Около 1594 года в Казани на месте явления Казанской иконы был сооружён каменный храм; тогда им была составлена «Повесть и чюдеса Пречистыя Богородицы, честнаго и славнаго Ея явления образа, иже в Казани». В октябре 1595 года участвовал в обретении мощей святителей Гурия и Варсонофия, обретённых в ходе перестройки собора в казанском Спасо-Преображенском монастыре, и составил их первое краткое житие.
Митрополита Гермогена хорошо знали в Москве. Присутствовал он во время избрания на царство Бориса Годунова; участвовал во всенародном молении при Борисе под Новодевичьим монастырем. В 1595 году он ездил в Углич для открытия мощей удельного Угличского князя Романа Владимировича. Лжедмитрий включил его в состав Боярской думы как известного и влиятельного человека. Но там Гермоген показал себя противником Лжедмитрия: выступил против избрания патриархом Игнатия и потребовал православного крещения Марины Мнишек. Лжедмитрий приказал исключить его из Думы и сослать в Казань. Приказ выполнить не успели в связи с убийством Лжедмитрия.
3 июля 1606 года в Москве Собором русских иерархов святитель Гермоген был поставлен Патриархом Московским. Оставался сторонником Василия Шуйского, поддерживал его в подавлении восстания южных городов, отчаянно противился его свержению.
Был ярым противником семибоярщины, несмотря ни на что, пытался организовать выборы нового царя из русского рода (первым предложил эту должность Михаилу Романову). Скрепя сердце, согласился признать русским царём Владислава Сигизмундовича при условии его православного крещения и вывода польских войск из России. После отказа поляков от выполнения этих условий, стал писать воззвания к Русскому народу, призывая его на борьбу. С декабря 1610 года Патриарх, находясь в заключении, рассылал по городам грамоты с призывом к борьбе с польской интервенцией. Благословил оба ополчения, призванные освободить Москву от поляков. Грамоты, рассылавшиеся Патриархом по городам и селам, возбуждали русский народ к освобождению Москвы от врагов. Москвичи подняли восстание, в ответ на которое поляки подожгли город, а сами укрылись в Кремле. Совместно с некоторыми предателями из бояр они насильно свели святого Патриарха Гермогена с Патриаршего престола и заключили в Чудовом монастыре под стражу. В Светлый понедельник 1611 года русское ополчение подошло к Москве и начало осаду Кремля, продолжавшуюся несколько месяцев. Осажденные в Кремле поляки не раз посылали к Патриарху послов с требованием, чтобы он приказал русским ополченцам отойти от города, угрожая при этом ему смертной казнью. Святитель твердо отвечал:
«Что вы мне угрожаете? Боюсь одного Бога. Если все вы, литовские люди, пойдете из Московского государства, я благословлю русское ополчение идти от Москвы, если же останетесь здесь, я благословлю всех стоять против вас и помереть за Православную веру».
Уже из заточения Гермоген обратился с последним посланием к русскому народу, благословляя освободительную войну против завоевателей.
17 февраля 1612 года, не дождавшись освобождения Москвы, умер от голода.
Святитель Гермоген много занимался в монастырских библиотеках, прежде всего в богатейшей библиотеке Московского Чудова монастыря, где выписывал из древних рукописей ценнейшие исторические сведения, положенные в основу летописных записей. В XVII веке «Воскресенскую летопись» называют летописцем Святейшего Патриарха Гермогена. В сочинениях Предстоятеля Русской Церкви и его архипастырских грамотах постоянно встречаются ссылки на Священное Писание и примеры, взятые из истории, что свидетельствует о глубоком знании Слова Божия и начитанности в церковной письменности того времени. Церковная деятельность характеризовалась внимательным и строгим отношением к богослужению.
При нём были изданы: Евангелие, Минеи месячные за сентябрь (1607 год), октябрь (1609 год), ноябрь (1610 год) и первые двадцать дней декабря, а также напечатан «Большой Верховный Устав» в 1610 году. Патриарх тщательно наблюдал за исправностью текстов. По его благословению с греческого на русский язык была переведена служба святому апостолу Андрею Первозванному (память 30 ноября) и восстановлено празднование памяти в Успенском соборе. Под наблюдением первосвятителя были сделаны новые станки для печатания богослужебных книг и построено новое здание типографии, пострадавшее во время пожара 1611 года, когда Москва была подожжена поляками.
Заботясь о соблюдении благочиния, Гермоген составил «Послание наказательно ко всем людям, паче же священником и диаконом о исправлении церковного пения». «Послание» обличает священнослужителей в неуставном совершении церковных служб: многогласии, а мирян — в неблагоговейном отношении к богослужению.
Среди его сочинений: Сказание о Казанской иконе Божией Матери и служба этой иконе (1594 год), послание Патриарху Иову, содержащее сведения о казанских мучениках (1591 год), сборник, в котором рассматриваются вопросы богослужения (1598 год), патриотические грамоты и воззвания, обращенные к русскому народу (1606—1613 годы). Патриарх писал к мятежникам:
«Обращаюсь к вам, бывшим православным христианам, всякого чина и возраста. Вы отпали от Бога, от правды и Апостольской Церкви. Я плачу, помилуйте свои души. Забыли вы обеты Православной веры вашей, в которой родились, крестились, воспитались, возросли. Посмотрите, как Отечество расхищается и разоряется чужими, какому поруганию предаются святые иконы и церкви как проливается и вопиет к Богу кровь невинных. На кого вы поднимаете оружие? Не на Бога ли сотворившего вас, не на своих ли братьев, не свое ли Отечество разоряете? Заклинаю вас именем Господа Бога, отстаньте от своего начинания пока есть время, чтобы не погибнуть. А мы прием вас кающихся».
В 1652 году его останки, по повелению Патриарха Московского Никона перенесены из ветхой гробницы в Чудовом монастыре в Большой Успенский собор. Его мощи в деревянной гробнице, обитой фиолетовым бархатом, были поставлены в юго-западном углу Успенского собора, где они пребывают и ныне.
Прославлен в лике святых в воскресенье 12 мая (25 мая по новому стилю) 1913 года (год 300-летия Дома Романовых, за несколько дней до прибытия царской семьи в Москву) как священномученик; богослужения в Московском Кремле возглавлял Патриарх Антиохийский Григорий IV; присутствовала великая княгиня Елисавета Феодоровна.
Патриарх Гермоген вышел «Как мститель злобных дел» и, «Отрешенный нечистым племенем» покинул скорбный мир, не дожив до воцарения своего сына. Поразительно, как его судьба переплетается с судьбой Филарета, также бывшего в плену у поляков, но благополучно пережившего смуту и ставшего после освобождения из плена Патриархом Московским.
А как же Филарет? Кем он доводится Михаилу Романову? Предлагаю взглянуть на один любопытный документ [Рис. Р. XV.6]. В рукописной Минее, датированной переписчиком 1681 годом, за 1 декабря приведено Житие Святого Праведного Филарета Милостивого. Чтобы не пересказывать его, привожу собственный полный перевод этого замечательного произведения:
МЕСЯЦ ДЕКАБРЬ Ã ДЕНЬ
В ТОТ ЖЕ ДЕНЬ ЖИТИЕ СВЯТОГО ПРАВЕДНОГО ФИЛАРЕТА МИЛОСТИВОГО
Блаженны милостивцы, потому что помилованы будут, сказал Господь.
Сбылось это на блаженном милостивом Филарете, который за свою многую к нищим милость получил от Господа премногое помилование, и богатое воздаяние в нынешнем и будущем веке, о чём и скажет его блаженное житие.
В стране Пафлагонстой, в селе, называемом Амния, проживал этот блаженный Филарет, родом от Галатийских стран, из благородных, сын отца Георгия, матери же Анны, от них же благочестию и страху Господню научен с детства, преуспевавшим целомудрием и украшенной всякой добродетелью жизнью. Достигнув же он совершенного возраста, взял себе жену честную, благородную и богатую, имя же её Феозва, которая от дома своих родителей принесла в дом его многое имущество. Родила же троих детей, сына Иоанна первенца и двух дочерей, Ипатию и Еванфию. Благословил же Бог блаженного Филарета, как некогда праведного Иова, и умножил ему имения много и богатства довольно. Было у него стада скотов многих, нивы и сады плодоносные, и удача во всём, хранилища его всяких благ земных исполнены, рабов и рабынь служащих в доме его число было многое: и был Филарет в стране той как первый от вельмож преславных.
