С этого времени КАД заменила гражданский отдел махновской контрразведки, упоминания о котором фактически отсутствуют с начала 1920 г. Первыми осужденными КАД стали террористы ЧК Глущенко и Костюхин, которые были направлены в Повстармию для ликвидации Махно. По приговору комиссии их расстреляли 21 июня 1920 г. Далее КАД упоминается у Белаша лишь несколько раз. Так в конце июля 1920 г. комиссия приговорила петлюровский повстанческий отряд к разоружению, а его командира Левченко, – к расстрелу за антисемитизм и погромы. КАД приговаривала к расстрелу и всех бойцов продотрядов. Например, в сентябре 1920 г. в районе ст. Миллерово комиссия осудила бойцов прославившегося своей жесткостью продотряда. Среди приговоренных был юный М. Шолохов. Только личное заступничество Махно позволило ему избежать смерти. Как сказал батька, «пусть подрастет и осознает, что делает. А нет, в другой раз повесим».

КАД осуждала на расстрел всех плененных белых офицеров, как это показывалось на примере разбитого десанта Назарова, чей рядовой состав был включен в Повстармию . После Старобельского советско-махновского соглашения сентября 1920 г. штаб Махно разослал приказ всем махновским отрядам на Украине прекратить боевые действия против РККА и идти на соединение со штармом. Этот приказ произвел раскол в рядах махновщины. Многие местные отряды отказались его выполнять, и продолжали борьбу с большевиками. Началось дезертирство из ядра Повстармии, – Особой группы войск СРПУ(м). Так 8-й пехотный полк хотел уйти на Полтавщину. Но его командир, старый повстанец Матяж был схвачен и расстрелян 16 октября по приговору КАД . Уже в период операции в Северной Таврии второй половины октября 1920 г. Повстармия вливала в свои ряды «бело-махновские» части, создававшиеся при Русской армии из повстанцев, обманутых пропагандой о союзе Махно с Врангелем. Часть раскаявшихся их командиров Совет оставлял руководить частями. А Яценко и Савченко, выпустившие воззвания в поддержку Врангеля, были расстреляны по приговору КАД.

Уже под конец Крымской операции в середине ноября 1920 г. большевики начали искать предлог для разрыва соглашения с махновцами. Так по Старобельскому соглашению р.2.п.2 махновцам запрещалась принимать в свои ряды красноармейцев или дезертиров РККА . И красное командование заостряло внимание на малейших нарушениях этого пункта. Чтобы не дать повода к разрыву соглашения, КАД приговаривала повстанцев к расстрелу даже за незначительные нарушения. Так комроты отряда Чалого был расстрелян за то, что переманил к себе взвод красноармейцев с 2 пулеметами . Чуть позже, когда большевики уже готовились вероломно напасть на махновцев, были схвачены и 26 ноября по приговору комиссии расстреляны 7 террористов ЧК, присланные в Гуляйполе для ликвидации Махно и штарма.

Тем не менее, уже после разрыва соглашения, комиссия не озлобилась, а попадавших к ней административных лиц (председателей исполкомов, членов Советов, милиционеров, членов комнезамов) зачастую отпускала по мотивам «службы в силу необходимости» . В основном это практиковалось в «антибольшевистских» областях. Например, на Херсонщине и Киевщине, хоть население и вынуждено было принимать участие в советском строительстве, руководители учреждений продолжали помогать махновцам. На расследования в КАД штарм передавал и дела не связанные с политической борьбой. Так в феврале 1921 г. под Курском в г. Короча командир Крымского кавполка Харлашка вместе с Савоновым ограбили церковь. Узнав, что преступление расследует КАД, они не стали дожидаться приговора, подняли полк и ушли с ним в Изюмский уезд.

Если карательную деятельность гражданской контрразведки можно интерпретировать, как пятно на махновском движении, то работа военного отдела можно уверенно считать одним из ярчайших талантов анархического повстанчества. Разведка была увлечением самого Махно. Он переодевался бабой и ходил, луща семечки под носом у белых, изображал торговца на базаре или нищего, а один раз даже представлял невесту на венчании в церкви . В этих похождениях батька сам испытал эффективность разведки и ее незаменимость для ведения партизанской войны. Естественно, и служба военной контрразведки в махновской армии была поставлена великолепно.

Даже в сентябре 1919 г. под Уманью, в период максимального удаления от Вольного района и угрозы полного уничтожения РПАУ(м) деникинцами, агентурная сеть контрразведки исправно работала далеко в деникинском тылу и поддерживала связь с ядром Повстармии. Перед решающим сражением под Перегоновкой 26 сентября 1919 г. Махно стало известно о вакуумообразном состоянии деникинского тыла именно от разведки . Тогда в штарм вернулась агентура и доложила, что регулярных деникинских частей нет до самого Никополя. Эти данные и определили решение штарма прорываться назад в Левобережье. И позднее по пути наступления махновских корпусов контрразведчики высылались далеко вперед и докладывали: по направлению на Александровск, Пятихатки и Екатеринослав противник не обнаружен. И далее: в Никополе безвластие, в Кривом Роге 25-50 чел. госстражи, в Херсоне 100-150 офицеров. Над Днепром от Никополя до Херсона войск никаких .

В период исторического разгрома махновцами деникинского тыла октября 1919 г. одной из блестящих операций контрразведки стало обеспечение захвата Бердянска. По Герасименко, участь города предрешила организованное Махно выступление рыбаков пригородного поселка Лиски, которые ночью захватили деникинскую батарею, чьими орудиями махновцы затем обстреливали город . Разумеется, организовывал выступление рыбаков не Махно лично, а махновская контрразведка. И, напротив, когда 4 ноября 1919 г. Повстармия отступала из Александровска, батька приказал Зиньковскому найти 20 – 30 бочек спирта и бросить их посредине одного из сел. Расчет оказался верным: спирт задержал погоню «шкуровцев» на несколько часов . Тогда же контрразведка занималась распространением слухов. Во время отступления под натиском конницы Шкуро, даже в захваченные деникинцами села проникали махновские разведчики и подбадривали крестьян, мол, Махно недалеко и скоро снова отвоюет эти места. Такая тактика приводила к постоянным восстаниям в тылу у белых, что серьезно тормозило их наступление .

В пик махновского движения осени 1919 г. подпольные осведомительные узлы контрразведки находились во всех городах, поселках и крупных селах юга и востока Украины. Узлы располагались обычно в артелях, гостиницах, приезжих домах, столовых, ресторанах, у сапожников или портных и везде, где часто встречались военные. Агентура разведки в тылу врага располагалась на заводах, фабриках, рудниках. Оттуда в штарм махновцев поступали сведения о состоянии тыла и настроениях рабочих . Агентурная сеть контрразведки была раскинута от Одессы до Новороссийска, и сообщала о передвижении белых частей . Основные явки контрразведки располагались в Одессе, Херсоне, Николаеве, Полтаве, Юзовке, Таганроге, Ростове-на-Дону, Ейске, Севастополе, Харькове, Черкассах, Киеве . Руководство военным отделом контрразведки в тылу противника осуществлял оперативный отдел штарма.

По Белашу, махновские агенты служили в Добровольческой армии Деникина . Савченко уточняет, что агентура контрразведки работала практически во всех частях противника, начиная от роты и кончая штабом. Большая часть финансирования контрразведки шла на подполье в белом и красном тылу, подкуп вражеских военных специалистов, создание боевых групп в Москве, Варшаве, Сибири . Между тем, служба в разведывательной агентуре за линией фронта была настолько тяжелой, что ее иногда использовали, как вид исправительных работ для провинившихся махновцев. Так одним из распространенных видов тяжелой службу, к которым приговаривал суд или командир за малые проступки осенью 1919 г. был перевод на службу в тыл врага. Белаш так же указывает, что имели место и провалы агентуры, после которых приходилось ее восстанавливать.

Параллельно с основной работой контрразведка осуществляла связь между разрозненными частями Повстармии, поддерживала контакты махновщины с секретариатом Конфедерации «Набат» в Харькове . На военную контрразведку были также возложены функции распространения махновской прессы и анархической литературы во вражеском тылу . В ноябре-декабре 1919 г. Повстармию поразила страшная эпидемия тифа. Для спасения армии, аппарат контрразведки в деникинском тылу производил интенсивные закупки медикаментов. В частности, в Севастополе, Симферополе, Ялте, Феодосии, Керчи, Новороссийске, Ростове, Таганроге, Одессе, Николаеве, Херсоне, Харькове . Наконец, в начале декабря 1919 г. Белаш посылал в Москву связного – контрразведчика Мишу, чтобы он поведал большевистскому руководству об успехах махновцев в борьбе с Деникиным .