Вся лечебная сеть железнодорожного транспорта тесно взаимодействовала с военно-медицинской службой Красной Армии. В железнодорожные лечебные учреждения госпитализировали раненых и больных из эвакуированного населения.

Война вызвала миграцию населения в стране. Появилась опасность возникновения и распространения массовых заболеваний. С первых же дней на санитарные учреждения железнодорожного транспорта легла большая нагрузка. Проводилась активная работа по предупреждению и ликвидации инфекционных болезней силами железнодорожных санитарных и медицинских учреждений, оказывалась необходимая лечебная помощь на местах. Создавались дезинфекционные станции, изоляционно-пропускные пункты, санитарно-дезинфекционные поезда и дезинфекционные отряды.

В декабре 1942 года врачебно-санитарные отделы на дорогах реорганизовали во врачебно-санитарные службы, Центральное врачебно-санитарное управление — в Главное врачебно-санитарное управление НКПС. Это повысило их роль и ответственность за оказание медицинской помощи. В январе 1943 года организовали дорожные и линейные санитарно-эпидемиологические станции на базе санитарных участков.

Практическую помощь медицинским учреждениям оказывали известные ученые-медики В. Р. Брайцев, И. А. Кассирский, Н. В. Коновалов, Е. Ф. Рабкин, С. Ф. Казанский, В. И. Казанский и другие специалисты, работавшие в эвакогоспиталях и больницах железнодорожного транспорта.

На дорогах широко применялись разработанные профессором П. И. Никитиным и другими специалистами Центральной научно-исследовательской лаборатории гигиены и эпидемиологии железнодорожного транспорта схема и методы обеззараживания поездов и вокзалов.

Начальник врачебно-санитарной службы Среднеазиатской дороги Ш. Ж. Эшонхожаев так рассказывал о работе ташкентских медиков в тот период: «Изо дня в день, месяц за месяцем привокзальная площадь Ташкента была заполнена эвакуированными из оккупированных фашистами районов страны. Круглые сутки грудились здесь работники санитарно-контрольного пункта. Небольшой штат, которым руководил санитарный врач А. С. Григорьева, был перегружен. Медики днем и ночью встречали и провожали поезда, выявляли заболевших, проводили санитарную обработку вагонов. При необходимости больных направляли в окружной госпиталь.

По инициативе железнодорожников Ташкентского узла в подшефном госпитале организовали производственное обучение выздоравливающих раненых бойцов. При госпитале оборудовали кабинет связи. Теоретический курс вел преподаватель транспортного техникума связи Липатов. В этом же госпитале открыли электротехнический, токарный и слесарный кабинеты. Люди, которые не могли больше воевать, получали специальность…»

Благодаря организации своевременной эвакуации раненых в тыл страны, проведенной большой лечебно-профилактической работе железнодорожники внесли неоценимый вклад в дело спасения жизни и восстановления здоровья тысяч и тысяч советских людей, предупреждения массовых инфекционных заболеваний среди населения.