Китайцы и маньчжуры встревожились нашим вторичным поселением на берегах Амура, и китайский император Кахан-Си дал повеление во что бы то ни стало выгнать русских с Амура. В июне 1687 года перед Албазином явилось маньчжурское войско, состоявшее из 8 000 человек с 40 орудиями. Русские сожгли все дома вне крепости, перешли в неё и выкопали себе там землянки; всех наших в крепости было 736 человек. Маньчжуры прикрыли свой лагерь деревянной стеной, но русские уничтожили ее; тогда неприятель окружил свой стан земляным валом и поставил на нем пушки. 1 сентября маньчжуры пытались взять крепость, но были отбиты с большой потерей. К несчастью, между осаждёнными в Албазине открылась цынга, и к довершению бедствий храбрый воевода Толбузин в сентябре был убит пушечным ядром. После него начальство принял полковник Бейтон. Несмотря на постоянное действие полевой и осадной маньчжурской артиллерии, осада Албазина шла безуспешно; в конце ноября неприятель переменил её на блокаду, а в мае 1688 года блокаду снял и отступил на 4 версты. У Бейтона в Албазине оставалось только 66 человек, остальные же частью были убиты, а частью умерли от цынга. Неприятель потерял более половины войска. В это время приехал из Пекина гонец с повелением богдохана о прекращении осады Албазина под тем предлогом, что о разграничении земель идут с обеих сторон переговоры. Маньчжуры и китайцы отступили от Албазина и 30 августа 1688 года возвратились в Айгунь.

В Москве поняли, что без утверждения границ между Россией и Китаем нельзя прочно владеть краем, а потому были посланы в Пекин один за другим два гонца, канцеляристы Венюков и Логинов, с уведомлением о начале переговоров и о назначении с нашей стороны уполномоченным окольничьего Федора Алексеевича Головина. Вторым лицом при переговорах был нерчинский воевода Иван Астафьевич Власов; делами управлял дьяк Семен Корницкий. С китайской стороны были высланы 8 сановников, которые прибыли в окрестности Нерчинска с огромной свитой и 10 000 пешего и конного войска, под предлогом доставления посольству съестных припасов. В качестве переводчиков с китайцами были два иезуита: Жербильон и Перейра. С нашей стороны у Головина и во всем Нерчинском крае было менее 500 человек войска. При таком перевесе китайцев в численной силе Головин не мог делать настоятельных требований об уступке России Приамурского края, а китайцы, вместо мирных переговоров, начали прямо грозить нападением на Нерчинск, если Головин не согласится на их предложение уничтожить Албазин и отдать всю Даурию Китаю. Головин протестовал против этих насильственных действий и не соглашался на подобное предложение. Тогда китайцы начали вооружать против нас недавно покорённых бурятов Нерчинского края и вместе с ними готовились осаждать Нерчинск, в котором находилось наше посольство; при этом свое требование они повторили Головину в виде ультиматума.

Головин, находясь в таком безвыходном положении, предложил китайцам прислать проект о разграничении. 21 августа этот проект был прислан Головину китайцами в следующем виде: "Граница между Россией и Китаем должна итти от вершины река Горбицы до истоков реки Уды, а отсюда по вершинам гор, направляющихся к северу и оканчивающихся Чукотским носом". Вместе с присылкою проекта они просили немедленного ответа на него. На этот раз они изменили смысл проекта, так как в предлагавшемся в первый раз условии, в виде ультиматума, на который Головин согласился, "граница была означена по Хинганскому хребту, до моря, а о северных горах и Чукотском носе ничего не упоминалось". На этот проект с его несообразными требованиями Головин не отвечал.

Китайские уполномоченные, прождав 3 дня ответа от Головина и видя, что он никак не согласится с их предложением и что принудить его к этому могут только военные действия, боялись делать насилие, которое не привело бы ни к какому результату, а только навлекло бы гнев богдохана, и объявили Головину, что они отказываются от последнего предложения, и желают с ним кончить дело на основании первого их предложения, на которое он согласился. К этому побуждали еще китайцев, во-первых, иезуиты и, во-вторых, желание их отстоять во что бы то ни стало Даурию, под которою они понимали всю страну по течению Амура, до слияния этой реки с рекою Сунгари.

Так как ни китайцам, ни Головину не были хорошо известны приморские страны, и Головин усматривал, что китайцы хлопочут главное о Даурии, где все реки, впадающие в Амур, как-то: Зея, Бурея и другие, текут с севера на юг, то, по возобновлении переговоров, он настаивал, чтобы в трактате было упомянуто о направлении рек и чтобы страна к морю оставалась без разграничения. Китайцы согласились, и 27 августа (6 сентября) 1689 года был подписан Нерчинский трактат — первый и самый важный дипломатический акт в сношениях России с Срединным государством.

Первые два пункта этого трактата, относящиеся к Приамурскому краю, выражены так. "Река, именем Горбица, которая впадает, идучи вниз, в реку Шилку с левые стороны, близ реки Черной рубеж между обоими государствы постановить; такожде от вершины тоя реки каменными горами, которые начинаются от той вершины реки и по самым тех гор вершинам до моря протяженным, обоих государств Державу тако разделить яко всем рекам, малым или великим, которые с полуденные стороны сих гор впадают в реку Амур, быти под владением Хинского государства: такожде всем рекам, которые с другая стороны тех гор идут, тем быти под державою царского Величества Российского Государства… и всякие земли, посреди сущие меж тою… рекою Удью и меж горами, которые до границы подлежат, не ограничены ныне да пребывают, понеже на оны земли… великие и полномочные послы не имеюще указу Царского величества отлагают неограничены до иного благополучного времени, в котором… царское величество и бугдоханово высочество похощут о том обослатися послы или посланники любительными пересылки, и тогда, или чрез грамоты, или чрез послов, тые… неограниченные земли покойными и пристойными случаи успокоити и разграничити могут". В третьем пункте трактата сказано: город Албазин, который построен был со стороны царского величества, разорить до основания и также на Амуре пребывающих всех русских людей со всеми при них запасами и пожитками перевести в пределы царского величества.

Вследствие этого договора осенью 1689 года и весною 1690 года все люди из Албазина и с Амура перешли в Нерчинск, а Албазин был сожжен маньчжурами до основания ¹⁸.

Сибирская летопись того времени так говорит об этом происшествии: "Россияне несправедливым образом, перемогающею силою неприятелей, с Амура вытеснены, и что еще несправедливее — насильственным мирным заключением река Амур за китайцами осталась" {Ежемесячные сочинения, октябрь, 1757 г., стр. 328.}. Этот краткий обзор событий, совершившихся на реке Амуре с 1643 по 1689 год, ясно показывает, что не желание завладеть и утвердиться в бассейне одной из величайших рек, вливающихся в Восточный океан, а заманчивые слухи о богатстве обитающих там народов и жажда корысти вызвали предприимчивых завоевателей Сибири — вольницу казаков и промышленников — на подвиг завладения Амуром. Но здесь наша вольница встретила независимые народы, соседственные сильному и устроенному государству, всегда готовому подать им помощь. В остальной Сибири эта отважная вольница не встречала таких препятствий и потому не могла предвидеть, что действия её в Приамурском крае должны быть совершенно иные и более сообразованы с условиями страны. "Предприятия русских на Амуре в XVII столетии, — говорит Риттер, — могли бы иметь важные последствия, если бы они умели воспользоваться завоеваниями Хабарова, которые открыли им возможность проложить путь к крайним пределам Азии и основать богатую житницу". Действительно, того и другого мы могли бы достигнуть весьма легко, а именно следовало бы: а) учредить порядок и дисциплину между вольницей русских на Амуре; б) прекратить разъезды казаков на грабежи к инородцам и в Маньчжурию; в) стараться, привлекать население Приамурья к себе ласковым с ним обращением, строгим ограждением неприкосновенности их собственности, уважением коренных их обычаев и уничтожением сбора с них ясака; наконец г) основанием по берегам Амура и его притоков земледельческих поселений.