Молодой сыщик петербуржской сыскной полиции в апреле 1908-го года получает инициируемый царём приказ отправиться в Сибирь на реку Подкаменную Тунгуску, над которой по слухам летают непонятные светящиеся шары. Ему поручено разобраться в их природе. В глухой тайге он встречается со странным человеком, связанным с этими шарами, который полностью переворачивает все его научные представления о Вселенной.

Мир, в котором мы живём, тысячелетиями нам привычный, понятный, предсказуемый, может оказаться циферблатом часов - мы видим движение стрелок (атомов и молекул, планет и звёзд), но не имеем понятия о скрытом от глаз механизме из шестерёнок и пружинок, который их вращает. "Шаман" - это попытка приоткрыть крышку вселенских часов.