Становление личности Хлебникова проходило в эти годы не только под знаком орнитологических экспедиций. Разумеется, события Русско-японской войны и Первой русской революции не могли не взволновать его. Проигранная война, в которой маленькое далекое островное государство победило в морском сражении великую державу, произвела неизгладимое впечатление на русскую общественность. С этого времени начиналась другая эпоха. Цусимское сражение и сдача Порт-Артура явились первыми вестниками грядущих катастроф XX века. Александр Блок в поэме «Возмездие», сравнивая начало века с началом нового дня, пишет:

Порт-Артур был сдан 4 января 1905 года, а 9 января вошло в историю как Кровавое воскресенье. «Мы бросились в будущее с 1905 года», — скажет позднее Хлебников. Эти события дали толчок к его занятиям историей, поискам числовых закономерностей в чередовании исторических событий. «Законы времени, обещание найти которые было написано мною на березе при известии о Цусиме, собирались 10 лет», — говорит он в 1919 году. А в 1922-м, незадолго до смерти, повторяет: «Первое решение искать законов времени явилось на другой день после Цусимы… Я хотел найти оправдание смертям».

В связи с революционными событиями Казанский университет был закрыт почти на два учебных года, не могло проводить заседания и Общество естествоиспытателей. Однако осенью и зимой 1906 года, когда общество стало собираться вновь, Виктор Хлебников принял активное участие в его работе. Он сделал доклад об открытии нового вида кукушки, основанный на его летних наблюдениях 1906 года. Этот доклад был опубликован в приложениях к протоколам заседаний общества. Характерно, что у поэта, который более известен своими экспериментальными произведениями, своими поэмами и сверхповестями, первой публикацией была статья в сугубо специальном научном журнале. Над заглавием одного из оттисков заметки сына рукой Владимира Алексеевича написано: «мое благословление».

В тот день, когда Виктор Хлебников сделал этот доклад, его избрали членом-сотрудником общества. Вскоре он отчитался о поездке на Урал. Во всех этих заседаниях принимал участие и Владимир Алексеевич, действительный член общества. В конце 1904 года он сделал доклад «О коготках на крыльях птиц». Спустя годы сын вспомнил этот доклад отца, но в совершенно неожиданном контексте. В середине 1910-х годов, разрабатывая свою концепцию языка, Хлебников пишет: «Языки на современном человечестве — это коготь на крыле птиц: ненужный остаток древности, коготь старины».

После 1906 года Хлебников перестал бывать на заседаниях Общества естествоиспытателей. Все меньше внимания он уделяет занятиям в университете и все больше внимания — литературе. Нарастает его конфликт с семьей, прежде всего с отцом. С этого времени он живет отдельно от родителей. Уже тогда его тяготила обывательская обстановка, и, по свидетельству Веры Хлебниковой, однажды в знак протеста он вынес из комнаты всю мебель, оставив только кровать и стол, а на окна повесил рогожи. Хлебников тяготится и казанским окружением, где у него не было друзей.

В это время он пишет прозаическое произведение «Еня Воейков», рукопись которого сохранилась в виде разрозненных листов. Вынесенное в название имя главного героя — Евгений Воейков — отсылает к русской литературной традиции и прежде всего, разумеется, вызывает ассоциацию с пушкинским Евгением Онегиным. Хлебников дает главному герою то же самое имя, но наделяет его фамилией, семантически прямо противоположной. Если в русской литературе XIX века фамилия «Онегин» осмыслялась совершенно определенным образом (ср.: Ленский, Печорин — фамилии образованы от гидронимов), то в ХХ веке ее по-новому этимологизирует Хлебников. Пушкинскому «неженке» (Онегин — «нега», «неженка» содержатся в этом слове) он противопоставляет «воина» — Воейкова. Евгений — это еще и главный герой «Медного всадника». В некоторой степени он тоже воин, как и Воейков. Еще один Евгений в русской литературе — Базаров. Его и называют почти как Воейкова — Енюша, причем это уменьшительное имя появляется только один раз в конце романа Тургенева, так Базарова называет отец. Хлебников противопоставляет своего героя позитивисту и нигилисту Базарову. Ближайший по времени литературный тезка Евгения Воейкова — Евгений Хандриков из «Третьей симфонии» Андрея Белого.

У произведения Хлебникова два подзаголовка: «Principia», «В борьбе индивидуума с видом». Название «Рrincipia» (начала) — отсылает к западноевропейским философским трактатам («Principia philosophia» Р. Декарта, «Philosophiae naturalis principia mathematica» И. Ньютона, «Principia mathematica» Б. Рассела и А. Н. Уайтхеда) и свидетельствует о масштабах хлебниковского замысла. Сходное стремление к художественному переосмыслению философских учений испытал в юности Владимир Одоевский, один из наиболее почитаемых Хлебниковым авторов. В «Примечаниях к „Русским ночам“» Одоевский пишет, что чтение Платона привело его к мысли о необходимости и даже «возможности привести все философские мнения к одному знаменателю»: «Юношеской самонадеянности представлялось возможным исследовать каждую философскую систему порознь (в виде философского словаря), выразить ее строгими, однажды навсегда принятыми, как в математике, формулами — и потом все эти системы свести в огромную драму, где бы действующими лицами были все философы мира от элеатов до Шеллинга, — или, лучше сказать, их учения, — а предметом, или, вернее, основным анекдотом, была бы не более не менее как задача человеческой жизни».

Судя по сохранившимся отрывкам «Ени Воейкова», где мы встречаем имена философов от Фалеса до Шопенгауэра, именно такое художественно-философское сочинение попытался создать Хлебников. Вероятно, грандиозность плана и сложность композиции помешали осуществлению замысла. Произведение осталось незаконченным, но явилось важным этапом творческого становления поэта.

Что касается главной темы — борьбы индивидуума с видом, — то через несколько лет Хлебников возвратится к этой теме, но акценты уже будут расставлены совершенно иначе. В 1909 году он скажет, что «виды — дети вер и <…> веры — младенческие виды. Один и тот же камень разбил на две струи человечество, дав буддизм и ислам, и непрерывный стержень животного бытия, родив тигра и ладью пустыни. <… > Виды потому виды, что их звери умели по-разному видеть божество (лик). Волнующие нас веры суть лишь более бледный отпечаток древле действовавших сил, создавших некогда виды». Затем акцент смещается на различные веры, а впоследствии вера принимает новую форму: «Вера в сверхмеру — Бога — сменится мерой как сверхверой» (1916). Наконец, в «Ладомире» (1920) закон обобщения биологии приобретает социальную, революционную проблематику: «И будет липа посылать / Своих послов в совет верховный…»; «Я вижу конские свободы / И равноправие коров…».

Герой произведения, Еня Воейков, пробует распространить христианскую заповедь «люби ближнего как самого себя» на все виды живой природы. «Ты руководишься жалким этическим потенциалом среды, в которой находишься, презренным, столь презираемым тобой потенциалом. <… > Помню, ты сначала хотел исчерпать этот принцип тем, что будешь кротким, подающим помощь, любящим людей, любящим их даже более себя. Но после тебе стало ясно, что тем, что ты носишь шерстяные одежды, пользуешься изделиями рога, ешь мясную пищу, этим ты вносишь в мир слишком много страдания и скорби, чтобы считать себя проводящим в жизнь этот принцип. Тогда ты дал слово не носить шерстяных одежд и не питаться мясной пищей, заменив это растительными одеждами и растительной пищей. И некоторое время ты радовался и думал, что достиг многого, даже всего, к чему стремился. Но затем ты задался вопросом, не страдает ли дерево, когда звонкий топор врубается в ствол, и влажные золотистые щепки летят во все стороны, и прохладный сок струйкой сбегает с обнаженного ствола на сырую кору?» И тут герой Хлебникова понимает всю ущербность, однобокость этики, основанной на принципе любви к ближнему как к себе подобному. Человеческая этика не дает ответа на поставленные вопросы. Воейков больше не желает руководствоваться «этическим потенциалом» своего вида.