Для осуществления намеченной программы надо было прежде всего поднять боевитость самого штаба транспорта. Этот аппарат следовало приспособить к новым условиям, сделать минимальным, но крепким, гибким, оперативным. И Дзержинский занялся вплотную разработкой новой структуры аппарата, изменением стиля его работы,

28 июля вступило в силу утвержденное ВЦИК и Совнаркомом Положение о Народном комиссариате путей сообщения. В целом НКПС объединял 30 железных дорог, во главе которых стояли управления. Всю ответственность за состояние дороги и движение поездов несли ее начальник и комиссар.

Был пересмотрен и укреплен состав коллегии НКПС. Усовершенствована структура центрального аппарата НКПС, при этом его штат был сокращен с 7303 до 3848 человек. В августе и ноябре 1921 года проведено значительное сокращение штатов на железных дорогах.

Осенью 1921 года в ЦК РКП(б) и в местных партийных комитетах были созданы, транспортные подотделы. Ф. Э. Дзержинский оказывал им и парторганизациям транспорта постоянную помощь в работе.

Благодаря принятым ЦК партии мерам обновился состав Цектрана — Центрального Комитета объединенного профессионального союза работников железнодорожного и водного транспорта, из него были удалены троцкисты.

Восстановление и дальнейшее развитие транспорта требовало огромных средств. Откуда же было черпать эти средства? О привлечении иностранного капитала не могло быть и речи.

Все расчеты надо было строить только на внутренние источники, самоокупаемость железных дорог. Одной из важнейших мер явилось введение платы за перевозки. 9 июля 1921 года это было узаконено декретом Совнаркома «Об оплате за перевозки по железным дорогам и водным путям». Теперь действенным орудием в борьбе за более производительное использование транспортных средств становится контроль рублем.

Несколько позднее — в ноябре 1921 года НКПС было передано право на разработку тарифов и учрежден для этой цели Тарифный комитет. А в начале 1922 года Советское правительство приняло специальное постановление «О применении на транспорте начал хозяйственного расчета».

Все эти меры призваны упорядочить расстроенное хозяйство транспорта, подвести под него устойчивую финансовую базу, урегулировать его взаимоотношения с другими отраслями советской экономики.

Как и во всех сферах экономической жизни, на транспорте начинают настойчиво выдвигаться на первый план проблемы организации труда и совершенствования производства, проблемы правильной расстановки и умелого использования кадров.

Железнодорожники в то время тоже испытывали перебои в снабжении. Но как бы ни складывалось продовольственное положение, труженики транспорта неизменно чувствовали внимание и заботу партии. Этой заботой был продиктован и принятый в конце сентября декрет ВЦИК «О мероприятиях к улучшению материального положения транспортных рабочих».

Декрет обязывал Наркомпрод иметь твердый план государственного снабжения работников транспорта. При этом в общей схеме распределения продовольственных ресурсов им отводилась первая после Красной Армии и столиц очередь. Предлагалось отпустить Наркомату путей сообщения материалы для пошивки, теплого обмундирования, производственной одежды и белья.

Эта забота вдохновляла людей. Она пробуждала у них новую энергию в борьбе с разрухой, за быстрейшее возрождение транспорта.

Начиная с июня 1923 года, транспорт стал покрывать все эксплуатационные расходы собственными доходами. Более того, он начал давать прибыль.

Декретом ВЦИК в апреле 1922 года был создан институт уполномоченных Народного комиссариата путей сообщения на дорогах. На железных дорогах образованы правления, в состав которых, кроме работников транспорта, входили представители местных хозяйственных организаций. 31 мая 1922 года СТО утвердил Положение о правлениях железных дорог, а в июле 1923 года это Положение было пересмотрено и утверждено в новом виде. Значение железной дороги как основной хозяйственной единицы повысилось. Сюда был перенесен центр тяжести всей хозяйственной работы.

В тот период осуществлены еще два крупных организационно-технических мероприятия—12 июля 1922 года Совнарком утвердил новый Устав железных дорог РСФСР. Тогда же пересмотрены Правила технической эксплуатации.

Так, последовательно, шаг за шагом утверждалось на транспорте новое и в методах хозяйствования, и в организации перевозочного процесса. В комплексе решались задачи экономического возрождения транспорта.

Среди них подчас были и задачи чрезвычайные. Так было в 1921-м, когда стихийное бедствие поставило страну перед новым фронтом, фронтом грозным и опасным. На широких просторах Поволжья, Северного Кавказа и юга Украины дотла выгорели травы и хлеба. Молодой Советской Республике пришлось развернуть поистине героическую борьбу, чтобы спасти десятки миллионов людей от голода и эпидемий. Пришлось тогда и железнодорожникам выполнить задание, рассчитанное на величайшее напряжение сил. В пострадавшие от засухи районы необходимо было быстро доставить продовольствие и семенное зерно. Это задание было выполнено досрочно и с большим превышением. Не 9, а свыше 11 миллионов пудов было отправлено на поля Поволжья. Таким образом, писала «Правда» 10 сентября 1921 года, наши дороги блестяще разрешили поставленную им задачу по перевозкам семенных грузов и могут свободно внести в свою историю еще один подвиг.

В последние месяцы того же голодного года с большими перебоями стал поступать хлеб из Сибири. На сибирских магистралях сложилось очень тяжелое положение, — движение по существу было полностью сковано. На станциях скопилось свыше 10 миллионов пудов хлеба и около 500 тысяч пудов мяса. Запасы эти продолжали расти, а размеры погрузки и передачи были совершенно ничтожны.

Сказывались разные причины. Первая среди них и главная ―острая нехватка топлива. Недоставало, особенно на алтайской линии, паровозов. Мало было и годных под хлеб вагонов. Не справлялась со своими задачами ремонтная база.

2 января 1922 года Президиум ВЦИК принимает постановление командировать Ф. Э. Дзержинского в качестве особоуполномоченного ВЦИК и Совета Труда и Обороны в Сибирь, куда он выехал 5 января. 10 января Дзержинский подписал приказ-воззвание ко всем рабочим и служащим железных дорог Сибири с призывом усилить работу по вывозу продовольствия.