Тем временем в Москву приехал упомянутый уже раньше иерусалимский патриарх Паисий и открыто заметил, что в русской церкви он находит немало нововведений, которых не было и нет в восточных церквах. По настоянию Никона, смущенного этими разоблачениями, но не доверявшего вполне греку, келарь Арсений Суханов поехал за справками на Восток. Пока Суханов ездил по Греции, Сирии, Палестине, Египту и Грузии, Москву посетил константинопольский патриарх Афанасий и почти слово в слово повторил обвинения Паисия, особенно относительно двуперстия и произвольного искажения богослужебных книг. Патриарх Иосиф сильно встревожился и не знал, что делать, так как два патриарха обвиняли его чуть не в ереси; посольство охридского патриарха высказалось в том же духе, а афонские монахи даже сожгли богослужебные книги московской печати, как не согласные с чином православного богослужения. Такой поступок уважаемой всеми обители заставил Иосифа окончательно пасть духом, так как восточные церкви могли потребовать от Алексея Михайловича низложения патриарха, вводящего ересь, а корыстолюбивому старцу было, конечно, страшно потерять патриаршие доходы.

Быстрая кончина избавила его от душевных страданий, и царю было немало хлопот лично произвести опись имущества покойного, так как списков дорогим материям, серебряной посуде, дорогому оружию и другим вещам не было и патриарх лично заведовал всем, не допуская келейников. “Прости, – писал Алексей Михайлович Никону в Соловки, – владыка святой, и половины не по чем отыскать, потому что все без записки; не осталось бы ничего, все бы разокрали, да и в том меня, владыка святой, прости, немного и я не покусился иным сосудом, да милостью Божией воздержался и вашими молитвами святыми. Ей-ей, владыка святой, ни маленькому ничему не точен”. Оказалось, что “свет-патриарх” не по-христиански обращался со своими подчиненными: “Все вконец бедны, и он, свет, жалованья у них гораздо убавил”, – сообщает царь в том же письме Никону. Легко понять, что патриарх Иосиф не был единичным явлением среди духовенства, которым он управлял десять лет; почти повсеместно замечалось то же самое: многие священники и епископы как-то ухитрялись сочетать набожность, уважение к букве церковного закона, даже подвижничество с алчностью, корыстолюбием, лихоимством и сластолюбием. Аввакум Петров, назначенный Алексеем Михайловичем протоиереем в Юрьев-Повольский, пробыл в городе всего восемь недель и так вооружил против себя народ, что его избили до полусмерти батогами, и воевода едва спас, прибежав с пушкарями к скопищу, его самого и семью. Ночью Аввакум бежал в Кострому; оказалось, что и с тамошним протоиереем народ вынужден был поступить одинаково, и Данила также тайком бежал. Оба нашли приют у Вонифатьева и попали в справщики книг.

Переход от патриарха Иосифа к патриарху Никону был очень резок, и это все сознавали, начиная с самого Никона. Он ясно видел положение русской церкви, дошедшей вследствие национального самомнения и исторической обособленности до состояния, которое восточные ревнители православия прямо называли ересью. Он видел, что русское духовенство довело себя до такого состояния, что рядом с традиционным уважением к священнику и монаху того и другого поколачивали без милосердия, обращались с ними презрительно, не видя в них ничего заслуживающего почтения. Лихоимство, тунеядство и распущенность нравов сделались обычным явлением среди духовенства, не говоря уже о почти повальном невежестве и малограмотности, доводящих до искажения церковных обрядов. Из-за всего этого истинной религиозности почти не стало, ее заменило какое-то казенное благочестие, состоящее в возможно точном исполнении внешних обрядовых приемов, которым приписывалась символическая сила, дарующая Божью благодать; буква искаженного подчас обряда давно уже камнем лежала на русской духовной жизни, лишая последнюю внутреннего смысла и содержания. “Чтобы получить то-то и то-то, надобно сделать то-то и то-то”, – вот коммерческая формула, в которую отлилась религиозная идея русского человека XVII века. А рядом с этим пробуждалось сознание, что духовенство как служитель и представитель Бога на земле должно быть безукоризненно, должно пользоваться общим уважением и должно быть ограждено от произвола светских властей и насилия прихожан над своею личностью. Сильный толчок в этом направлении дан был патриархом Филаретом; не только духовенство, но и светские лица сознавали ясно, что со вступлением его в управление церковью, и в управление самодержавное, без опеки бояр и приказных, дела пошли лучше и многие безобразия и беспорядки прекратились. Духовный Великий Государь как вдохновитель и руководитель стал вмешиваться в государственные дела, и в них появилось улучшение; политический организм, расшатанный в смутное время, снова окреп и сплотил народ вокруг самодержавного светского Великого Государя.

Все это сознавал Никон. Он видел, что преемник Филарета унизил достоинство патриарха до такой степени, что Алексей Михайлович вынужден был как бы оправдывать покойного перед его прислугою: “Есть ли из вас кто-нибудь, кто бы раба своего или рабыню без дела не оскорбил? Иной раз за дело, а иной раз, пьян напившись, оскорбит и напрасно побьет; а он, великий святитель и отец наш, если кого и напрасно побил, от него можно потерпеть, да уж что бы ни было, так теперь пора всякую злобу покинуть. Молите и поминайте с радостью его, света, елико сила может”. А между тем, патриарх Иосиф многим был по душе, поддерживая малограмотных, тунеядцев, но приносящих дары. Никон понимал, что его предшественник дискредитировал патриарший сан не только в русском государстве, но и за пределами его; очевидно, что он не мог даже желать идти по его следам. Его идеалом был Филарет, он хотел из уважения к принятому сану быть Великим Государем над церковью, которой он отдал лучшие годы своей жизни и величие которой всегда составляло его задачу. Ревностно и с обычною ему суровою энергиею принимаясь за дело достижения единообразия в церковной обрядности, он логически должен был сделаться борцом за независимость и верховность своей патриаршей власти. Будь Алексей Михайлович менее податливым на выслушивание придворных сплетен и не попадись Никону на дороге кучка тупоголовых изуверов, трудно сказать, какова могла бы быть дальнейшая история России. Самому же Никону не доставало научного образования, чтобы смелее и увереннее вести задуманную реформу, и житейской изворотливости, чтобы ладить и держать в руках темную клику Салтыковых, Стрешневых, Морозовых, Трубецких, Одоевских, Долгоруких и других. Чересчур прямолинейный по характеру Никон не мог и не умел лукавить и вести дипломатическую игру с теми, чье дело, по его мнению, было повиноваться, а не умничать.

25 июля 1652 года сын крестьянина Мины вступил в управление Всероссийским патриархатом. Следуя обычаю, издавна установившемуся среди высших иерархов русской церкви, первым делом его было основать для себя новый монастырь и прославить его новою святынею. Для этой цели Никон выбрал намеченный им раньше островок на озере Валдай и назвал новоучреждаемую обитель Иверским Богородичным монастырем в честь Иверской Божией Матери, икона которой находится в афонском Иверском монастыре с 31 марта 999 года. В то же время он отправил знающего человека на Афон, с согласия иверского архимандрита Пахомия, гостившего в Москве, сделать точную копию Иверской иконы и, когда каменная церковь была построена, поставил в ней эту икону, украсив ее золотом и драгоценными каменьями. Вместе с тем Никон перенес 23 ноября в новый монастырь мощи преподобного Иакова, чудотворца Боровичского (скончался 22 мая 1544 года). Таким образом, новооснованная обитель сделалась предметом двойного поклонения; вскоре пошли слухи о совершающихся в ней чудесах и исцелениях. Алексей Михайлович, сочувствуя доброму делу “собинного друга” и желая поддержать его, приписал к Иверскому монастырю пригород Холм с крестьянами, деревнями и угодьями. Затем Никон перенес сюда из Хутынского Спасо-Варлаамиева монастыря типографию, заведенную им еще в 1650 году, в бытность новгородским митрополитом; здесь были напечатаны, между прочим, “Учебный часослов”, “Рай мысленный” Стефана Святогорца и произведения самого Никона: “Сказание об Иверской иконе”, “Сказание о созидании Онежского Крестного монастыря”, “Поучение к духовным и мирским”, “Канон молебный о соединении веры”, “Книга кормчая”, “Поучение о моровом поветрии”, “Пища духовная” и другие.