В 1566 году Яков Строганов едет в Москву и от имени отца и братьев «бьет челом» Ивану IV с просьбой взять их городки с промыслами в опричнину. Грамотой от 16 августа того же года Строгановы «по челобитью Аники Федоровича и его сыновей» были приняты в опричнину. Своевременное ходатайство Строгановых, доказавшее их верность царю, стало непосредственным поводом к его новой милости. В 1568 году жалованная грамота Ивана IV присоединяет к владениям Строгановых земли «по реке Таболу» в Сибири. Эта грамота была прислана уже на имя старшего Аникиева сына – Якова.
За этой дарственной грамотой стояли важные хозяйственные, политические и военные расчеты хитроумного царя. Благоволение Ивана Грозного к Строгановым объясняется не только умением последних лучше других купцов поставлять нужные двору товары, но и их важными военными и политическими услугами по укреплению и расширению границ Русского государства. Известно, например, что Строгановы в трудный момент набега крымских татар на Москву послали к границе, к Серпухову, на государеву службу за свой счет отряд в тысячу казаков с пищалями и всем необходимым припасом. На приобретенных сибирских землях Строгановы развивают, как и в пермских своих владениях, соляные, рыбные, рудные промыслы, хлебопашество, заселяют их русскими крестьянами, которые приносят в Сибирь более высокий уровень хозяйственной культуры.
Уже при Анике Строгановы сумели создать крупное торгово-промышленное дело, выражавшееся не столько в деньгах, сколько в товарах. Основу же их богатства составляли, прежде всего, земельные вотчины. Голландские путешественники Масса и Витзен в своих сообщениях постоянно говорят об «Анике, богатом землею», «страшное богатство» которого выражается в факте скупки «многих земель». Его наследникам в одном лишь Сольвычегодске к 1577 году принадлежали, помимо 10 соляных варниц «на полном ходу», почти все земли с деревнями вокруг города, земельные владения в соседнем Устюжском уезде, ряд островов по реке Вычегде, деревни вниз по Вычегде и по обеим сторонам Двины «с лесами и с угодьи по купчим и по порядным, и по крепостям».
Иван IV. Гравюра XVI века
Обширное хозяйство Аники Строганова и его сыновей требовало соответствующего аппарата для организации транспорта, складских помещений и пунктов по обмену и продаже товаров в различных районах страны. Аника уже довольно рано, не ограничиваясь близлежащими поморскими рынками, организовал ряд пунктов для сбыта своих товаров как в столице, так главным образом и в приокских и приволжских посадах. Деловые записи 1577 года о разделе его имущества между сыновьями и внуками дают картину хорошо и давно налаженной сети торговых агентов по транспортировке и распределению строгановских товаров, имеющейся в Вологде, Великом Устюге, Москве, Коломне, Калуге, Переславле-Залесском. Позднее такая сеть была создана в Рязани, Твери, Нижнем Новгороде, Казани и в некоторых других центрах.
Организация этого сложного хозяйства требовала большого числа работников. К моменту смерти Аники у него в Сольвычегодске находилось свыше 600 человек дворовых людей. Многолюдным было и население пермских вотчин. Кроме Сольвычегодска и пермских вотчин, у Строгановых имелись люди в городах, где находились «торгово-агентурные конторы». По некоторым подсчетам, численность людей, обслуживавших хозяйство Аники Строганова, могла составлять 2500–3000 человек. Столько же насчитывалось сезонных транспортных рабочих, грузчиков, дровосеков и т. п. В целом, в хозяйстве Строгановых было занято не менее 5000–6000 человек, бывших или крепостными, или наемными людьми.
Во время освоения окраинных территорий Приуралья Аника Строганов стремился заручиться поддержкой церкви, ставшей одной из опор строгановского освоения земель, где проживало коренное, нехристианское население. «Устроение» церквей и их украшение стало одной из главных задач Строгановых. Для этого они не жалели ни сил, ни средств. Во времена Аники Федоровича у Строгановых в Сольвычегодске еще не появились свои иконописные мастерские. Их возникновение и развитие относится уже ко времени самостоятельной деятельности сыновей и внуков Аники. Однако уже и сам он в приобретение икон вкладывал значительные средства. Все иконы были в золотых и серебряных окладах, украшенных драгоценными камнями и жемчугом.
Жемчуг добывали на реке Иксе, близ Сольвычегодска, и около хозяйских хором в Сольвычегодске, на «жемчужном» строгановском озере, где искусственно разводили жемчужные раковины. Во главе этого жемчужного промысла, как говорили в народе, стоял «немец, доктор и аптекарь», и очень возможно, что это был кто-то из пленных иностранцев, выкупленных Аникой Федоровичем из московской тюрьмы. Приобретались «от заезжих греков в Москве и дорогие киоты, резные кипарисные, и божницы, частицы мощей». Все это требовало расходов, на которые без разговоров шел обычно прижимистый и не склонный к расточительству хозяин.
Аника Строганов прожил долгую по тем временам жизнь – более 70 лет. От двух жен он имел 13 детей, из которых большинство умерло в младенчестве, а не вышедшие замуж дочери пострижены в монахини. Три его сына – Яков, Григорий, Семен и их потомство составили сольвычегодскую ветвь Строгановых, сохранившую семейное дело и богатство. Рассказывают, что незадолго до смерти Аника благословил своих сыновей, напомнил им о «союзе братском». Похоронен он в своем родовом гнезде – в Сольвычегодске. Смерть основателя сольвычегодской и пермской вотчин была отмечена многочисленными и богатыми вкладами его сыновей в монастыри.
Со смертью Аники в управление обширными сольвычегодскими и пермскими вотчинами вступили его сыновья, которые сразу же произвели раздел. Известно, что при этом происходила борьба из-за богатств Аники Федоровича. «Союза братского», как завещал отец, не получилось. При разделе «своровал» Семен Аникиевич. В чем выразилось это «воровство», неизвестно. Но, видимо, «своровал» так крупно, что обиженные братья – Яков и Григорий – пожаловались правительству, которое в 1573 году «июня 27 прислало царскую грамоту» с распоряжением «выдать им брата их Семена головою со всем его животом и с его людьми». Поэтому семейный раздел был заново произведен «по распоряжению царской грамоты… сольвычегодскими посадскими людьми из местных солепромышленников и богачей – Леонтием Пырским и Семеном Клисовым сыном Просужева».
Вмешательство правительства в семейную ссору братьев объясняется его заинтересованностью в делах строгановских вотчин. Строгановы были не просто рядовыми вотчинниками, но своего рода агентами правительства на восточных рубежах в Приуралье. Поэтому то, что происходило в пермских вотчинах у Строгановых, правительству было далеко не безразлично. Семен Строганов на некоторое время был отстранен от управления вотчинами, но уже к 1577 году вернул доверие правительства и возвратился к делам своего хозяйства.
Яков и Григорий Аникиевичи больше времени проводили в пермских вотчинах, подолгу пребывая в городках Орле и Нижне-Чусовском. Семен Аникиевич после опалы принял на себя управление сольвычегодской вотчиной и безвыездно жил в Сольвычегодске в своих хоромах у Благовещенского собора, в то время еще строившегося. Старшие братья Яков и Григорий Аникиевичи Строгановы умерли один за другим в 1577 и 1578 году. Еще ранее, в 1575 году, в одной из своих деловых поездок был убит старший сын Якова Аникиевича – Григорий Яковлевич Строганов. Вместе с ним были убиты «разбойниками» (скорее всего, мстившими ему разоренными посадскими) дворовые люди, приказчики, сопровождавшие своего хозяина, а также жена Ананья и сын Яким. Таким образом, с 1578 года в самостоятельное управление вотчинами вступают племянники Семена Аникиевича – Максим Яковлевич и Никита Григорьевич Строгановы. Первому из них был 21 год, а второму – всего 16 лет.
Главным центром управления всеми вотчинами Строгановых после смерти Аники Федоровича остается Сольвычегодск. Он, кроме того, служит основной базой военного снабжения городков пермской вотчины. Яков, Григорий и Семен Аникиевичи, а позже Семен Аникиевич со своими племянниками – Максимом и Никитой строят в городе величественный Благовещенский собор со сложной системой «подпапертных мест» и тайников в толщах стен, с секретными лестничными переходами. Успевают они следить и за постройкой Введенского монастыря, растянувшейся с 1565 года, когда Яков, Григорий и Семен Строгановы «срубили первую в монастыре деревянную церковь, а монастырь обнесли оградой». В 90-х годах XVI века Никита Григорьевич Строганов в ограде Введенского монастыря рубит несколько храмов, строит надвратную церковь «Во имя всех святых», под колокольней ставит Богоявленскую церковь и соединяет их переходами.