2-й (восточный) отдел: майор (затем полковник) А. П. Кисленко (с мая 1939);
3-й (военно-технический) отдел: военинженер 1-го ранга А. А. Коновалов (с мая 1939);
4-й (паспортный) отдел: майор (затем полковник) С. Ф. Пивоваров (с июля 1939);
5-й (информационный) отдел: исполняющий должность начальника полковник Г. П. Пугачев (с августа 1939);
6-й (приграничной разведки) отдел: начальник полковник Т. Ф. Корнеев (с декабря 1939);
7-й (радиоразведки) отдел: майор (затем полковник) Ф. П. Малышев (с октября 1939);
8-й (радиосвязи) отдел: военинженер 1-го ранга И. Н. Артемьев (с мая 1939);
9-й (шифровальный) отдел: майор Н. А. Филатов (с мая 1939), майор Л. С. Пелевин (с октября 1939);
10-й (внешних сношений) отдел: полковник Г. И. Осетров (с мая 1939);
11-й (дешифровальный) отдел: майор Н. А. Филатов (с октября 1939);
Специальный отдел «А»: полковник Х.-У. Д. Мамсуров (с мая 1939);
Политотдел: бригадный комиссар И. И. Ильичев (с июня 1938);
Отдел кадров: зам. начальника бригадный комиссар И. Ф. Туляков (с июня 1939);
Общий отдел: начальник майор (затем полковник) М. С. Маслов (с июня 1939);
Административно-хозяйственный отдел: майор (затем полковник) К. Н. Деревянко (с июня 1938);
Центральная школа подготовки командиров штаба — майор П. С. Петров (с октября 1939);
Курсы усовершенствования комсостава — полковник Д. И. Гончаров (с октября 1939);
НИИ по технике связи — военинженер 1-го ранга И. С. Киселенко (с июня 1938);
Институт оперативной техники (в составе Управления с 1939, штаты: 16 военнослужащих, 21 вольнонаемный) — В. С. Четвериков (с декабря 1939).
Прежний 9-й (монголо-синьцзянский) отдел стал самостоятельным подразделением Генштаба под названием Отдела специальных заданий (начальник — полковой комиссар Н. С. Соркин, с 1939).
Июль 1940 года — Приказом НКО № 0038 (о структуре ГШ КА) от 26 июля 1940 года РУ включено в ГШ КА и стало называться РУ ГШ КА
Начальник — генерал-лейтенант Ф. И. Голиков (с июля 1940);
Зам. начальника — генерал-майор А. П. Панфилов (с июня 1940), генерал-майор И. Г. Рубин (с июля 1940);
1-й (западный) отдел: начальник полковник А. М. Кузнецов (с августа 1940);
2-й (балканский) отдел: полковник С. М. Чувырин (с августа 1940);
3-й (восточный) отдел: полковник А. П. Кисленко (с августа 1940);
4-й (военно-технический) отдел: военинженер 1-го ранга А. А. Коновалов (с августа 1940);
5-й (специальный) отдел: полковник Х.-У. Д. Мамсуров (с августа 1940);
6-й (паспортный) отдел: генерал-майор Н. И. Егорычев (с августа 1940);
7-й (приграничной разведки) отдел: полковник И. В. Виноградов (с августа 1940);
8-й (радиоразведки и радиосвязи) отдел: военинженер 1-го ранга И. Н. Артемьев (с мая 1939);
9-й (шифровальный) отдел: майор Л. С. Пелевин (с октября 1939);
10-й (дешифровальный) отдел: полковник Н. А. Филатов (с августа 1940);
Отдел внешних сношений: полковник А. В. Герасимов (с июля 1940);
Отдел Центральной военной цензуры: полковой комиссар А. Ф. Кобелев (с августа 1940);
Информационный отдел: генерал-майор Н. И. Дубинин (с сентября 1940);
Отдел спецзаданий: полковой комиссар Н. С. Соркин (с декабря 1939);
Общий отдел: полковник С. Ф. Пивоваров (с августа 1940);
Отдел кадров: полковник А. Н. Кондратов (с июня 1940);
Политотдел: генерал-майор (ранее дивизионный комиссар) И. И. Ильичев (с июня 1938);
Административно-хозяйственный отдел: полковник Г. Н. Жданов (с августа 1940), полковник Ф. С. Веселов (с сентября 1940);
Высшая специальная школа: генерал-майор Н. Е. Чуваков (с сентября 1940);
Разведывательные курсы усовершенствования комсостава Высшей специальной школы: полковник Д. И. Гончаров (с сентября 1940);
НИИ по технике связи: военинженер 1-го ранга И. С. Киселенко (с июня 1938);
Институт оперативной техники: полковник В. С. Четвериков (с декабря 1939).
18 сентября 1940 года Нарком обороны С. К. Тимошенко и начальник Генерального штаба К. А. Мерецков представили в ЦК ВКП(б) И. В. Сталину и В. М. Молотову военно-оперативный план «Соображения об основах стратегического развертывания Вооруженных Сил Советского Союза на Западе и на Востоке на 1940–1941 годы», содержавший на основе данных военной разведки анализ военно-политической обстановки, состояния вооруженных сил вероятных противников и их оперативных планов
15 января 1941 года начальник Разведуправления Ф. И. Голиков издал приказ о составлении мобилизационного плана Разведуправления к 15 апреля 1941 года
С 23 января по 22 февраля 1941 года Разведуправление провело сборы начальников разведотделов штабов военных округов и армий с целью отработки организации деятельности при переходе их с мирного на военное время
24 февраля 1941 года начальник Разведуправления генерал-лейтенант Ф. И. Голиков направил директиву всем начальникам разведотделов приграничных военных округов и отдельных армий о приведении их и оперативных пунктов в мобилизационную готовность к 10 мая 1941 года
20 марта 1941 года на основании разведывательных данных начальник Разведуправления Ф. И. Голиков представил политическому и военному руководства страны специальный доклад «Высказывания, оргмероприятия и варианты боевых действий германской армии против СССР»
Май 1941 года — начальник Генерального штаба Г. К. Жуков по предложению Разведуправления утвердил план мероприятий по созданию в приграничных округах запасов оружия, боеприпасов и военного имущества иностранного образца, подрывных средств для спеццелей, по организации запасной агентурной сети на основных объектах или вблизи их с соответствующей системой связи на нашей территории глубиной 100–150 км от границы. Принято решение об увеличении количества разведывательных радиодивизионов на Западном театре военных действий и закреплении за ними приписного состава
Приказ НКО № 0033 от 16 февраля 1942 года о реорганизации РУ ГШ КА в ГРУ ГШ КА
Главное разведывательное управление Генерального штаба Красной Армии (февраль 1942 года):
Начальник — генерал-майор А. П. Панфилов
Военный комиссар — бригадный комиссар И. И. Ильичёв
1-е Управление (агентурное) в составе:
1-й отдел (Германский)
2-й отдел (Европейский)
3-й отдел (Дальневосточный)
4-й отдел (Ближневосточный)
5-й отдел (диверсионный)
6-й отдел (фронтовой, армейской и окружной разведки)
7-й отдел (оперативной техники)
8-й отдел (агентурной связи и радиоразведки)
2-е Управление (информационное) в составе:
1-й отдел (Германский)
2-й отдел (Европейский)
3-й отдел (Дальневосточный)
4-й отдел (Ближневосточный)
5-й отдел (редакционно-издательский)
6-й отдел (войсковой информации)
7-й отдел (дешифровальный)
Политический отдел
Отдел внешних сношений
Отдел специальных заданий
Отдел специальной связи
Отдел военной цензуры
Отдел материально-технического обеспечения
Контрольно-финансовый отдел
Отдел кадров
Приказ НКО № 00222 от 23 октября 1942 года о реорганизации ГРУ ГШ КА в ГРУ КА и УВР ГШ КА, передаче дешифровальной службы в НКВД и военной цензуры в НКО
Приказ НКО № 0071 от 19 апреля 1943 года — реорганизация УВР ГШ КА в РУ ГШ КА, ликвидация 2 управления ГРУ, создание следственных частей и создание группы анализа развединформации при Наркоме обороны (генерал-полковник Ф. И. Голиков)
Разведывательное управление Генерального штаба Красной Армии (апрель 1943 года):
Начальник — генерал-лейтенант Ф. Ф. Кузнецов
Зам. начальника — генерал-майор Л. В. Онянов, генерал-майор П. Н. Вавилов
Первый отдел (войсковой разведки)
Второй отдел (агентурной разведки)