Прочитав этот проект, князь вычеркнул лиман и устье Амура, а вместо этого написал: "и осмотреть юго-западный берег Охотского моря между теми местами, которые были определены или усмотрены прежними мореплавателями", и при этом сказал мне, что исполнение мной распоряжений генерал-губернатора должно ограничиваться лишь пределами этой инструкции, в противном случае подвергаюсь строжайшей ответственности. На это я сказал князю, что мысы Ромберга и Головачёва определены Крузенштерном и около этих мест существуют сильные течения, которые могут увлечь транспорт в лиман Амура, и поэтому я буду иметь случай осмотреть как его, так и устье реки. "Это, — отвечал князь, — будет бесполезно, ибо, повторяю, лиман недоступен; хотя я этому не доверяю и вполне сочувствую необходимости его исследования, но ныне, когда решено, что этот край принадлежит Китаю, без высочайшего повеления сделать это невозможно, и вы подверглись бы за это строжайшей ответственности. Впрочем если подобный осмотр будет произведен случайно, без каких-либо несчастий, то-есть потери людей или судна, и без упущения возложенного на вас поручения, — описи и исследования Константиновокого залива и окрестных с ним берегов, куда и предполагается перенести Охотский порт, — то, может быть, обойдется и благополучно. Данная вам инструкция сообщена Муравьёву. Хлопочите скорей выйти из Кронштадта, я вами доволен, но чиновники весьма сердиты на вас и беспрестанно жаловались генерал-интенданту".
Получив упомянутую инструкцию от князя Меньшикова за несколько дней до моего выхода из Кронштадта, я имел случай говорить о Сахалине и о берегах Охотского моря с главным командиром Кронштадтского порта Ф. Ф. Беллингсгаузеном 59 и адмиралом П. Ф. Анжу 60. Первый сопровождал Крузенштерна в чине мичмана, а последний был большой приятель и товарищ барона Врангеля, бывшего тогда председателем Главного правления Российско-Американской компании. Ф. Ф. Беллингсгаузен сообщил мне, что опись, произведенная И. Ф. Крузенштерном в северной части Амурского лимана, а равно и предположение его, что у восточного берега Сахалина существует бар одного из рукавов реки Амура, — весьма сомнительны, и как он, так и П. Ф. Анжу сказали мне, что недавно к этим берегам было посылаемо судно Российско-Американской компании. Они сообщили мне, что при описи там весьма полезно иметь байдарку, почему и дали мне письма к Ф. П. Врангелю, прося его сообщить мне, если возможно, сведения об этих местах и распорядиться, чтобы у меня была байдарка. С этими письмами я явился к Ф. П. Врангелю. Почтенный адмирал принял меня весьма ласково и благосклонно; относительно байдарки и при ней двух алеутов, бывших в Аяне и знакомых с языком гиляков, обитающих около Тугурской губы, обещал сейчас же сделать распоряжение, чтобы байдарку с этими алеутами доставили в мае 1849 года с Алеутских островов в Петропавловск; кроме этого, на случай, если бы к моему приходу в Петропавловск туда байдарку не доставили, дал мне бумагу, по которой я мог добыть ее, послав из Петропавловска на ближайший к нему остров из Алеутского архипелага. Что же касается сведений о юго-западном береге Охотского моря, то Фердинанд Петрович сказал мне, что сообщать ему об этом неудобно. "Впрочем, всё, что здесь замечательного, — сказал он, — это то, что устье реки Амура и её лиман оказались недоступными". Это обстоятельство подстрекнуло мое любопытство, и я убедительно просил Ф. П. Врангеля позволить мне взглянуть у него на те данные, на которых основано подобное заключение. Врангель, снисходя к убедительной моей просьбе и к обещанию хранить все в тайне, вынул из своего стола пакет, в котором были копии с журнала описи Гаврилова, и, усадив меня в своем кабинете, дозволил прочесть этот журнал. С большим вниманием я рассмотрел его и вынес такое убеждение, что эта опись вовсе не разрешает вопроса о реке Амуре, а ещё более убеждает меня в необходимости исследования этих мест. Выслушав мнение барона о недоступности устья Амура, высказанное мне раньше и князем Меньшиковым, я понял положение правительства и решение его предоставить Амурский бассейн Китаю. Это доселило во мне твердую решимость во что бы то ни стало произвести исследования устья Амура и его лимана и попытать — не удастся ли мне открыть истину и отклонить правительство от подобного вредного для России решения; поэтому я решился употребить все меры для того, чтобы попасть в Петропавловск как можно скорее и иметь время затем для вышесказанных работ. Считая бесполезным высказывать барону Врангелю моё мнение об описи Гаврилова, я поблагодарил только его за внимание и оказанную им готовность мне содействовать.

21 августа 1848 года транспорт «Байкал» вышел из Кронштадта {Экипаж транспорта состоял на следующих лиц: командир капитан-лейтенант Г. И. Невельской, лейтенанты: П. В. Козакевич (старший офицер) и А. П. Гревенс. Мичманы Гейсмар и Гротс, корпуса штурманов: поручик Халезов и подпоручик Попов; юнкер князь Ухтомский и лекарь Берг. Нижних чинов, составлявших команду транспорта: унтер-офицеров 3, матросов 22, баталер 1, артиллерийский унтер-офицер 1 и фельдшер 1, всего 28 чел. Для отвоза в Петропавловск мастеровых 14 человек.}. В море встретил он свежий противный ветер и без всякой пользы пролавировал несколько часов. 22 августа я бросил якорь на восточной стороне острова Сескара, где и ожидал благоприятных обстоятельств двое суток. Снявшись с якоря 24 августа, до самого Копенгагена (до 8 сентября) мы боролись с теми же противными ветрами и только на несколько часов имели попутный ветер, при котором транспорт шел от 5 до 7 1/2 узлов.
9 сентября вышли из Копенгагена и, имея попутные тихие ветры и штили, 11-го числа вступили в Северное море; 15-го — в Английский канал, а 16-го в 6 часов утра бросили якорь на Портсмутском рейде, близ острова Уайта. Здесь мы простояли 14 дней для необходимых работ и приготовлений к дальнейшему плаванию, как-то: поверки хронометров, заготовления различных запасов, провизии и теплой одежды для команды. Подходящей нам винтовой шлюпки достать не могли, её нужно было заказать и ждать полтора месяца.
30 сентября снялись с якоря на Портсмутском рейде и направивлись в Рио-де-Жанейро; до 10 октября мы имели восточные умеренные ветры; с северной широты 81°30 и 22°26 западной долготы наступили западные и северо-западные ветры, беспрестанно менявшиеся в силе и направлении. Наконец, 13 октября в северной широте 27°51 и западной долготе 21°42 встретили северо-восточный пассат, который дул весьма неправильно, переходя нередко к востоку и даже к востоку-юго-востоку со шквалами и пасмурной погодой, а близ экватора, 30 октября, незаметно перешел к юго-востоку.
4 ноября ветер постепенно стал отходить к востоку, а 6-го числа задул от северо-востока. Мы не дошли 100 миль до Рио-де-Жанейро, как он начал стихать, и наступил штиль; проштилевав здесь более суток, 15 ноября мы бросили якорь на рио-де-жанейрском рейде, совершив таким образом плавание от Портсмута до Рио-де-Жанейро в 44 суток. Конопатка всего баргоута, тяга такелажа, окраска, пополнение провизии и другие необходимые работы для приготовления транспорта к предстоящему переходу до Вальпарайзо вокруг мыса Горна задержали нас здесь до 1 декабря. 1 декабря, утром, при тихом ветре от запада мы вышли в море, а на другой день пересекли тупик Козерога в широте 23° и направились к мысу Горн. До 9 декабря, при тихих юго- и северо-восточных ветрах делали незначительные суточные переходы, но с этого времени задули крепкие западные ветры, доходящие весьма часто до степени шторма. 13 декабря, в южной широте 44°3 и западной долготе 46°31, а также 24 декабря, в широте 50°5 и долготе 51°30 ветер дул с особой силой, так что транспорт держался под зарифленным грот-триселем.