15 мая 1591 г. при непонятных обстоятельствах в Угличе погиб единственный наследник престола восьмилетний Дмитрий. Пошли слухи, что мальчика зарезали подосланные Борисом Годуновым люди: дьяк Михайло Битяговский, его племянник Никита Качалов и сын мамки царевича Осип Волохов, которые тут же на месте преступления стали жертвами разъяренной толпы. Борис встал перед трудной проблемой: как доказать свою невиновность, — для него это был вопрос жизни и смерти. Поразмыслив, Годунов находит оригинальный выход: назначив комиссию по расследованию причин гибели Дмитрия, он ставит ее председателем князя Василия Ивановича Шуйского, принца крови, имевшего неоспоримые права на царский престол и в то же время известного народу как непримиримого врага Бориса. Свидетельство такого человека явилось бы убедительным доказательством невинности Годунова, однако, с другой стороны, приняв это решение, Борис шел на большой риск, так как заключение комиссии не в его пользу означало бы для Годунова смерть.

Шуйский, хорошо зная, с кем имеет дело, понимал, что Борис установит слежку за каждым его шагом и малейший намек на действия комиссии не в пользу Годунова будет грозить Василию гибелью. В результате комиссия в составе председательствующего князя Василия Шуйского, окольничьего А. П. Клешнина и дьяка Е. Вылузгина вынесла решение: царевич, который с малых лет страдал падучей болезнью, играя с ребятами «в тычку» ножом, зарезался в припадке сам. Имя Бориса Годунова в следственном деле вообще не упоминалось^[298]. За неумение уберечь царевича его мать царицу Марию постригли в монахини, а ее родных разослали по тюрьмам.

О деятельности Шуйских в 1591–1597 гг. в источниках сведений не встречается. Видимо, они жили в этот период в ладу с Борисом, так как к 1597 г. младшие Шуйские, Александр и Иван, были введены в состав Боярской Думы^[299].

В момент смерти царя Федора Шуйские имели значительный вес среди московского боярства, в состав Думы входили все четыре брата. Но, как считает С. Ф. Платонов, в политической жизни 1598 г. Шуйские находились на вторых ролях. Главными соперниками Бориса Годунова в борьбе за престол являлись не они, а Романовы^[300]. Гибель двух виднейших представителей рода от руки всесильного правителя была еще слишком свежа в памяти Шуйских. По данным современников, в период царствования Бориса они находились даже в приниженном положении по сравнению с другими представителями княжеской знати.

Так, в Крымском походе 1598 г. Василий Шуйский занимал пост первого воеводы полка правой руки в армии Ф. И. Мстиславского, а Дмитрий — первого воеводы Передового полка^[301]. Александр был начальником Московского судного приказа,^[302] он умер в 1601 г. Судя по всему, Шуйские не вмешивались в эти годы ни в какие интриги, но мнительный Борис не спускал с них глаз. И все же даже «самый опасный» из рода — Василий — не вызывал, видимо, подозрений. А. П. Павлов, тщательно проследивший служебный путь В. И. Шуйского при Борисе Годунове, отмечает, что за весь период службы Василий не получил от царя ни одного взыскания^[303].

Лишь один Иван Иванович не избежал опалы, в результате которой его лишили думного чина боярина, оставив все же за ним земельные владения; таким образом, опала была для него не очень тяжелой. Причиной опалы послужил донос людей И. И. Шуйского на своего господина «в коренье и в ведовском деле». Будучи крайне суеверным человеком, Борис даже в текст присяги внес клятвы на кресте: «…царя, царицу и детей их на следу никаким ведовским мечтанием не испортить, ведовством по ветру никакого лиха не посылать, людей своих с ведовством, со всяким лихим зельем и кореньем не посылать, ведунов и ведуней не добывать на государское лихо». Так что Годунов отнесся к И. И. Шуйскому более чем мягко, однако последний не оценил либерализма царя. В последующие годы известны его тайные сношения с такими темными личностями, как чудовские монахи Варлаам и Мисаил, спутники самозванца в его бегстве в Литву^[304].

Остальные Шуйские хотя и служили царю Борису, неизменно оставались его тайными врагами^[305]. Старший из Шуйских — Василий Иванович — занимал при дворе видное положение. Так, в сентябре 1602 г. он принимал участие во встрече жениха царевны Ксении датского герцога Иоанна, однако играл в этой церемонии не первую роль. Он вместе с князем Голицыным встречал высокого гостя на лестнице, а в сенях герцога ожидали князь Мстиславский с окольничими и дьяками^[306]. Так что первого среди Рюриковичей поставили на одну ступень с Гедиминовичем-Голицыным, тем самым унизив Шуйского. Борис признавал старшинство Шуйских над Голицыными. Еще в 1590 г., когда князья Гедиминовичи — Иван Голицын и Андрей Куракин попытались местничать Д. И. Шуйскому, то получили от Бориса резкий ответ: «…что плутаете, бьете челом не о деле? Велю дать на отцов ваших правую грамоту князю Дмитрию Шуйскому»^[307].

Права Шуйских на Российский престол признавали и в Литве. В. И. Шуйский, основываясь на том, что первым на Владимирском великом княжении сидел его прародитель Андрей Ярославич, а не прародитель московских князей Александр Ярославич, считал себя законным претендентом на престол, Бориса же считал лишь временным узурпатором престола. Поэтому Борис не доверял Шуйским и следил за каждым их шагом, но как только появился новый претендент на царство в лице Лжедмитрия, Борис для борьбы с ним призвал на помощь Шуйских, будучи уверен в их неспособности связаться с самозванцем, из-за знатности рода. И когда в октябре 1604 г. армия Лжедмитрия вторглась в пределы России, Борис поставил во главе войска, расположенного в Брянске, воеводой Большого полка — свояка Дмитрия Шуйского^[308]. Но Дмитрий, не отличавшийся ни полководческими, ни организаторскими талантами, смог скомплектовать армию лишь в ноябре. Недовольный Борис передал главное командование старейшине Боярской Думы князю Ф. И. Мстиславскому. Армия Бориса численно уступала армии Лжедмитрия: Мстиславский имел 25 336 человек, Лжедмитрий — около 38 тыс. человек^[309].

При первом же столкновении с противником Дмитрий Шуйский повел себя как бездарный полководец и трусливый человек. Когда 21 декабря отряд польских гусар стремительно обрушился на правый фланг армии Мстиславского, которым командовал Дмитрий Шуйский, последний своей растерянностью усилил панику, и полк бросился в беспорядочное бегство, открыв гусарам путь в тыл Большого полка. Возглавлявший его Мстиславский дрался храбро и, получив 15 ран, был унесен с поля боя подоспевшими стрельцами. Под нажимом противника армия Бориса отступила от Новгорода Северского к Стародубу Северскому и там осталась ждать новых подкреплений из Брянска^[310].

В январе 1605 г. на помощь Мстиславскому прибыл Василий Шуйский с царскими стольниками, стряпчими и большими московскими дворянами^[311]. Получив подкрепление, войско двинулось к Севску и расположилось в большом селе Добрыничах. Однако силы противника были несоразмерны. Лжедмитрий имел около 15 тыс. конницы и пехоты, армия Бориса насчитывала от 60 до 70 тыс. человек русских воинов и иноземных наемников. Воспользовавшись большой скученностью русских войск, Лжедмитрий внезапно напал на выдвинутый вперед полк правой руки, возглавляемый В. И. Шуйским, подкрепленный двумя отрядами иноземных наемников. Ударный кулак Лжедмитрия состоял примерно из 2,5 тыс. всадников. Приняв на себя первую яростную атаку противника, Шуйский, в отличие от брата, не побежал, а стал медленно отступать, открывая врагу путь к окраине села, где стояла русская пехота с пушками. Мощный орудийный и ружейный огонь буквально смел ряды наступающих, которые бросились в паническое бегство.

В этом бою самозванец потерпел сокрушительное поражение: он потерял около 6 тыс. человек, русские взяли много пленных, захватили 15 знамен и 13 пушек. Борис на радостях велел служить благодарственные молебны, звонить во все колокола, гонцу с поля боя пожаловал чин окольничьего, воеводам послал с любимым. стольником, князем Мезецким, золотые медали, а войску — 80 тыс. рублей^[312]. Мстиславский и Шуйский, уверенные в том, что противник разбит окончательно и Лжедмитрий не посмеет больше появиться в пределах России, не стали преследовать остатки разбитых войск врага, а попытались взять Рыльск, где сидел мятежный воевода князь Г. Б. Долгорукий. Однако население города оказало им сильное сопротивление, и армия Годунова предпочла оставить осаду и отойти к Севску. Жители же Рыльска произвели вылазку и разгромили оставленный ушедшими воеводами арьергард. В руках сторонников Лжедмитрия оставались также Путивль, Кромы и Чернигов^[313].