознях говорить”.

Избиратели держались установленных правил и, согласно уставу, назначили двух кандидатов: Никона и его бывшего учителя в Макарьевском монастыре, иеромонаха Антония; жребий пал на Антония, но последний, сознавая свою старческую немощь, не желал препятствовать бывшему ученику своему и добровольно отказался от высокой чести. Тогда волею-неволею, скрепя сердце, избиратели стали просить новгородского митрополита. У 47-летнего мордвина был, конечно, свой вполне сложившийся взгляд на вещи и свое понимание о власти и значении патриаршего сана; принимать такое место среди затаенного недовольства без оговорок было немыслимо, и потому Никон стал отказываться. Несколько дней продолжались переговоры, и в дело вмешался Алексей Михайлович, тем более, что и блюститель патриаршего престола, ростовский митрополит Варлаам, скоропостижно скончался в день встречи мощей, 9 июля. После богослужения в Успенском соборе 22 июля царь, окруженный боярами и многочисленным народом, перед мощами митрополита Филиппа стал кланяться Никону в ноги и со слезами начал умолять о согласии быть всероссийским патриархом. Несколько времени Никон все-таки отказывался. “Простершись на земле и проливая слезы со всеми окружающими”, Алексей Михайлович снова стал умолять его не отказываться от избрания, тогда Никон громко спросил:

– Будут ли меня почитать как архипастыря и отца верховнейшего и дадут ли мне устроить церковь по моему намерению?

Царь, а за ним духовные и светские власти поклялись исполнить его желание, и тогда Никон дал свое согласие на избрание. 25 июля состоялось торжественное венчание его казанским митрополитом Корнилием на всероссийское патриаршество в присутствии царя, бояр и духовенства.

Под влиянием даровитого и энергичного патриарха Филарета, деда Алексея Михайловича, носившего наравне с сыном Михаилом Федоровичем титул Великого Государя, в русском народе сложилось мнение, что патриарх есть “второй государь, первого государя больший”; наконец сам Алексей Михайлович не допускал даже сравнения между “царем земным и великим светильником, прославленным Богом”. Все эти воззрения были хорошо известны Никону, который, по своему складу убеждений, вполне соглашался, что духовный представитель Бога должен быть выше светского представителя, и с этими взглядами он и принял высший духовный сан. Он видел непорядки в русской церкви, его честность не выносила тунеядцев и малограмотных священников, ему ненавистна была лень, он замечал, что обряды церковные изменены по невежеству, – и все это ему хотелось изменить, исправить и улучшить. Вот причина его условий боярам и царю.

В бытовой жизни русского народа замечается много таких проявлений, которые показывают, что он не только принял церковные и религиозно-обрядовые учреждения, заимствованные из Византии, но также добровольно увеличил круг и объем их своими собственными религиозными установлениями. Факт этот, указывая на народную самодеятельность в области религии, в то же время открывает еще то, что в древнейшей культуре наших предков хранилось много нравственных задатков и обычаев, которые более или менее совпадали и легко мирились с христианскою обрядностью. Этим, вероятно, возможно отчасти объяснить то историческое явление, что христианская вера вводилась у северных славян без потрясений и почти без противодействия. Кроме икон, принесенных греками в Киев еще до св. Ольги и никогда не возбуждавших в России тех споров иконодулов с иконокпастами, какими прославился Константинополь, большим почитанием пользуется у русского народа крестное знамение. С ним русский человек начинает день, выходит из дома, принимается за всякую работу, начертывает его на строениях и вещах, им благословляет всякую пищу и питье; одним словом, русский человек творит крестное знамение при всех обстоятельствах жизни. Нет сомнения, что знамение креста, принесенное первыми проповедниками христианства, слагалось из трех перстов, как оно практиковалось на Востоке с первых веков апостольских. Когда и при ком стали креститься двумя перстами, представляет пока неразрешенный вопрос, но переход от троеперстия к двуперстию объясняется легко историческою обособленностью русских от греков и указанною выше народною самодеятельностью. Нашествие монголов следует считать тою гранью, на которой должна была вполне совершиться замена. До появления Батыя русские князья вступали в брак с византийскими принцессами: в 988 году св. Владимир женился на Анне, дочери императора Романа II, и при ней утвердил христианство в России; внук его, Всеволод I Ярославич, женился в 1046 году на Анне, дочери императора Константина XI; правнук его Святополк II Изяславич женился в 1079 году на Варваре, дочери императора Алексея I Комнина; наконец, Юрий I Долгорукий женился на Ольге, дочери императора Иоанна II Комнина в конце первой половины XII века. Так как нашими летописцами были только духовные лица, то очевидно, что если бы византийские принцессы замечали в России уклонения от родных обрядов, то об этом было бы занесено в летописи. Кроме того, полоцкая княжна св. Евфросиния (скончалась 23 мая 1173 года) и великий князь Всеволод III Юрьевич (скончался 14 апреля 1212 года) лично были в Византии и в Иерусалиме, но никто не заметил им неправильного перстосложения. Очевидно, оно утвердилось позднее, когда Киев потерял свое политическое значение и его митрополит был только номинальным главою северной Руси.