Московское правительство пришло, однако, в недоумение, когда узнало о мятежах в двух важнейших городах севера; под влиянием Алексея Михайловича, не расположенного к очень крутым мерам, решено было прибегнуть к полумерам. Князь Иван Никитич Хованский был отправлен с небольшим войском, а в ответе на челобитье новгородцев слышалась властная, строгая нота. Челобитчики, отправленные Жегловым к царю, привезли бумагу, в которой сочиняли, что посланник Граб сам напал со свитою на горожан, что митрополит жестоко терзает духовных и светских лиц, вымучивая у них деньги, что он совершает на миру великие неистовства и смуты; затем Жеглов просил, чтобы государь не велел отпускать за границу денег и хлеба, так как носится слух, будто шведы намерены, взяв государеву казну, нанять на нее войско и идти войною на Новгород и Псков. В своем ответе самолюбивый, но добродушный Алексей Михайлович сначала строго укоряет новгородцев за мятеж и произведенные насилия над иноземцами и своими, потом указывает на неуместность их вмешательства в действия правительства, заявляя, что он “с Божьею помощью знает, как править своим государством”, но затем снисходит до объяснений, зачем нужно было отпускать хлеб, доказывает, что невозможно запретить, как они просили, продажу хлеба за границу, потому что тогда и шведы не повезут к русским своих товаров, следовательно, государству произойдет оскудение. Наконец, желая сделать приятное новгородцам, царь объявляет, что, согласно их жалобам на воеводу князя Хилкова, он сменяет его, а вместо него назначает князя Юрия Петровича Буйносова-Ростовского. Такой ответ не удовлетворил мятежников, хорошо видевших слабость князя Хованского; они не пустили его даже в город, так что князь, не желая вызывать раздражения, остановился в десяти верстах от Новгорода, у Хутынского Спасо-Варлаамиевского монастыря. Здесь он получил наказ от царя: не пропускать никого в город и уговаривать мятежный народ покориться царской воле.
Такому распоряжению новгородцы были обязаны отчасти митрополиту, которого они обвиняли в лихоимстве и самодурстве. Когда он стал поправляться от побоев, пришло письмо от Алексея Михайловича, в котором последний одобрял поведение своего “собинного друга”, хвалил его за крепкое стояние и страдание во имя государственной идеи и выказывал свое благоговение к его подвигу. Между тем, оскорбление, нанесенное лично ему, поулеглось в душе Никона, и, практичный умный человек, он хладнокровно обдумал весь ход событий; он понял, что новгородцы были в большинстве своих требований правы, и поэтому, посылая ответ царю-другу, высказался прямо и откровенно, что с мятежниками следует поступить кротко и выразить прямо царское прощение. Прошло несколько дней после прибытия князя Хованского, а уже в самом Новгороде возник разлад: число сторонников Жеглова, стоявшего за крайние меры, видимо уменьшалось, а партия зажиточных людей, стоявших за центральное правительство, все росла и крепла. Среди отчаянных крикунов, горланов-зачинщиков появились такие, которые выжидали только удобной минуты, чтобы бросить начатое дело и подумать о спасении собственной головы. Наконец, какой-то Негодяев, сотоварищ Жеглова по управлению, бежал ночью к князю Хованскому и от него отправился в Москву, где получил прощение, и на свободе занялся доносами на новгородского митрополита, которым никто даже не поверил. Пример Негодяева произвел впечатление на народ, и уже в конце апреля царский воевода вошел в усмирившийся город. Первым делом он велел казнить посадского Волка, зачинщика нападения на датское посольство, что и было выполнено немедленно; затем все народное правительство с 218 посадскими коноводами было арестовано до приказаний из Москвы. Сначала московские власти решили казнить зачинщиков восстания, с Жегловым во главе, но потом отменили этот приговор, желая мягкостью повлиять на псковичей; а во Пскове благодаря земскому старосте Гавриле Демидову волнения прекратились только в августе.
Миновал тяжелый 1650 год, и все вошло в свою колею. Созванный в октябре 1649 года земский собор утвердил “Уложение”, состоящее из 25 глав, и новый свод законоположений вступил в действие. Здесь были выписки из правил апостолов и святых отцов, из гражданских законов Кормчей книги, составленной в Византии, собраны были указы прежних государей и боярские приговоры, наконец, составлены статьи закона по предметам, не предусмотренным раньше. Получился свод уголовных законов, вошли дела об обидах, полицейские распоряжения, правила судопроизводства, правила о вотчинах, поместьях, холопах и крестьянах, устройство и права посадских, права всех сословий вообще, определяемые размером бесчестия. “Уложение” впервые на Руси узаконило права государевой власти, обратив в постановление то, что существовало прежде только по обычаю и по произволу; с этих пор узаконяется страшное государево “слово и дело”, пугавшее русских людей сто лет. Новгородский митрополит не принимал участья в создании нового законодательства и даже смотрел на него косо, но пока молчал, так как “Уложение” не затрагивало его прав и его личности. Пришла зима, и он снова съездил в Москву повидаться с царем, который принял его очень дружески, уважая его непоколебимую верность и самоотверженность. Несмотря на глухую вражду бояр и патриарха, положение митрополита оставалось непоколебимым, так как Алексей Михайлович вполне верил ему. В следующий свой приезд Никон отправился, по желанию царя, с патриархом Иосифом в Саввин-Сторожевский монастырь, близ Звенигорода, чтобы присутствовать при открытии мощей преподобного Саввы, скончавшегося 3 декабря 1407 года. Торжество состоялось 19 января 1652 года при стечении духовенства, в присутствии Алексея Михайловича и всего двора; по окончании церемонии открытия мощей царь угостил всех собравшихся и с “собинным другом” возвратился в Москву. Пользуясь удобным случаем, Никон, всегда заботившийся о величии церкви, явился с предложением перенести мощи митрополита Филиппа из Соловецкого монастыря в Москву. Дело было серьезное, так как оно должно было внушить народу мысль о первенстве церкви и о правоте ее, а вместе с тем обличить неправду светской власти, произвольно посягнувшей на права церковной. Ввиду развития идеи самодержавия со времени Ивана IV Грозного, венчавшегося царским венцом 25 августа 1547 года, царю Алексею следовало отклонить предложение Никона, но он вполне доверял своему другу, который напомнил ему при этом эпизод из византийской истории, когда императрица Евдоксия-Элия изгнала Иоанна Златоустого и тот умер в Комане в 407 году; тогда сын Евдоксии, император Феодосии II, чтобы исходатайствовать у Бога прощение для грешной матери, перенес мощи великого иерарха 27 января 438 года в патриаршую усыпальницу в Византии. Разделяя мысли Никона, Алексей Михайлович рассказал в свою очередь, что ему во сне уже являлся митрополит и велел перенести его мощи туда, где почивают прочие митрополиты. С этой стороны вопрос был решен.
Восхищенный царь, воображение которого заранее пленялось торжественностью церемоний, которые должны были сопровождать религиозное событие, желал оформить задуманное и созвал духовный собор. 20 марта 1652 года состоялось постановление собора, открывшегося под председательством патриарха Иосифа; епископы, не находя в желании царя ничего противозаконного и противоканонического, легко согласились на перенесение мощей митрополита Филиппа, а также на перенесение останков патриарха Иова из Старицы и патриарха Гермогена из Чудова монастыря в Успенский собор. Собор просил государя “исполнить сие благое предприятие, яко же восхощет”. За Филиппом был отправлен в начале апреля Никон, который прибыл в Соловецкий монастырь 3 июня; десять лет не был он в обители, куда поступил простым монахом, а теперь являлся в качестве митрополита, с важным поручением от царя и собора. Никон поехал не прямо из Москвы, а сначала побывал в Новгороде, но все время поддерживал деятельную переписку с Алексеем Михайловичем, который извещал его обо всем, что совершалось в его отсутствие. В Соловецкий монастырь Никон прибыл с грамотою от царя к покойному митрополиту.
