Более тонкая археологическая критика исходила от известного английского знатока древностей Уильяма Борласа, совершившего ознакомительную поездку в Гис-сарлык в 1875 году в обществе личного слуги Шлимана Николаоса Янакиса, который заведовал зарплатой рабочих. Янакис сказал Борласу, что Софии не было на месте во время находки сокровища, что сокровище было обнаружено не под стеной, а рядом с ней, в пределах участка, выложенного камнями, и что ключ, игравший главную роль в аргументах Шлимана, на самом деле был найден примерно в 200 ярдах от сокровища. Борлас выразил свое возмущение в статье, опубликованной в «Фрезэрс мэгэзин» в феврале 1878 года. Шлиман, как он это делал всегда, защищался с необыкновенной энергией, называя Янакиса недобросовестным и недостойным доверия свидетелем.

Эти дебаты постепенно затихали по мере того, как Шлиман убеждал своих критиков одного за другим, что его отождествление Гиссарлыка с Древней Троей было правильным. Дальнейшие раскопки, проведенные его ассистентом, германским архитектором Вильгельмом Дорпфельдом в 1893- 1894 гг. и американцем Карлом Блегеном в 1932-1938 гг., лишь укрепили первоначальное мнение, хотя убедительно доказали, что Скейские ворота, дворец Приама и сокровища Приама были гораздо старше позднего бронзового века (около 1200-1100 года до нашей эры), к которому исследователи единодушно относили гомеровскую Трою. Открытия Шлимана датировались примерно 2500 годом до нашей эры - то есть ранним бронзовым веком.

К несчастью для археологии, сокровищам Шлимана была уготована незавидная роль военных трофеев. Во время Второй мировой войны нацистские чиновники систематически грабили оккупированные страны и вывозили из них произведения искусства, уничтожая все, что не смогли захватить с собой при вынужденном отступлении. Впоследствии, когда русские войска достигли Берлина, их сопровождали специальные отряды, целью которых было изъятие всех ценных предметов искусства в качестве компенсации за причиненный ущерб. Наиболее важные экспонаты из берлинских музеев хранились в большой бетонной башне на территории Берлинского зоопарка, где располагалась зенитная батарея. Возможно, наиболее ценными из них были троянские золотые украшения. Все экспонаты были упакованы в ящики для большей надежности, что облегчило для победителей их отправку в Россию в 1945 году, где они исчезли без следа.

Несмотря на то, что сокровища Приама пропали или даже были уничтожены, они не утратили своего важного значения. Более того, сокровища стали центральной темой для тех современных критиков, которые вернулись к вопросу о доверии к Шлиману. Их нападки были более острыми, чем утверждения скептиков XIX века, поскольку они пользовались собственными дневниками Шлимана как свидетельством против него. Расследования привели к сомнениям буквально во всем, что говорил Шлиман. Наиболее настойчивым критиком Шлимана является американский знаток античности профессор Дэвид Трэйл из университета штата Калифорния в Дэвисе, в то время как его главным защитником был английский археолог доктор Дональд Истон. Споры бушевали начиная с 1972 года, причем обе стороны неоднократно утверждали, что конфликт улажен.

Каковы главные элементы диспута о сокровище Шлимана? Первым идет вопрос о его местонахождении: где именно оно было обнаружено. Отчет о дате открытия (31 мая 1873 года), написанный Шлиманом для его германского издателя, Брокгауза из Лейпцига, помещает сокровище в одну из комнат дворца Приама, а в другой версии, опубликованной в книге «Троя и ее останки» в 1874 году, сокровище расположено на вершине городской стены, окружавшей дворец. Однако ни одно из этих мест не соответствует плану из книги, где показано, что сокровище находилось за городской стеной. Это третье место было указано Янакисом во время его ознакомительной поездки с Борласом. Истон полагал, что Шлиман просто допустил неточность, так как сокровище могло быть обнаружено в отложениях, накопившихся за пределами стены, но все же над ее основанием, поскольку это массивное оборонительное сооружение было не вертикальным, а наклоненным внутрь по направлению к вершине.

Трэйл предлагает иную, несколько более зловещую интерпретацию этих несоответствий. По его версии, Шлиман вынужден был отказаться от своего первоначального отчета, когда он понял, что Адольф Лорент, французский инженер, которого он нанял для составления планов Гиссарлыка, уже отметил место находки сокровища за пределами стены. Шлиману пришлось пойти на неубедительный компромисс и сказать, что сокровище было расположено на стене. Действительно, сторонникам Шлимана достаточно трудно оправдать первоначальную трактовку событий, согласно которой сокровище оказывалось внутри дворца.

Еще одно бросающееся в глаза несоответствие между отчетом от 31 мая и другим отчетом, позднее составленным в Афинах, относится к огромному количеству ювелирных украшений, обнаруженных под медным сосудом. В письме от 31 мая вообще не упоминается об украшениях. Как Шлиман умудрился упустить из виду более 10 000 сережек, бусин, монет и заколок? По его собственному объяснению, безоговорочно принимаемому его сторонниками, все это содержалось в плотно спрессованной почве, заполнявшей несколько больших серебряных кувшинов; лишь когда он смог вычистить их, дополнительные сокровища появились на свет. Но против этого факта свидетельствует сам Шлиман в книге «Троя и ее останки», когда говорит, что он заметил золотую чашу в серебряном кувшине еще до того, как извлек находку из-под земли. Трэйл полагает, что, будучи любителем, Шлиман очистил бы такую находку прямо на месте. В защиту Шлимана можно указать, что он намеревался обмануть турок и лишить их положенной доли сокровищ, поэтому старался как можно быстрее спрятать и вывезти свои находки, прежде чем турецкие чиновники узнали об их существовании.

Однако есть еще странный вопрос о подписях к рисункам, приложенных к отчету о раскопках 1874 года. Страница рисунков ювелирных украшений первоначально была снабжена кратким рукописным замечанием Шлимана, где говорилось лишь, что это серьги и другие ювелирные предметы. Лишь в последнюю минуту перед публикацией Шлиман добавил торопливо написанный заголовок (который даже не сочетается с рисунками), где утверждалось, что находки принадлежат к сокровищам Приама, а к подрисуночной подписи были добавлены подробности о местонахождении находки. Это либо дает основание для подозрения, что в последний момент было принято решение включить эти великолепные экземпляры в состав сокровища (как утверждает Трэйл), либо указывает на небрежность редактора (как утверждает Истон).

И наконец, существуют некоторые странности, связанные с содержанием самого сокровища. Трэйл отметил, что ряд предметов, позднее внесенных в каталог Берлинского музея как часть сокровища, появляется на фотографиях и рисунках, сделанных Шлиманом до начала сезона раскопок 1873 года. Истон видит в этом неумышленное совпадение: поскольку фотографии сокровища делались в спешке, на них могло попасть несколько предметов, найденных раньше, а впоследствии сотрудники Берлинского музея уже сами перепутали похожие предметы. Здесь нам снова приходится выбирать между обвинениями в обмане и необыкновенной небрежностью исследователя.

Если Шлиман умышленно вводил своих коллег в заблуждение, то как ему удалось это сделать и с какой целью? Трэйл однажды выдвинул предположение, что он купил находки с намерением объявить о своем личном открытии (эту теорию до сих пор поддерживают некоторые критики), но теперь пришел к выводу, что Шлиман постепенно накапливал крупные находки, чтобы потом представить сенсационное открытие. Он делал это еще и с целью убедить сомневающихся в существовании дворца Приама, так как сокровище якобы было найдено в одном из внутренних помещений. К сожалению, Шлиману пришлось отказаться от своей первоначальной истории, которая связывала сокровище непосредственно с дворцом (из-за карты, нарисованной Лорентом). Однако с характерной для него изобретательностью Шлиман выдвинул другую романтичную, но неправдоподобную историю-, сокровище Приама было вынесено из дворца, подожженного победоносными греками.