Строганов становится полновластным хозяином в Поволжье и прилегающих районах. Однако здесь его торговля, несмотря на впечатление, которое она производила своим размахом на иностранцев, происходила далеко не так безоблачно, как это могло казаться со стороны. Местные власти чинили большие препятствия свободному прохождению товаров. Строганов терпел громадные убытки, и нужны были его авторитет, богатство и связи в местной и приказной администрации, чтобы преодолевать бесчинство воевод, а позднее и губернаторов, не знавших удержу своему стяжательству. В Кашире, на Оке, как только подплывали к заставам нагруженные солью струги его и «купецких всякого чина людей», их останавливали и находившихся на судах кормщиков, подрядчиков и работных людей отводили в город, где сажали в острог и держали до тех пор, пока хозяева не давали за них выкуп. Так же действовали и в других городах. В Белеве воевода просто перегородил реку толстым канатом, не пропуская купеческие караваны без выплаты дани. Челобитные, подаваемые на имя царя, не действовали, так как подобное самоуправство воевод, по мнению царских властей, способствовало пополнению местной казны.
Но и Строганов в своих вотчинах являлся полновластным хозяином, на которого не было управы. Так, в 1693 году в Сольвычегодске по его указу, зачитанному собравшемуся народу, били батогами нещадно, сняв рубаху, на площади перед приказной избой крестьянина Степана Пустынникова. Вся же его вина заключалась в том, что он «по совету с малыми людьми» осмелился послать на царское имя жалобу на Строганова.
Нередко крестьяне бежали из владений Строганова в глубь Сибири целыми общинами, вступая в настоящие сражения с хозяйскими преследователями. Об одном из них рассказывает докладная, посланная в Сибирский приказ: «И в нынешнем 1700 году в генваре и в феврале месяце семей с двести и больше из Пермских, Чусовских его вотчин, отбиваясь от людей его боем и стреляя из ружья и из луков, пошли явно в те же сибирские городы на вечное житье…»
Вместе с тем Григорий Строганов по-своему заботился о физическом и нравственном здоровье своих крестьян и работных людей. При этом он мог позволить себе не согласиться даже с царскими указами. Когда в 1697 году вышел указ Петра о торговле табаком, Григорий Дмитриевич отказался пускать в свои владения табачных торговцев, заявив, что подобную торговлю велено вести при кабаках, а в его вотчинах кабаков нет. Существуют свидетельства, что сами Строгановы тайно склонялись к старообрядчеству, которое было распространено в их владениях.
В 1703 году Григорий Строганов вновь переселяется, теперь уже в Москву. После второй женитьбы он решил устроить семейное гнездо поближе ко двору. Его молодая супруга пользовалась милостью царской четы, и Строганов подумывал о государственной службе для своих трех сыновей. Да и на Волге становилось все тревожнее. Вскоре после его отъезда в Поволжье уже полыхало начавшееся на Дону восстание казачества и крестьян под руководством Кондратия Булавина, с трудом подавленное регулярными войсками.
В Москве Строганов прославился своим гостеприимством и хлебосольством; дом его был открыт «не токмо друзьям его, но и всякого чина людям»; со всеми он «добр и ласков, а бедным был старатель». Григорий Дмитриевич с успехом занимался собиранием старинных рукописных книг. Из обращенной к нему в 1707 году просьбы митрополита Ростовского Димитрия выслать книгу, «глаголемую Хронограф, еже и Летописец», видно, что Строганову принадлежал один из двух существовавших в то время экземпляров этой рукописи.
Как из Нижнего Новгорода, так и из Москвы Григорий Дмитриевич ежегодно ко времени отправления караванов с солью ездил с женой в свои пермские владения для надзора за ведением хозяйства. Знакомилась с хозяйством и его молодая жена Мария Яковлевна. С годами отношение Строганова к своим крепостным стало более мягким и внимательным, хотя это в большой мере было продиктовано заботой о платежеспособности крестьян. В предписании от 12 июля 1706 года чусовским приказчикам говорится: «А всякие платежи с крестьян наших сбирать с великим рассмотрительством: на ком мочно все вдруг взять, и на тех всякие платежи имать что доведется, а кои скудные и заплатить вдруг нечем, и вам бы с них поборы имать в год и в два, а не вдруг, смотря по их исправе, чтоб крестьянам нашим от того тягости и разорения не было, понеже ныне стали великие государевы подати. Также смотреть накрепко, чтобы им ни от чего обид и тягости не было, и в обиду их и разорение никому не давать и во всем оберегать». В свою очередь, Строганов пользовался популярностью среди населения Пермского края.
Г. Д. Строганов
Один эпизод очень хорошо иллюстрирует эту популярность. Григорий Дмитриевич ежегодно весною отправлял с людьми на Новоусольские промыслы значительные денежные суммы на текущие расходы и оплату наемных рабочих. В 1712 году туда было послано 50 тыс. рублей. У Сольвычегодска к строгановским людям присоединился приказчик московского купца Евреинова с 10 тыс. рублей. Поднимаясь на стругах по реке Келетме, посланные встретились со «славным вором» Коньковым, у которого была «воровская шайка» в 60 человек. Коньков после небольшой перестрелки, жертвой которой пало двое из строгановских людей, забрал остальных в плен и отнял все деньги. Узнав, однако, что люди и деньги принадлежат Строганову, «славный вор» тотчас всех освободил, возвратил деньги, «весь шкарб до малейшей вещи» и заявил: «Нам ли батюшку нашего, Григория Дмитриевича, обидеть?» Деньги же Евреинова оставил у себя. История эта имела продолжение. Купец Евреинов, узнав об ограблении, пожаловался Петру I, прося, чтоб он велел «пограбленные его деньги» взыскать со Строганова, ибо те разбойники ему известны. Петр отказал купцу в просьбе и пожелал, «чтобы он был также до воров добр, как и Строганов».
Г. Д. Строганов коллекционировал иконы, увлекался церковным песнопением. На свои средства он построил за четыре года (1689–1693) каменный собор Введенского монастыря в Сольвычегодске, являющийся образцом строгановского архитектурного стиля, возвел Казанскую церковь в Устюжне (1694) и заложил нарядную г. д. Строганов Богородицкую церковь в Гордеевке под Нижним Новгородом (освящена в 1719 году). Часто по его заказу расписывали храмы, резали иконостасы и писали иконы. В это время под влиянием новых веяний и петровских преобразований стали чаще приглашать иностранных мастеров либо своих художников, обучавшихся в Европе. Приобретали также картины иностранных мастеров. Согласно одному рассказу, Строганов перекупил для своей Рождественской церкви в Нижнем Новгороде два произведения знаменитого итальянского художника Луи Каравакка, предназначавшихся Петром I для Петропавловского собора в Петербурге. Возможно, поэтому царь повелел опечатать уже действующую церковь во время своего посещения Нижнего Новгорода в 1722 году, и она была вновь открыта лишь после его смерти, в 1727 году.
Большой любитель церковного пения, Григорий Дмитриевич, еще будучи в Нижнем Новгороде, завел прекрасный хор, слава о котором дошла до Москвы. В апреле 1689 года цари Иван и Петр и царевна Софья писали Строганову: «Как известно, у тебя есть киевского пения спеваки; то прислал бы из них в Москву двух лучших басистов и двух же самых лучших альтистов, а за сие ожидал бы царской милости». А грамотой от 2 июня того же года цари дали знать Григорию Дмитриевичу, что присланные им «спеваки» приняты в Новгородский приказ, а за присылку они его «жалуют, милостиво похваляют». Для дальнейшего обучения своих знаменитых хоров «басистых и тенористых спеваков» он пригласил с Украины музыкального теоретика и композитора Н. П. Дилецкого, который перевел на русский язык свой трактат «Идея грамматики мусийской» с таким посвящением: «Во благородных благородному, во именитых именитому, господину своему благодетелю Григорию Дмитриевичу Строганову».