Так как война была объявлена зимой, когда в Северном море плавать кораблям было небезопасно, то военные действия начались только весной, тем более что раньше флоты ещё не были и подготовлены к выходу в море.

Нидерландский флот был расположен в двух пунктах – на Маасе и Текселе. Поэтому герцог Йоркский, командовавший английским флотом, вышел в море только 1 мая 1665 г. и направился к нидерландскому берегу, чтобы помешать соединению нидерландских эскадр, а также перехватить возвращавшающуюся из Северной Америки эскадру Рюйтера. Однако, боясь опоздать, английский флот вышел без достаточного провианта и воды, и через три недели, выдержав к тому же жестокий шторм, ему пришлось вернуться назад. Воспользовавшись этим, Маасская эскадра под командованием адмирала Эвертсена 22 мая ушла к Текселу.

Несмотря на отсутствие флотилии де Рюйтера и сомнительную боеспособность основного флота, Великий пенсионарий Голландии Ян де Витт требовал срочных действий, и через несколько дней главнокомандующий нидерландским флотом адмирал Вассенар вышел в море на поиски за английским флотом, который в это время грузил в Харидже боевые припасы и провиант.

Получив сведение о выходе нидерландского флота и считая Харидж, окружённый мелями, неудобным для боя, герцог Йоркский перешёл 11 июня с флотом и транспортами в Солебей. В этот же день в виду Солебея показался нидерландский флот, а потому, наскоро нагрузившись, герцог Йоркский вышел в море.

Из-за безветрия флоты вступили в бой только 13 июня у Лоустофта. Этот бой оказался крупнейшим поражением Нидерландов за всю их морскую историю. После гибели адмирала Вассенара голландцы с большими потерями отступили к Текселу. Англичане преследовали вяло и скоро вернулись в свои порты.

Возвращавшийся из Вест-Индии Рюйтер обошёл Англию с севера и зашёл в Штатланд (Норвегия). Тут он узнал о результате сражения при Лоустофте и потому осторожно пробрался вдоль берега Норвегии и Дании в устье реки Эмс, где стал на якорь 6 августа.

Между тем английский флот под командованием графа Сандвича в погоне за Рюйтером вышел 15 июля к шотландским берегам, но вместо того, чтобы ожидать его тут, вскоре перешёл на север к Шетландским островам, отрядив адмирала Теддимана с 14 кораблями в Берген, где, по слухам, находился отряд кораблей Голландской Ост-Индской компании. Так и оказалось, но нидерландский отряд во главе с де Биттером отбился от Теддимана.

По возвращении Рюйтер был назначен главнокомандующим и вышел в море с 93 кораблями и 11 брандерами, чтобы провести из Бергена собиравшиеся там торговые суда, возвращавшиеся из дальних стран. Он прошёл вдоль восточного берега Англии до 58° северной широты и здесь 25 августа узнал о разделении флота Сандвича и появлении англичан у берегов Норвегии. Опасаясь за Берген, Рюйтер направился туда, но уже не нашёл там Теддимана. На обратном пути Рюйтера с караваном застиг страшный шторм, который разбросал его суда. 13 сентября он оказался у Доггер-банки всего с 36 кораблями.

В это время с севера возвращался Сандвич, и в его руки поодиночке попало 8 военных кораблей, 2 брандера и 2 корабля Ост-Индской компании. Оба флота были вынуждены возвратиться в свои порты для исправления повреждений, причинённых штормом.

В Англии в это время началась чума, и из-за затруднений в комплектовании судов командами английский флот уже больше не выходил в море. Узнав, что английские суда разбросаны по разным портам, Рюйтер в середине октября вышел к английским берегам.

Он обошёл Харидж, Ярмут, Лоустофт, Солебей и Даунс, но англичане успели укрыть все свои суда в устье Темзы. Тогда Рюйтер заблокировал Темзу, но 1 ноября из-за начавшейся на флоте болезни вынужден был возвратиться в Нидерланды, оставив для блокады Темзы отряд из 18 кораблей, который впоследствии был усилен 16 кораблями и продержался в море до февраля 1666 г.

Этим значительно была стеснена морская торговля англичан, и десятки их торговых судов стали призами нидерландцев. Таким образом, несмотря на поражение при Лоустофте, голандский флот нанёс серьёзный вред английской торговле в Америке.

В начале 1665 г. Михель де Рюйтер совершил набег на Карибское море. В конце 1665 г. английские войска, состоявшие в основном из буканьеров под командованием подполковника (пирата) Эдварда Моргана, заместителя губернатора Ямайки, при содействии его племянника Томаса Моргана, быстро захватили голландские острова Синт-Эстатиус и Саба. После смерти своего дяди в декабре 1665 г. Томас Морган был назначен губернатором этих двух островов. Также в конце 1665 г. английские войска с Ямайки и Барбадоса захватили голландские владения Тобаго.

К весне 1666 г. Нидерланды приготовили 84 корабля. Дания должна была по договору выставить 40 кораблей. Но хотя её флот и был приготовлен к выходу в море, он так и не тронулся с места и участия в войне не принял.

Столь же эфемерной оказалась надежда на помощь Франции: её флот из 40 кораблей вышел в январе 1666 г. из Тулона, но только к концу августа он добрался до Ла-Рошели, а в сентябре был в Дьепе, после чего вернулся в Брест.

Англичане приготовили 80 кораблей, и, следовательно, им было под силу бороться только с одним нидерландским флотом. 5 июня нидерландский флот, готовившийся в разных портах, сосредоточился, и 10 июня Рюйтер направился к Доунсу, где, по его сведениям, находился английский флот.

Силы англичан были разделены, так как король Карл II получил ложное известие, что будто бы французский флот уже подошёл ко входу в Английский канал и находится на пути соединения с нидерландским флотом. Поэтому Карл II приказал отправить к нему навстречу отряд из 20 кораблей, к которому в Плимуте могло присоединиться ещё 10 кораблей. Эта эскадра отделилась от флота.

Это была грубая стратегическая ошибка, так как англичане, занимавшие выгодную центральную позицию, вместо того, чтобы бить противников по частям, разъединились на части сами, причём обе эти части были слабее приближавшихся к ним с противоположных сторон противников.

10 июня 1666 г. Монк (граф Альбемарль), командовавший английским флотом, вышел из Доунса с 58 кораблями навстречу Рюйтеру. 11 июня флоты встретились у Дюнкирхена и вели упорный бой в продолжение четырёх дней, причём англичане отступали к западу, чтобы соединиться с эскадрой принца Руперта, отделившегося против французов. Несмотря на то, что к концу третьего дня им это удалось, они всё-таки были разбиты наголову, но и нидерландский флот был настолько повреждён, что вынужден был вернуться в Виллинген.

Благодаря энергии Рюйтера нидерландский флот 6 июля уже вновь вышел в море в составе 75 кораблей и транспортов, на которых находилось около 7000 сухопутных войск. Предполагалось произвести высадку на английский берег, на чём настаивали многочисленные английские эмигранты – республиканцы, находившиеся в Нидерландах после восстановления в Англии королевской власти.

Маловетрие дало возможность Рюйтеру подойти к устью Темзы только 13 июля. Английский флот не был ещё вполне готов к выходу, но подступы к его стоянкам в Темзе и Харидже были сильно укреплены. Пришлось отказаться от десанта, который был отослан назад, и ограничиться блокадой Темзы. 1 августа английский флот начал выходить, и тогда Рюйтер отступил в открытое море, чтобы не сражаться между мелей. 4 августа противники сошлись у Нордфореланда, причём в двухдневном бою нидерландцы потерпели поражение, и Рюйтеру пришлось укрыться в Виллингене.

Поскольку в поражении Рюйтер обвинил Корнелиса Тромпа, видную фигуру партии оранжистов, эта битва привела к очередному политическому расколу внутри Соединённых провинций. В итоге из-за политических дрязг флот оставался в базах.

Этим воспользовались англичане и снарядили экспедицию из мелкосидящих судов для набега на острова Вли и Шеллинг, около которых стояло около 150 нидерландских торговых судов и где находились магазины корабельных запасов, принадлежавших как правительству, так и Ост-Индской компании. Всё это адмирал Холмс, командовавший экспедицией, сжёг. Нидерландам был нанесён убыток около 12 миллионов гульденов, после чего отряд Холмса присоединился к главным силам, находившимся в Харидже.