Дело в том, что Никон был настолько прямолинейным в своей деятельности, что, сознавая себя подданным и другом Алексея Михайловича, согласовывался только с желаниями последнего, не считая нужным обращать внимание на Морозова, на Иосифа и на бояр-рюриковичей, усиливших свое значение при дворе со времени вступления на престол Михаила Федоровича и разнуздавшихся после смерти умного и энергичного патриарха Филарета. Никон был при дворе homo novus[4], без традиций надменного боярства, а потому в наивном неведении не считал нужным примыкать к кучке себялюбцев, сознавая при этом вполне справедливо, что в этой кучке немало нравственных ничтожеств. Основываясь на этом, митрополит, исполняя волю царя, посещал новгородские тюрьмы, расспрашивал заключенных, принимал от них жалобы, доносил суть жалоб Алексею Михайловичу, наконец, вмешивался в распоряжения наместника или воевод, давал по их поводу те или другие советы, и царь всегда слушал его. В своих письмах к Никону царь искренно величал его “великим солнцем сияющим”, “избранным крепкостоятельным пастырем”, “наставником душ и телес”, “милостивым, кротким и милосердым”, “возлюбленником своим и содружебником”, и так далее; беседуя откровенно с отсутствующим, царь поверял ему свое тайное мнение о том или другом боярине или придворном. Конечно, окольными путями содержание переписки делалось известным, и вот против “интригана-монаха” стали вооружаться все эти Морозовы, Салтыковы, Стрешневы, Трубецкие, Одоевские и другие, не говоря уже о подчиненных им лицах, которым хуже всех приходилось от зоркого и проницательного глаза “выскочки-чернеца”. Сохранилось сообщение, что многие из московских бояр выражались, будто они согласнее погибать в новой земле за Сибирью, чем быть с новгородским митрополитом; таких было, конечно, мало. В самом Новгороде серьезный энергичный наставник самого царя из Москвы не мот быть симпатичным для бунтовских новгородцев, которым всегда зависимость от Москвы казалась не особенно удобною; а Никон не имел ничего общего ни с буйными обитателями “концов” городских, ни с прошлым города. Духовенство новгородской митрополии было очень недовольно назначением Никона, так как многие уже раньше знали его строгость и взыскательность. Несмотря на набожность того времени, набожность чисто внешнюю, показную, богослужение совершалось крайне безобразно и нелепо: сократить чин литургии считалось грехом, пропустить что-нибудь – тоже, а выстаивать по несколько часов не хотелось никому, поэтому для скорости одновременно читали и пели разное, так что присутствующие редко что понимали. В Кожеозерском и Новоспасском монастырях этого уже не было; прибыв в Новгород, Никон сам совершал богослужение с большею точностью, правильностью и торжественностью и требовал того же и от подчиненного ему духовенства. Очень естественно, что такое распоряжение митрополита не нравилось никому, потому что на это приходилось тратить больше времени, а русские, даже и в то время, считали необходимостью бывать в церкви, но не любили оставаться там долго. Никона возмущала эта коммерческая сделка с совестью, и он властно взялся за ленивых и подчас едва грамотных священников, не обращая внимания ни на родство, ни на связи, ни на лета. Заботясь о благолепии храма, митрополит велел обучить певчих киевскому напеву, который он слышал, вероятно, у боярина Федора Михайловича Ртищева, а затем ввел в богослужение пение на греческом языке, пополам со славянским. Зимою 1649 года Никон по обыкновению приехал из Новгорода в Москву, сопровождаемый своими певчими, и Алексей Михайлович пришел в восторг, услышав преобразованное пение, но нашлись, конечно, лица, которые с резким порицанием отнеслись к нововведению; во главе таких порицателей был сам патриарх. Собор 1651 года одобрил нововведение митрополита.
Между тем, еще в бытность Никона архимандритом, он был свидетелем мятежа москвичей, выведенных из терпения лихоимством Морозова, Милославского, Плещеева, Траханиотова, Чистова и других. Мятеж вспыхнул 25 мая 1648 года. Плещеев и Чистов были заколочены палками, Траханиотова казнили, и царь едва отстоял жизнь Морозова, упрашивая народ со слезами на глазах: “Пусть народ уважит мою первую просьбу и простит Морозову то, что он сделал недоброго; мы, Великий Государь, обещаем, что отныне Морозов будет оказывать вам любовь, верность и доброе расположение, и если народ желает, чтобы Морозов не был ближним советником, то мы его отставим; лишь бы только нам, Великому Государю, не выдавать его головою народу, потому что он нам как второй отец: воспитал и возростил нас. Мое сердце не вынесет этого”. Уже 16 июля 1648 года Алексей Михайлович собрал особое заседание из бояр, окольничих, думных и духовных лиц, чтобы привести в порядок расшатанное законодательство, и с этою целью была избрана комиссия из князей Никиты Ивановича Одоевского, Семена Васильевича Прозоровского и Федора Федоровича Волконского да из дьяков Федора Грибоедова и Гаврилы Леонтьева, чтобы составить “Уложение”; соляная пошлина была уничтожена еще 16 января, в день свадьбы царя с Марьею Ильиничной Милославскою, а вслед за избранием комиссии прекращена казенная продажа табака, соблазнявшая благочестивых ревнителей православия, и заготовленный табак был сожжен по приказанию царя. Таким образом, мятеж окончился вполне удачно для восставших в Москве, а потому нашлись охотники повторить его в других городах, где режим Морозова держался пока в силе; действительно, мятежи повторились в Сольвычегодске и Устюге, но скоро были усмирены. Серьезнее разыгрались страсти во Пскове и Новгороде, где многочисленное и богатое торговое сословие было до крайности раздражено данными английским купцам привилегиями и обирательством дьяков.
Началось во Пскове. 28 февраля 1650 года ограбили шведского агента Нумменса и “гостя” Емельянова, затем выбрали свое управление из посадских и отправили челобитчиков в Москву; архиепископ Макарий и воевода Собакин оказались бессильными усмирить народ. Между тем, известие о псковском восстании быстро достигло Новгорода, где народ сильно роптал на появление царских бирючей, которые объявляли на торговых площадях, чтобы новгородцы покупали хлеб только в небольших количествах. Поднялся общий крик, что царь ничего не знает, что всем управляют бояре, которые отпускают за море казну и хлеб в ущерб русской земле. Посадский Елисей Лисица 15 марта воспользовался приездом датского посланника Граба, велел ударить в набат, и мятеж, по-тогдашнему “гиль”, начался тем, что толпы бросились грабить и бить посольство и местных богачей. Митрополит Никон и воевода князь Федор Андреевич Хилков пытались укротить мятеж, но сил у них было мало, а некоторые из служилых, боярские дети и стрельцы перешли на сторону мятежников. Толпа освободила митрополичьего приказного Ивана Жеглова, посаженного под арест Никоном, и Жеглов на другой же день создал народное правительство из девяти человек, в числе которых, кроме посадских, был стрелецкий пятидесятник и подьячий. Энергичный Жеглов принудил большинство новгородцев составить приговор и целовать крест на том, чтобы “всем стать заодно, если государь пошлет на них рать и велит казнить смертью, а денежной казны и хлеба не пропускать за рубеж”. Служилые люди, не желавшие присоединяться к мятежникам, принуждены были к тому силою. Озлобление митрополита Никона при таких обстоятельствах становится вполне понятным: своевольный народ не только не внял увещаниям его, архипастыря, но становился ослушником царской воли; не признавая полумер и считая неприличным идти на уступки, митрополит попытался образумить мятежников духовным оружием и произнес проклятие над всеми непокорными. Эта мера не принесла пользы, потому что строгость и суровые меры Никона давно вооружили против него новгородцев, видевших, что он заступается за злодеев и грабителей.
Когда он вышел уговаривать народ, искавший спрятавшегося князя Хилкова, то зачинщики кинулись на него и, не обращая внимания на святительское облачение, исколотили его до полусмерти; дворовые служители отнесли Никона в келью почти полумертвого. “И ныне, – писал он царю, – лежу в конце живота, харкаю кровью, и живот весь распух; чаю скорой смерти, маслом соборовался”. В этом же письме Никон серьезно передает подробности о видении, явившемся ему после побоев в бреду: ему представился золотой царский венец сперва над головою Спасителя на образе, а потом над своей собственной; как сын своего века вельдемановский мордвин верил в сверхъестественное.