Московское восстание было реакцией низших и средних слоев населения на политику правительства боярина Бориса Морозова — воспитателя и затем свояка царя Алексея Романова, фактического руководителя государства (вместе с И. Д. Милославским). При Морозове во время проведения экономической и социальной политики получили развитие коррупция и самоуправство, значительно возросли налоги. Различные слои общества требовали изменений в политике государства. С целью снять напряжение, возникшее в сложившейся ситуации, правительство Б. И. Морозова решило частично заменить прямые налоги косвенными.

Непосредственным поводом к восстанию послужила неудачная делегация москвичей к царю 1 июня 1648 года. Когда Алексей Михайлович возвращался с богомолья из Троице-Сергиева монастыря, большая толпа народа на Сретенке остановила лошадь царя и подала ему челобитную, направленную против влиятельных сановников. Одним из главных пунктов челобитной было требование созыва Земского Собора и утверждения на нём новых законодательных актов. Боярин Морозов приказал стрельцам разогнать толпу. «Крайне возмущенный этим народ схватился за камни и палки и стал бросать их в стрельцов, так что даже отчасти пострадали и получили раны лица, сопровождавшие супругу его величества. На следующий день горожане ворвались в Кремль и, не поддаваясь уговорам бояр, патриарха и царя, вновь пытались вручить челобитную, но бояре, разорвав челобитную в клочья, бросили её в толпу челобитчиков.

В Москве «учинилась большая смута», город оказался во власти разъяренных горожан. Толпа громила и убивала «изменников» бояр. 2 июня на сторону горожан перешла большая часть стрельцов. Народ ворвался в Кремль, требуя выдачи начальника Земского приказа Леонтия Плещеева, ведавшего управлением и полицейской службой Москвы, думного дьяка Назария Чистого — инициатора соляного налога, боярина Морозова и его шурина окольничего Петра Траханиотова. Восставшие подожгли Белый город и Китай-город, разгромили дворы наиболее ненавистных бояр, окольничих, дьяков и купцов. 2 июня был убит Чистой. Царю пришлось пожертвовать Плещеевым, который 4 июня был выведен палачом на Красную площадь и растерзан толпой. Одним из главных своих недругов восставшие считали главу Пушкарского приказа окольничего Петра Тихоновича Траханиотова, которого народ считал «виновником незадолго перед этим наложенной на соль пошлины». Опасаясь за свою жизнь, Траханиотов бежал из Москвы.

5 июня царь Алексей Михайлович приказал князю Семёну Романовичу Пожарскому догнать Траханиотова. «И видя государь царь во всей земле великое смятение, а их изменничью в мир великую досаду, послал от своего царьского лица окольничево князь Семена Романовича Пожарсково, а с ним 50 человек московских стрельцов, велел Петра Траханиотова на дороге сугнать и привесть к себе государю к Москве. И окольничей князь Семен Романович Пожарской сугнал ево Петра на дороге у Троицы в Сергееве монастыре и привез ево к Москве связана июня в 5 день. И государь царь велел ево Петра Траханиотова за ту их измену и за московской пожег перед миром казнить на Пожаре».

Морозова царь отстранил от власти и 11 июня отправил в ссылку в Кирилло-Белозерский монастырь. Не участвовавшие в восстании дворяне воспользовались движением народа и 10 июня потребовали от царя созыва Земского собора.

В 1648 году восстания произошли также в Козлове, Курске, Сольвычегодске и других городах. Волнения продолжались до февраля 1649 года.

Царь пошёл на уступки восставшим: было отменено взыскание недоимок и созван Земский собор для принятия нового Соборного Уложения. Впервые за долгое время Алексей Михайлович самостоятельно решал основные политические вопросы.

12 июня царь специальным указом отсрочил взимание недоимок и тем внёс некоторое успокоение в среду восставших. Видные бояре звали стрельцов себе на обеды с целью загладить бывшие конфликты. Выдав стрельцам двойное денежное и хлебное жалованье, правительство раскололо ряды своих противников и получило возможность провести широкие репрессии по отношению к вожакам и наиболее активным участникам восстания, многие из которых были казнены 3 июля. 22 октября 1648 года Морозов вернулся в Москву и вновь присоединился к правительству, однако столь большой роли в управлении государством он уже не играл.

Так фактический руководитель государства при царе Алексее Михайловиче был «устыжен кадкой». А сам род Морозовых возвысился ещё при царе Иоанне IV Грозном, войдя в состав «Избранной Рады».

Из академической статьи:

«Избранная Рада» — термин, введённый князем А. М. Курбским для обозначения круга лиц, составлявших неформальное правительство при Иване Грозном в 1549—1560 годах. Сам термин встречается лишь в сочинении Курбского, тогда как русские источники того времени не дают этому кругу лиц никакого официального названия.

Формирование вокруг царя избранного круга лиц происходит после московских событий лета 1547 года: пожара, а затем Московского восстания. Состав «Избранной Рады» является предметом дискуссий. Однозначно в «Раде» участвовали священник Благовещенского собора Кремля, духовник царя Сильвестр и молодой деятель из не слишком знатного рода А. Ф. Адашев.

Н. М. Карамзин включает в состав «священного союза» митрополита Макария, а также «мужей добродетельных, опытных, в маститой старости ещё усердных к отечеству». Участие князей Курбского и Курлятева также несомненно. Кроме этих двух, Н. И. Костомаров перечисляет Воротынского, Серебряного, Горбатого, Шереметьевых^.

Советский историк Р. Г. Скрынников подчёркивает, что «Избранная Рада» не является «Ближней Думой» (формально существовавшим учреждением со строго определённым составом «ближних людей»), в которую входили бояре (князья Мстиславский Иван Фёдорович, Владимир Воротынский и Дмитрий Палецкий, Иван Шереметьев, Михаил Морозов, Дмитрий Курлятев-Оболенский, Данила Романов-Захарьин и Василий Юрьев-Захарьин), дети боярские в думе (Алексей Адашев и Игнатий Вешняков), дьяк (Иван Висковатый) и печатник (Никита Фуников).

Избранная рада просуществовала до 1560 года. Она проводила преобразования, получившие названия реформ середины XVI века.

Реформы Избранной рады:

1549 год. Первый Земский собор — орган сословного представительства, обеспечивающий связь центра и мест, речь Ивана IV с лобного места: осуждение неправильного боярского правления, объявление необходимости реформ.

Судебник 1550 года — развитие положений Судебника Ивана III, ограничение власти наместников и волостителей, усиление контроля царской администрации, единый размер судебных пошлин, сохранение права крестьян на переход в Юрьев день.

Стоглавый собор 1551 года — унификация церковных обрядов, признание всех местно-почитаемых святых общерусскими, установление жесткого иконописного канона, требования к улучшению нравов духовенства, запрет ростовщичества среди священников.

Военная реформа 1556 года — принято Уложение о службе: ограничение местничества на период военных действий, помимо конного поместного ополчения, организация постоянного войска — стрельцы, пушкари, единый порядок военной службы.

Формирование приказной системы: Судебник 1550 года устанавливает систему приказного управления, основной каркас которой сохраняется до конца XVII века. Учреждаются приказы, обеспечивающие основные государственные нужды: Челобитный, Посольский, Поместный, Стрелецкий, Пушкарский, Бронный, Разбойный, Печатный, Сокольничий, Земские приказы, а также четверти: Галицкая, Устюжская, Новая, Казанский приказ.

В 1556 году была проведена реформа местного управления.

Реформы Избранной рады наметили путь к укреплению, централизации государства, способствовали формированию сословно-представительного государства.